祝放送再開！決意を新たに一年ぶりの万事屋に出社する新八。

しかし、そこには見慣れぬ謎の男とグラマラスな大人な女性･･･まるで別人に変貌した銀時と神楽だった。己の知らぬ間にここでは二年の月日が経っていると知り新八は困惑する。自分だけが変われず皆に置いてかれていることに愕然とし、道場へ戻り落ち込む新八にさらに追い討ちをかけるような事態が起こっていた！

二年の月日が経過した世界。新八は自分以外何もかもが変わってしまった現実を受け止められずにいた。実は他にも二年後に取り残されていた人物が･･･真選組の土方もその一人だ。

新八と土方は現状を、ツッコミというポジションを忘れてこの世界をボケの飽和状態にした自分たちへの罰だとうなだれる。これから何も変わらないであろう世界に絶望を感じる二人の前に、あるニュースが流れ始める･･･

「年賀状は筆ペンでいけ」

毎年、山のような年賀状にウンザリの銀時。

グチる銀時をよそ目に神楽と新八は年一回の仕分けを楽しんでいた。近況報告も兼ねた年賀状の中には馴染みの顔からも･･･

しかし差出人たちは年賀状でやりたい放題！宣伝、宣戦布告、グチ、偽造結婚報告、失踪者たちの行方を聞く者まで。そんな中、ネクロゴンドという妙なところからも年賀状が届いていた。差出人は失踪中の･･･！

「カカオよりココロ」

バレンタインなんて茶番はやめるべきだ！！と訴える万事屋の男子二名。

そんな彼らの傍らで、お妙に勧められてチョコを渡そうとする神楽がチャンスを伺っていた。

だが、いざとなると恥ずかしくてモジモジしてしまい勘違いされてしまう結果に。

そこで、月詠とさっちゃん二人の力を借りて一緒に渡すことにしたが･･･はたして三人はチョコを渡すことが出来るのか？

「食事はバランスを考えろ」

ある日山崎は街で娘とぶつかりあんぱんを拾ってもらう。

「あの･･･あんぱんお好きなんですか？」と娘から問いかけられる山崎。

その娘は山崎の張り込み対象の居酒屋女主人・楢崎幸だった。

土方は山崎に、幸の弟・鈍兵衛が悪の組織に追われて逃げ込んでくると言う。

鈍兵衛と幸との接触をひたすらあんぱんを食べながら待つ山崎だったが･･････

「人は皆運命と戦う戦士」

断られると思いつつも妙を野球観戦に誘う近藤。

が、意外にも妙は野球が好きらしく、観戦デートの約束を取り付ける。

浮かれる近藤だったが、デートの待ち合わせ場所までの道中で苦難が次々に立ち塞がり大事な観戦チケットを落としてしまう･･･

そんなチケットを拾ったのはサチ子という少女だった。

どうやらキャサリンに恋人が出来たらしい･･･。全く信じない銀時だったが、恋する乙女の美しすぎる変貌を目の前にして動揺を隠せない。

相手はスナックお登勢の常連客の、末次郎という実業家。キャサリンは彼と一緒に店を出すことを決意しかぶき町を去ることに･･･しかし、お登勢は祝福どころか「そのツラ、もう見ないですむと思うと清々する」と冷たくあしらう。そして別れの日がくるが･･･。

万事屋のテレビが壊れた！と、思ったら中にさっちゃんが潜んでいた。

銀時は定春にテレビごと捨ててくれと頼むが、その拍子にさっちゃんの大事な眼鏡が壊れてしまう。銀時は渋々さっちゃんに新しい眼鏡を買ってあげるものの、それはあきらかに度数が合っていない瓶底眼鏡だった。銀時からのプレゼントに喜ぶさっちゃんだったが、そのせいで始末屋稼業に失敗したため、責務を問われ消される危機に陥る！

万全の護衛体制で滅殺仕置き人たちを迎え撃つ全蔵と万事屋一行。

しかし敵の気配が迫る最悪の事態の中、銀時らは買出しに出かけてしまい、全蔵の計画は台無しに！

一足先に屋敷に戻り、居眠りをこく神楽と定春の元に第一の刺客、寝込み専門の殺し屋の魔の手が忍び寄る・・・はたして最強の仕置き人ＶＳ必殺万事屋の戦いの行方はいかに！！

