ハタ皇子が再び江戸を訪れた。ペスを失ったことに心を痛める皇子は、今度こそ可愛いペットを得ようと、江戸市中の動物園を巡る。一方、酢昆布をむさぼる神楽は、万事屋の前におかれた箱に愛らしい姿を見つけ、満面の笑みを浮かべる。それは、ちょっと……いや、かなり大きい犬のような生き物だった。銀時の反対を押し切り、神楽はその生き物を飼いたいという。定春と名付け、力の限り戯れる神楽とは対照的に、ことあるごとに噛みつかれ満身創痍の銀時と新八。定春に手を焼く二人は．．．。

誰も自分のことを覚えておらず路頭に迷う銀時は、たまと定春に助けられる。

たまから金時は、銀時の弱点を全て克服した源外の作ったプラモデルという事実を知る。

金時の目的は、かぶき町の住人の持つ銀時の記憶を抹消して、本物の万事屋リーダーになり代わること・・・銀時はたま、定春と一緒に完全超人たる金時を倒すため、仲間を取り戻す事を決意する。

幕府要人暗殺の濡れ衣を着せられた銀時たちは、真選組の手引きで牢を脱出。そよ姫を人質(!?)に黒幕のいる本丸へと乗り込む。

ついに銀時たちは国を統べる先代将軍・徳川定定の元に参上！傾城鈴蘭の無念を晴らすため、一行が定定に戦いを挑む!!定定の用心棒をしていたのは、暗殺部隊「天照院奈落」最強の男・朧であった。朧は昔の銀時を知っている様子で、2人の因縁とはいったい何なのか…！？