Depois do incidente que acabou levando à morte do Xogum, o país entra em luta, e alguns procuram alguém para assumir toda a culpa. Dessa vez, o Shinsengumi será dissolvido por ser considerado culpado pela tragédia.

Agora que Hijikata entrou na polícia normal, seus colegas hard-boiled dão uma festa de boas-vindas no bar da Otae. No entanto, clientes ainda mais desagradáveis chegam...

Shinsengumi e Rebeldes. Os dois inimigos mortais unem suas forças diante da perda de seus líderes.

O plano de fuga da prisão é posto em jogo com Katsura, Kondo e Matsudaira do lado de dentro, e o Shinsengumi e os rebeldes do lado de fora.

O Shinsengumi e os rebeldes se aproximam da ilha para salvar Kondo e Katsura, mas usam uma tática de distração para não serem impedidos pelos corvos.

A luta na ilha fica ainda mais intensa e nos leva ao passado compartilhado do Shinsengumi e de Isaburo Sasaki.

O Mimawarigumi se volta contra Naraku deixando o Shinsengumi e os rebeldes confusos. Como a disputa se estendeu por muito tempo, todos recebem ordens de bater em retirada, mas uma figura com poder avassalador aparece...

Depois do anúncio da traição do Mimawarigumi ao governo, os policiais de preto e de branco preparam sua fuga, mas Tenshoin não quer deixar que nenhum deles saia vivo da ilha.

O resgate de Kondo e Katsura na Ilha Kokujo chega ao fim, mas não sem muitas perdas. Por conta do incidente, muitas mudanças ocorrem em Edo e ninguém sabe o que o futuro os guarda.