神楽にカレシができた！その知らせを聞いた父親の星海坊主と銀時は大慌て。神楽が大人になっていくことを中々受け入れられずにいた2人。だが、神楽が彼氏を家に連れてくることになり、「大人」として対応することを誓う。だけど、彼氏のダイちゃんには秘密があって――。

神楽の彼氏・ダイちゃんは、なんと巨人族の皇子だった！普段はヒップホップを聞かせておけばおとなしい巨人族だが、彼らには恐ろしい伝統があった―それは、皇族の花嫁に迎えられた種がいる星の遺伝子を根絶やしにし、遺伝子情報の独占を図るというもの。花嫁・神楽がいる地球を滅ぼそうとするダイちゃんと巨人族の前に、「誰にも娘を渡したくない！」という気色の悪いお父さんたちが立ちはだかる！！

幾松の夫がまだ存命だった頃、大晦日が来るたび店にやって来るみすぼらしい男がいた。なけなしの金をはたき一杯のラーメンを頼むが、「こんなにたくさん食えねーな」と言うと、お椀にラーメンをとりわけ、幾松と夫にふるまう。毎年の恒例行事だったが、夫が亡くなるとその男もぱったり姿を見せなくなり、店を継いでもその仕事を引き継げなかったことが心残りだとこぼす幾松。その話を聞いた桂は「幾松が夫と約束した一杯のラーメンを、もう一度その男に食わせてやりたい」と銀時に持ち掛け、その男を探すことにする。

男の情報を得るため、公園でホームレスたちの仲間になる桂と銀時。そこで出会ったのはなんと、桂と幾松に復讐の機会を狙っていた幾松の義弟だった！義弟から、死んだと思われていた幾松の父親を連れてこいと脅される一同。一方、新八と神楽の捜索で、かつて男が北斗心軒に忘れていった頭巾が幾松の父・松五郎のものだったと判明する。松五郎は一体誰なのか！？幾松と松五郎を守る為、万事屋と桂が立ち上がる！

銀時、新八、神楽は、お登勢の旦那の形見刀を研ぎ直す為、鍛冶屋・鉄子の元を訪れていた。そこで、抜き身のまま床に落ちている刀を見つけた銀時。「鍛冶屋が商売道具をぞんざいに扱っていいのか」と文句を言うが、鉄子は預かった記憶はない刀だと言う。実はこの刀、妻である鞘―「鞘子」を探し出す為、鉄子の鍛冶屋へ現れた吸血妖刀エクスカリバー星人、「クサナギ」であった。居合わせた銀時の尻を一時の鞘にしたクサナギと共に、町で鞘子を探す鉄子と万事屋の前に現れたのは―。

万事屋がクサナギと共に探していた鞘子は、真選組・沖田の刀の鞘になっている事が判明！だが沖田の鞘は、自分は「鞘子」ではなく「サーヤ」で、クサナギのことなど知らないと言う…。尻に刺さったクサナギを早く抜きたい銀時は、その鞘に相応しい刀はどちらか、真剣勝負の決闘で決めることを沖田に持ち掛ける。そんな決闘前夜、沖田の前に現れたのは、市中で頻繁に発生している辻斬りの犯人、人斬り千兵衛。彼が手にしていたのは、人の体を乗っ取り刀を共食いする妖刀「マガナギ」だった！！

沖田は、伝説の魔剣・エクスカリバー「マガナギ」によって身体を乗っ取られてしまう！鉄子の打ち直した「クサナギ」と共に戦う銀時だが、今までの戦闘の経験値だけでなく、沖田の身体能力も手に入れたマガナギに苦戦を強いられる。そして、マガナギの口から残酷な真実が語られる。実は、サーヤはクサナギと鞘子の元に生まれた娘であり、鞘子はすでにマガナギによって壊されていた…。鞘子だけでなくサーヤをも己の鞘にしようと迫るマガナギ。銀時とクサナギは、マガナギを止めることが出来るのか！？

グループ売りアイドル全盛期到来！時の流れに乗り遅れない為、寺門通の期間限定アイドルユニット『お前の相棒〇人？プロジェクト』が始動した！お通ちゃんの相棒を探していたエージェントがスカウトしてきたのは、なんと神楽だった！！金（カネ）の匂いを嗅ぎつけた銀時プロデュースの元、お通と神楽はデビューを目指しレッスンに励む。果たして2人は、ユニットアイドルとして成功できるのか！？

お通と神楽が組んだ新ユニット、「HDZ(ハナクソダイヤモンズ)48」の前に現れたのは、宇宙一のアイドル、ビチエがセンターを務める銀河系アイドル特殊部隊「GKB(ギャラクシーキングダムビッチ)48」だった。銀河中のトップアイドルが集まったGKB48の、手段を選ばない「本物の握手会」で、男たちは骨抜きにされていく。ファンを奪われ、愕然と立ち尽くすお通。さらにビチエはお通と江戸のトップアイドルの座をかけた勝負をしかけてきて！？

お通不在の中、トップアイドルの座をかけた握手会「天下一アイドル決定戦」が始まった！「GKB(ギャラクシーキングダムビッチ)48」に対抗すべく、「HDZ(ハナクソダイヤモンズ)48」の隠し玉、お妙率いる銀河系最強武闘派バックバンド「ダイヤモンドバキューム」が参戦！汚い手を使いGKB48からファンを奪っていくが、メンバー同士のファンの取り合いで逆に大ピンチに。遂に寺門通親衛隊隊長、志村新八自らがGKB48センターのビチエに挑む！そんな新八をテレビで見るお通は…。

「神ゲーと糞ゲーは紙一重」

発売目前の銀魂ゲームを、自分たちの力でもっと売れる商品にしよう！と決意した万事屋３人。たまを連れてゲーム制作会社に潜入し、開発室でハッキングを試みる。大ヒットを狙う為にと、ゲームのタイトルを勝手に改名してファンタジーRPGへ路線変更。余計なことはしゃべらない主人公を出してみたり、ゾンビと戦うゲームにしてみたり、好き勝手にされた銀魂ゲームの末路は！？

「メガネは魂の一部」

新しいメガネを買うため、メガネ屋を訪れた新八は、どんな真実もありのままに見えるという「ノロワ・レター・メガネ」を店主に勧められる。それを掛けた新八は、他人の守護霊がハッキリクッキリと見えるようになってしまった！外そうとしても外れないメガネを掛けたまま万事屋に戻った新八が見たものは？

呪われたメガネのせいで見えちゃいけない色々なものが見えるようになってしまった新八。そんな中、町内親睦のために企画された「かぶき町大運動会」に強制参加することとなった。紅白に分かれ、優勝賞金50万円をめぐって競争するかぶき町の面々。その背後では、見えない守護霊たちも宿主を勝たせるために死闘を繰り広げる！血で血を洗う「魔界大戦争」の開幕だ――！