Una mattina come tante altre, da un momento all'altro un morto vivente aggredisce e morde un professore del liceo dove studia Takashi Komuro, e l'uomo, trasformatosi a sua volta, diffonde rapidamente il contagio in tutta la scuola. Prima che si diffonda il panico Takashi riesce a mettersi in salvo con la sua ex ragazza Rei e il suo migliore amico Hisashi, ma nella fuga verso il tetto Hisashi viene morso e Takashi è costretto ad ucciderlo.

Nello stesso momento in cui Takashi, Rei ed Hisashi fuggono verso il tetto altri due studenti, Saya Takagi e Kohta Hirano, cercano di sopravvivere all'assalto degli zombi che ormai hanno invaso la scuola, riuscendo a salvarsi grazie all'abilità di Kohta che costruisce un rudimentale fucile, e all'acume di Saya, che si accorge che i non morti sono ciechi. Anche la presidentessa del club di kendo, Saeko Busujima, è riuscita a sopravvivere, e porta in salvo anche l'infermiera della scuola, Shizuka Marikawa. I sei sopravvissuti si ritrovano nella sala professori, ma dopo aver ventilato l'idea di raggiungere ognuno la propria famiglia si rendono conto accendendo il televisore che il problema è molto più grave di quanto avrebbero mai potuto immaginare.

Takashi e gli altri si rendono conto che il problema dei morti viventi non riguarda solo Tokyo o il Giappone, ma il mondo intero, e che più il tempo passa più la società si sgretola, piombando nell'anarchia. Nonostante ciò i ragazzi decidono di tentare comunque di raggiungere le proprie famiglie e lasciano la scuola a bordo di un grosso pullman, abbastanza grande da portarli tutti e abbastanza robusto da essere immune agli assalti degli zombi. Con loro ci sono anche un altro gruppetto di studenti guidati dal sinistro e malevolo professor Shido. Rei, che ha un conto aperto con lui e ne conosce la personalità, durante una sosta scende dal veicolo seguita da Takashi, ma l'esplosione di un camion li lascia isolati. I due, recuperata una moto, sono costretti a proseguire da soli.

Takashi e Rei, rimasti isolati dai loro compagni, cercano di raggiungere l'altra sponda del fiume dove si trova la stazione di polizia est, punto di incontro con il resto del gruppo, ma l'impresa è difficile dal momento che la maggior parte dei varchi sono bloccati. Recuperati un revolver da un'auto della polizia si fermano a fare benzina in un distributore dove vengono attaccati da un sopravvissuto impazzito che tenta di rapire e violentare Rei. Takashi gli spara ferendolo, lasciando l'aggressore in pasto agli zombi mentre lui e Rei se ne vanno.

Il governo giapponese cerca di evacuare alcune persone con voli speciali dall'Kansai International Airport, mentre un plotone della Forze Speciali comandato dall'agente Rika Minami tiene pulite le piste dagli zombi. Intanto in città, dopo essersi fatti strada tra zombi e sopravvissuti impazziti, Rei e Takashi scoprono che tutti i ponti sono bloccati dalla polizia, che cerca vanamente di contenere il diffondersi del contagio in tutta la città. Intanto i loro compagni, resisi conto che nulla di buono può venire dal restare con Shido e con gli studenti che ormai sono assuefatti da lui, abbandonano a loro volta l'autobus, ma cercando di attraversare l'unico ponte che potrebbe non essere presidiato vengono attaccati da una selva di non-morti, riuscendo a salvarsi grazie all'arrivo di Takashi e Rei. Visto che ormai si è fatta nuovamente sera e cercando un posto dove dormire, i ragazzi, su consiglio di Shizuka, raggiungono una casa ben protetta e al momento disabitata di una sua amica, che altri non è che l'agente Rika Minami.

