암살 위기에 처한 장군을 지키기 위해 지위, 신분을 막론하고 각기 계층이 모여 장군을 호위한다. 사루토비는 장군을 호위하였던 전 어정번중의 수령인 핫토리 젠조를 설득시켜 장군 호위에 힘을 보태달라고 하지만 젠조는 끝내 거절하고 만다. 그런데 갑자기 장군 호위 작전에서 젠조가 합류를 하게 되는데…

젠조에 의해 장군이 살해당했다. 이 소식을 알리 없는 그림자 무사들은 적들이 심어둔 간자에 의해 속수무책으로 당하게 된다. 닌자 마을의 가문마저 적에 편으로 돌아서고 긴토키 일당은 그들이 파놓은 덫에 걸리고 만다. 하지만 적인 줄만 알았던 모모치가 도와주면서 상황은 역전되는데 그 뒤로 예상치 못한 인물이 나온다.

모모치의 비호 아래 무사할 수 있었던 장군. 한편 젠조는 장군을 죽인 핵심 인물로 적들의 중심부에 들어간다. 하지만 장군이 죽은 것을 알고도 살육을 멈추지 않는 타카스기. 그를 막기 위해 젠조와 닌자들이 나선다.

타카스기와 야토족의 공격으로 장군을 지킬 자는 이제 얼마 남지 않았다. 끝까지 장군을 지키기 위해 진선조와 해결사는 서로 등을 맞대며 적과 싸운다. 한편 이념을 달리한 긴토키와 타카스기는 서로의 목에 칼을 겨누게 되는데…

과거 같은 신념으로 함께 싸워온 동료가 이제는 서로의 목에 칼을 겨누게 되고 카구라와 카무이마저 혈육의 관계를 끊으려고 한다. 서로 얽혀있던 과거가 드러나기 시작하는데… 과연 이들은 마지막까지 에도를 지킬 수 있을까.

과거 양이 전쟁에서 카츠라와 신스케는 스승 쇼요와 함께 인질로 잡히게 된다. 여기서 긴토키는 스승이 지키고자 했던 동료를 살리고 자신의 손으로 스승님의 목을 베어버린다. 이로 인해 신스케와 긴토키의 사이가 벌어지게 되는데…

천도중과 손을 잡은 하루사메는 아군이었던 신스케 무리마저 치게 되면서 싸움은 또 다른 국면에 이르게 된다. 긴토키와 신스케는 스승님을 죽음으로 내몰고 자신들을 이렇게 만든 천도중과 맞서 싸우게 된다

수세에 몰린 장군파를 돕기 위해 진선조와 지원군이 나타났다. 하지만 장군은 장군직을 실권하게 되고 쿄에서 다시 힘을 모아 재기하기 위해 에도를 떠난다. 긴토키와 친구들은 장군이 돌아올 때까지 에도에 남기로 하는데...