何者かが将軍・茂茂の茶に毒を忍ばせ、殺害しようとする暗殺未遂事件が発生した。

将軍の命を案じた者たちは、京の帝に庇護をあおぐことを決める。

護衛を任された松平は、影武者を使い、敵を撹乱しつつ、将軍を安全に送り届ける計画を立てる。

ずらりと勢揃いした御庭番の影武者たち。

しかしなぜかその中には、銀時たち万事屋の姿もあって…。

海路を進む一行は、宇宙海賊・春雨の待ち伏せを受けてしまう。

鬼兵隊と夜兎を中心とした部隊を相手に、一行は壊滅寸前だ。

その危機的な状況を打ち破ったのは、土方の指示を受け、ひとり真選組を離れていた沖田だった。

その前に立ち塞がる春雨・第７師団長の神威。

交わる得物、血煙があがる。

はたして沖田はその死線を越えられるか!?

忍の里へと下った銀時たちは、全蔵が密かに将軍・茂茂の身柄を伊賀衆に託していたことを知った。

しかしその伊賀の地に、春雨の船団が姿を現す。

高杉たちは伊賀衆を将軍暗殺の謀反人に仕立て上げようと画策していたのだ。

その春雨の船に、再び姿をあらわした全蔵。

すべては友である茂茂を護るためだ。

春雨船団相手にたったひとり、決死の戦いを挑む。

全蔵の思いを知った御庭番衆は、自分たちの頭目を救うため、春雨の艦隊に飛び込む。

一方、銀時、新八、神楽は阿伏兎率いる敵部隊から茂々を護るため、必死の抵抗を試みる。

近藤・土方も合流し逃走を図るが、敵の追撃は止むことがない。

百地たち伊賀衆の手助けもあり、里の抜け道へと続く吊り橋まで辿り着いた。

そこで近藤・土方は万事屋に、最初で最後の依頼を切り出すのだった。

抜け道のある摩利支天像の前には、高杉、神威たちが待ち受けていた。神楽は神威を止めるため、盛大な兄妹喧嘩をはじめる。

いっぽう銀時と高杉は、因縁の刃を交える。その刀に、ふたりの思いが重なる。それは、攘夷戦争のときに交わした約束、そして何者でもなかった、本当の武士になりたいと願っていた幼い頃の思い。

その死闘の果てに、ふたりが見るものとは…。

力つき、倒れる銀時と高杉。高杉は松陽の教えに従い、自分の武士道を胸に掲げ、侍になることを決意した少年時代を思い出す。気づくと目の前には松陽が立っている。あの頃のように自分を叱りに来てくれたのかと、懐かしい思いにとらわれるのだった。

だが松陽に見えたのは、ふたたび立ち上がった銀時だった。銀時は高杉を殴りつける。

先生はもうここにはいない、俺たちを止められるのは俺たちだけだと、銀時の悲痛な叫びがこだまする。

死地を抜けた新八たちを待っていたのは、天導衆であった。彼らが連れていたのは、正気を失った喜々。天導衆はかつて茂茂が提出した解官詔書を利用し、喜々を新たな将軍に仕立て上げていた。

天導衆は将軍の命令として、茂茂の身柄を明け渡すよう要求。将軍の命令は絶対であり、拒めば逆賊として追われることになる。

その絶体絶命の窮地に、ひとりの男が立ち上がる。

決意した茂茂は自らが将軍であることを言い、同時に自身が目指す将軍の姿を天導衆らに伝えた。一方、戦いを終えた近藤・土方は真選組隊士らに救護され、激戦を繰り広げた銀時・高杉はぼろぼろになりながらもそれぞれの仲間の元に帰るのであった。

時が経ち江戸に戻った銀時たちに、そよ姫からの一通の手紙が届く。そこには、復権を目指す茂茂の姿が綴られていた…。