Nella casa di Rika i ragazzi hanno modo di riposarsi. Per di più, all'interno viene trovato un vero arsenale, armi e munizioni a sufficienza per tutti. Intanto la situazione in città si fa sempre più tragica, tra civili terrorizzati e manifestanti infervorati che incolpano una fantomatica teoria del complotto di quanto sta accadendo; a quel punto la polizia a presidio dei varchi d'accesso, subito prima di venire abbandonata a sé stessa, viene autorizzata a sparare per uccidere anche sui civili per reprimere i disordini e mantenere l'ordine usando la politica della tolleranza zero.

Durante la notte, un uomo e sua figlia cercano rifugio in una casa vicino a quella dove si trovano i ragazzi, ma gli abitanti, paranoici e terrorizzati, uccidono l'uomo e lasciano la bambina alla mercé degli zombi. Nonostante corrano un grosso rischio, poiché la bambina piangendo e gridando attira inconsapevolmente i non morti, i ragazzi decidono di andare in suo aiuto, riuscendo a salvare lei e un piccolo cane per poi scappare con l'humvee blindato che Rika teneva nel garage.

Gli zombi assaltano l'Air Force One in volo dopo che la first lady era salita a bordo nascondendo il fatto che era stata morsa. Il Presidente e il Capo di Stato Maggiore vengono infettati entrambi, e quest'ultimo, prima di farsi uccidere per non diventare uno zombi, scongiura il presidente di autorizzare l'ordine esecutivo 666D per scatenare una pioggia di missili ICBM contro tutte le nazioni che si apprestano a fare altrettanto contro gli Stati Uniti nell'ultimo disperato tentativo di arrestare il contagio. Intanto Takashi, i suoi compagni e la bambina appena salvata di nome Alice, a bordo dell'humvee, riescono finalmente a passare il fiume, ma nel tragitto verso la casa di Saya si ritrovano in trappola, con una barriera di filo spinato davanti e un'orda di zombi alle spalle. Incapaci di sfruttare appieno le loro armi, che alcuni di loro non sanno usare, in inferiorità numerica e con poche decisioni i ragazzi sono con le spalle al muro, e allora Saeko e Takashi decidono di separarsi dal gruppo per tentare di attirare l'attenzione dei non-morti su di loro. Il piano fallisce, ma all'ultimo il resto del gruppo è salvato da un plotone di vigili del fuoco apparsi dietro la barricata e guidati dalla madre di Saya. Takashi e Saeko sono invece costretti a trovare un'altra strada.

Takashi e Saeko cercano di trovare un percorso alternativo per raggiungere la casa di Saya, e per riuscirci devono farsi strada tra un esercito di non morti. Durante il combattimento Saeko rimane paralizzata davanti ad un gruppetto di bambini zombi, costringendo Takashi ad intervenire per difenderla. Una volta arrivati in un dojo per riposare, la ragazza racconta del suo passato, di quando malmenò fin quasi ad uccidere un balordo che aveva cercato di violentarla, e di come in lei vi sia una personalità sadica e sanguinaria che prova piacere nell'uccidere. Una persona, insomma, che non merita di essere amata, ma Takashi risponde a questa argomentazione baciandola. La mattina dopo gli zombi tornano all'attacco, e Saeko inizialmente rifiuta di farsi nuovamente soggiogare dalla sua personalità sadica, ma Takashi le dice che deve imparare ad accettarsi per quello che è, e che lui l'ha sempre ammirata, così la ragazza riacquista fiducia e massacra gli aggressori, permettendo ad antrambi di raggiungere finalmente la casa di Saya.

Nella casa di Saya, pesantemente fortificata e dove hanno trovato rifugio molte persone, Takashi e gli altri si rendono presto conto di essere trattati come i ragazzi che sono, cosa che li infastidisce dopo che in tutto questo tempo sono stati in grado di cavarsela da soli contando sulle proprie forze; devono quindi scegliere se accettare questa situazione o ripartire e riconquistare l'indipendenza. Saya all'inizio si arrabbia con i suoi genitori, lui potente uomo politico lei affermata agente di borsa, accusandoli di non aver fatto niente per tentare di aiutarla, ma Takashi la schiaffeggia e le fa notare di come si fortunata a sapere, almeno lei, che i suoi genitori sono vivi e stanno bene. Intanto il professor Shido, che si è conquistato l'assoluta devozione degli studenti che l'hanno seguito, raggiunge a sua volta la villa.

