在与天人共处的江户，有一个叫“万事屋”的地方，由拥有武士之魂的男人坂田银时所经营，外加员工志村新八、神乐、以及宠物定春，从做家务到寻人样样精通。有一天，穷困潦倒的加藤健找万事屋帮忙，讲述了自己一半的悲惨经历，接着以欲知后事如何，请先完成委托的方式，让万事屋接下了委托。

银时小酒馆吃喝完毕跑单，加藤被逮付全款，找银时要求AA平摊，银时无视账单，耍酷告诉加藤万事屋管万事，欲帮他夺回契约书，结果因为喝太多，俩人路边狂吐。第二天，众人齐闯大使馆，误落天人圈套，得知天人目标是毁灭江户。神乐吃饱喝足发威破铁笼，众人赶去阻止天人行动，加藤受到银时鼓励，凭借双手夺回属于自己的幸福。

新八作为收银员不被老板看好，遭到天人刁难。银时为他打抱不平，彰显武士风范，如果剧情真是这样多好，结果银时将砍伤天人的刀放在了新八身上，略显无赖之风。为了偿还父亲欠下的债，阿妙被迫去火锅天堂工作，引发一场新八跟银时英雄救美的戏码。

神乐家一贫如洗，三餐调味拌饭，心中最大理想是吃上鸡蛋拌饭，其实跟没要求一样。班池组以一天三餐鲑鱼茶泡饭的条件将神乐笼络过来，目测吃货神乐也就这么点追求。后来神乐发现自己被利用，便逃离组织，途中遇到银时跟新八，于是三人一起开始躲避组织的各种抓捕。

邮递员撞伤，将信件托付给银时，银时骑虎难下，去戌威星送信，结果竟然是炸弹，虽然不知道是怎么回事，先逃再说，在桂小太郎帮助下顺利逃脱。事后在桂小太郎所属攘夷派中，看到了邮递员后发现这是个圈套，桂小太郎让银时重新回到组织，被银时拒绝。

老实人一旦发火就很难对付，所以新八向佛一样被警局放了出来，这让银时很不爽。新八先走一步，银时、神乐在警局门口碰巧遇见越狱大叔，大叔劫持神乐，威胁银时开车带他逃走，去他不得不去的地方，于是出现了逃犯与警察秀车技的一幕。终于到达目得地，银时发现居然是演唱会现场，而且新八也在这里。

万事屋接到一份寻找失踪人员的工作，失踪人员是一位几天没有回家的杰出政府官员的女儿。万事屋三人组无奈接受委托人希望安静解决案件的请求，前往女孩经常出没的俱乐部收集情报。 神乐无法获得任何有用的线索，也厌倦了寻找，试图抓住一名与女孩长相相似的男子，但这名男子的病情突然发生了变化。 据服务员说，这个地区正飘着一种奇怪的药物。 与此同时，银时独自在男厕所里从严重的宿醉中恢复过来，这时有人在门外喊他。

由于宇宙海贼船被银时和桂击落， 一些天人反抗组织利用这个机会推翻了那些通过与海盗和天人勾结非法毒品而获利的政府高级官员。 新选组奉命保护官员。 近藤毫无疑问地履行了自己的职责，声称如果没有政府，新选组就不会成为今天的样子。 但成员们无法掩饰他们对腐败的天人和政府官员的不满。 在这一切之中，近藤被排天人反抗组织击败，受到了他们被指派保护的青蛙天人的谴责。 就在新选组的挫败感即将爆发时，他们听到土方大喊。

女主角争夺篇/拯救伊丽沙白篇

半年过去，银时再次回到万事屋。然而，他被新八、神乐和一个陌生的金发直发型男性坂田金时所迎接。银时误以为自己不小心闯入了别人家，于是离开了那里……但毫无疑问，那里才是他真正的家。新八和神乐似乎对银时的事情一无所知。在银时不在场的这段时间内究竟发生了什么？

当银时流落街头时，得到了小玉和定春的协助。通过与金时交谈，他得知这是一款塑料模型，它克服了银时所有弱点。金时的目标是抹去歌舞伎町居民对银时的记忆，并取而代之成为真正的万事屋队长……为了与小玉、定春一起击败完全超人金时，银时决定寻找回自己的伙伴。

为了尽快唤醒新八达对银时的记忆而单独行动的小玉眼前突然出现了金时。

金时知道了小玉没有被洗脑的事实，对她穷追不舍。在千钧一发之际被银时所救，不过，负伤，安静地闭上眼睛的玉···银时的表情为之一变。

另一方面，金时在歌舞伎町中到处通知银时，玉是被银时杀害的……现在，金时的吊唁战即将开始。