突如、「捜さないで下さい」と書かれたプラカードを残し消えたエリザベス。

万事屋に捜索の依頼をする桂だが、記憶を辿ってみると最後にエリザベスに会ったのは一年以上前。実は、エリザベスが家出していることにも気づいていなかったのだ！

とりあえず一行は桂の家で何か手がかりが無いか捜してみることに。

桂と万事屋一行はエリザベスの元カノ・フミ子から彼が姿を消した真相を知る。

彼の正体は地球に潜伏し、侵略するためにやってきた幻の傭兵部族「蓮蓬（れんほう）」だった。

フミ子は銀時らに蓮蓬から地球を、そしてエリザベスを護ってほしいと頼む。

そんな中、江戸では突然降り出した雨に打たれた人が次々エリザベスのような顔になり、プラカードでしか会話できなくなる症状になりパニック状態！ついに蓮蓬軍による地球侵略が始まってしまったのだった。

万事屋、桂、坂本らはフミ子と共に蓮蓬に扮し、彼らの拠点要塞に潜入した。闇将軍と恐れられる「米堕卿（べいだきょう）」率いる軍の敷地内には対侍用機動兵器「頑侍（がんさむ）」を配備し、雨で混乱している地球に頑侍で奇襲を仕掛けるのが彼らの狙いだ。

地球侵略を阻止する為にも部隊が辿り着く前に頑侍を破壊しなければならない銀時たちだが、緊迫しつつも彼らは蓮蓬軍と打ち解け始める。そこへエリザベスこと、江蓮（えれん）将軍が現れた！

正体を明かした銀時と坂本は、双竜将軍らを相手に乱戦を繰り広げる。

一方、自らの義を貫き頑侍で出撃したエリザベスは米堕卿と死闘を展開していた。

米堕卿の圧倒的な力の前に絶体絶命のエリザベス。そこへ「友（おまえ）の背中は友（おれ）が護る」の言葉と共に桂が助けにやってきた！

「宇宙超商船隊鉄侍（ロボ）カイエーン」を駆り、米堕卿を討つ銀時たち。

蓮蓬の民とも手を取り合うことができた地球人としての誇り、そして侍としての意地をかけて死力を尽くし、蓮蓬の母星と一体となった米堕卿に応戦する。

銀時たちは銀河に平和を取り戻すことができるのか！？