「劇場版銀魂　新訳紅桜篇」の大ヒットを受け再開したテレビシリーズも、はや２ヶ月が経とうとしていた。

だが油断することなかれ、「いつまでもあると思うな親とアニメ銀魂」前回のシリーズの反省を決して忘れてはいけない。

ならず者ばかりが集まる町、かぶき町。

ここは四天王と呼ばれる四つの巨大勢力が、互いを牽制し均衡を保っている状態だった。

その四天王の一人、女帝お登勢。

勢力を持たない彼女が四天王に君臨し他の勢力に対抗できる理由・・・それはかぶき町最強の男が側にいるからに他ならない。そんな中、銀時のもとへ万事屋一家の舎弟にしてほしいと一人の女の子が現れる。彼女はもと植木蜂一家、「人斬りピラコ」の異名を持つ椿平子だった。

溝鼠組の構成員に手を出し窮地に立たされた銀時らは、全ては次郎長にかぶき町の天下をとらせるための策略に巻き込まれたことを知る。そして黒駒勝男も属する次郎長一家は、この町を手に入れるために既に動き出していた。

最初に狙われたのは次郎長が最も忌み嫌う人物、お登勢。彼女を救える方法はたった一つ、

銀時が次郎長一家に入ること！要求を呑まなければお登勢が狙われ、自分も命は無いと決断を迫られた銀時が下した決断は・・・。

次郎長をかぶき町に妄執させていたお登勢が消え満足する平子。彼女がいなくなり四天王勢力の均衡が崩れた今、かぶき町では戦争が始まろうとしていた。

一方、お登勢の安否を見守る万事屋一行のもとへ西郷が現れ、自分達の店が四天王勢力によって打ち壊される事を告げられる。居場所を奪われる彼らに、この町を去るように促すが・・・

そしてスナックお登勢の立ち退きの日がやってきた。

ついにかぶき町が戦乱の渦に。

ピラ子と西郷率いるヤクザ、オカマ軍団は圧倒的な戦力でスナックお登勢を潰しにかかるが、銀時ら４人の抵抗に全く歯がたたない。

善戦する彼らだったが、無情にも万事屋に火の手が上がってしまう。燃え広がる炎に成す術の無い銀時たちの前に、消火の水と共に火消しの辰巳が現れる！次々と馴染みの仲間たちが、かぶき町を護ろうと立ち上がった。

それぞれ侠の鎖を護るため、ついに再び対峙する銀時と次郎長。

抗争の裏で糸を引いていた華陀率いる辰羅族の兵を相手に獅子奮迅の戦いをするものの、彼らの体力はすでに限界にきていた。

歯を食いしばり立ち上がる次郎長の脳裏にお登勢と辰五郎、３人で過ごした記憶が蘇る・・・

春雨の宇宙要塞に神威率いる第七師団が召集される。彼らが呼び出された理由・・・それは高杉晋助ら鬼兵隊の処理を命じられたためだった。都合良くお互いを利用しあう関係の彼らだが、春雨内部自体も、鬼兵隊も腹に一物あるような連中ばかり。神威と高杉は、お互いの野望のためにどう動くのか？

万事屋へ寺子屋の子ども達が社会見学へ来ることになった。みんなに万事屋の凄さを自慢したい神楽は銀時にカッコイイ所をみせてほしいとせがむ。しかしいざ子ども達を迎え入れると、万事屋の中はなぜか工房に変貌しており、職人面した銀時が何やら怪しいものを製作中。その名も“パトリオット”。はたして万事屋は子ども達の憧れの職業になれるのか？そもそもパトリオットって一体！？

念願の職を手にした長谷川。今回の仕事は夏休みの大江戸プールでの監視員だ。

自分の役目は子ども達に良い思い出を作らせること！と、熱心な姿勢だったが、・・・同じく監視員の銀時と双眼鏡片手に水着ギャル（彼らがいうところの”デカプリ娘”）の物色を始めてしまう。そしてかぶき町中から、バカが集まってきた！