Tra i superstiti rifugiatisi a casa di Saya comincia a serpeggiare un crescente malumore che a fatica si riesce a controllare. Nel mentre i ragazzi decidono di ripartire per andare a cercare le loro famiglie, e anche Saya decide di andare con loro. Il padre della ragazza ha anche un breve colloquio con Saeko, raccontandole di come fosse stato allievo di suo padre e regalandole la propria spada con la quale la prega di proteggere Saya da lì in avanti. Poco dopo Rei incontra Shido che chiede asilo, e come lo vede gli punta contro il fucile raccontando il perché dell'astio nei suoi confronti; il padre di Rei stava indagando sul padre di Shido, un potente uomo politico accusato di corruzione, che per ripicca aveva ottenuto dal figlio di far bocciare la ragazza. Il padre di Saya decide di lasciare a Rei la scelta di cosa fare di Shido, e lei decide di non ucciderlo ma di cacciarlo comunque dalla villa, abbandonandolo al suo destino. Nel mentre un sottomarino nucleare americano riceve l'ordine di lanciare missili ICBM contro Russia, Cina e Corea del Nord, e dalla stazione spaziale gli astronauti osservano sgomenti una pioggia di missili lanciati contemporaneamente da Stati Uniti e Russia l'uno contro l'altro.

Le postazioni antiaeree dei vari Paesi riescono a respingere quasi tutti i missili lanciati dai rispettivi governi, ma uno di questi esplode sopra il Giappone provocando impulsi elettromagnetici che spazzano via ogni apparecchio elettrico ed elettronico. Anche il pullman di Shido ne risente, proprio durante il percorrimento di una discesa: Shido non può frenare e il pullman, fuori controllo e a folle velocità, travolge una barricata creando un varco agli zombi. Il padre di Saya tenta in ogni modo di arrestarne l'avanzata ma è tutto inutile, e in breve i non-morti dilagano nella villa facendo scempio di buona parte dei sopravvissuti. Prima che la situazione precipiti ulteriormente i ragazzi decidono di scappare, anche Saya, alla quale i genitori promettono che non moriranno e che prima o poi si ritroveranno per poi mettersi alla testa dei pochi sopravvissuti per tentare di raggiungere un nuovo rifugio. Takashi e gli altri a quel punto scappano dalla villa, ma fatti pochi chilometri sono costretti a fermarsi perché l'humvee si rompe. Abbandonato il mezzo e proseguendo a piedi, raggiungono infine un centro commerciale.

I protagonisti raggiungono con una barca un'isola deserta, sede una volta di un centro balneare. Sentendosi al sicuro, decidono di passare la giornata nuotando e rilassandosi. Verso sera Kotha pesca degli strani pesci colorati da arrostire per cena e, mentre cuociono, scoprono che le foglie secche da loro usate per tenere vivo il fuoco provengono da una piantagione di ortensie: queste, quando bruciate, emettono un fumo dagli effetti allucinogeni ed eccitanti, che avrà conseguenze davvero impreviste e imbarazzanti sui ragazzi. Infatti, Saya e Shizuka passeranno tutta la notte l'una abbracciata all'altra, perché Saya scambia la dottoressa per sua madre, e Shizuka crede di vedere nella ragazza la sua migliore amica, Rika. Ancora peggio va a Rei e Saeko, che scopriranno di aver fatto l’amore tra di loro, perché entrambe hanno scambiato l'altra per l'amato Takashi. Ma la situazione più particolare toccherà proprio a quest'ultimo, perché verrà ritrovato circondato da ragazze-zombie in bikini che respinge credendo siano le sue amiche che lo corteggiano.