お登勢からカニを貰い久々の豪華な食卓にテンション高めの万事屋３人。

しかしもらったカニは一杯のみ。ハサミを入れると１０本になる足だが、３人で分けると１本余ってしまう。

それでも仲良く食べようという矢先、食卓が突然停電に！

夜の公園。群がる野次馬の中心でサラリーマンに殴られる一人の男。彼の名は岩松。職業：殴られ屋。人間サンドバックになり客に殴られるのを商売としている元プロボクサーの岩松は、アウトローな街・かぶき町ならイイ稼ぎが出来そうと意気揚々でやってきたが、・・・神楽の一撃を受け後悔する。

自称かぶき町の女王・神楽は、ビビる岩松を殴り屋需要のありそうな場所へ連れ出す。

屁怒絽一家と銭湯ではち合わせしてしまった銀時たち。一家は地球侵略をするに違いない！と恐れ、何としてでも風呂場から脱出したい彼らはちびっこ風呂に逃げこむが、実は荼吉尼族は熱いお湯が苦手！結局一緒の風呂に入ることに。行き場を失った銀時たちは、無事風呂場から脱出できるのか？

将軍からの命により、さるお方を預かることになった柳生家。

教育係に指名された九兵衛は将軍家のお役に立てるならと張り切るが、気づくと頭の上にのる子猿が一匹。こちらが「さるお方」だった。

まずは名前を付けようと、お妙と万事屋に協力を仰ぐ九兵衛。将軍家の名に恥じない立派で縁起のいいものをと皆で考えるが･･･

さるお方改め「寿限無寿限無・・・（中略）ビチグソ丸」と絆を深めていく九兵衛。

しかし楽しい時間はそう長くは続かなかった。

将軍家の命によって柳生家を去ったビチグソ丸だったが、九兵衛に会いたい一心で将軍家から逃げ出してしまう。　

必死の捜索の甲斐もなく未だ捕まらないビチグソ丸を諦めず探し続ける九兵衛たちだが・・・。

江戸の警察組織のトップに君臨する警察庁長官・松平片栗虎。「破壊神」の異名を持つ松平を、桂率いる攘夷浪士たちも最大にして最強の敵と恐れていた。

桂は家政婦エヅラ子として松平のスキャンダルをつかむべく屋敷に潜入したが、そこで見たのは家庭の中で居場所のない父の姿だった。

リサイクルショップで壊れたＶＨＳのビデオデッキの買い取りをせがむ銀時は、幸運にも超今時のブルーレイと交換してもらう。

ただし中にはディスクが入った状態・・・その名も『呪いのブルーレイ』。

恐ろしくなって返品に行こうする銀時だったが、慌てて転んだ拍子にディスクが再生されてしまう。

テレビ画面には砂嵐、井戸、そして中からは女が現れた！

代金を踏み倒している客からツケを回収する依頼を受けた万事屋。

刑務所の看守の制服で来るという、噂の客を捕まえようとする一行。しかし逆に銀時が捕まる結果に。

実は制服姿の彼は本物の看守だったのだ！

名は米裏葛乃助、不正を働き彼が支配している監獄では法は通じないでいた・・・。

無実の罪で投獄中の銀時は看守に目の敵にされる一方で囚人達のボスに成り上がっていた。

刑務作業中に抜け出し舎弟の鯱を連れ、米裏の不正の証拠を見つけに看守長の部屋に向かう。懲罰房行きでは済まない事態を覚悟の上、バレないようにと銀時は看守が着ていたパジャマで変装するが・・・。

今回は番外編！今まで数々の（一方的な）コラボを成し遂げてきた銀魂。

今度のコラボ相手は少年ジャンプで連載中のコメディ漫画「SKET DANCE」！

学園で何でも屋3人が活躍するという、泣けて笑える基本一話完結でおまけにアニメ放送は木曜夕方6時・・・と、何かと銀魂と共通点が多すぎるスケット団。自分たちのポジションを狙いにきていると言う銀時に対して、スケット団からの宣戦布告が！