Quattro buste colorate di blu come il TARDIS, numerate due, tre e quattro, contenenti date, orari e riferimenti cartografici ma non firmate. Chi le ha spedite? E chi ha ricevuto quella mancante? Questi strani inviti riuniscono il Dottore, Amy, Rory e River Song nel mezzo del deserto dello Utah.

Il Dottore è rinchiuso nella prigione perfetta. Amy, Rory e River Song sono inseguiti dall’FBI per tutta l’America. Con l’aiuto del nuovo amico con collegamenti nell’FBI Canton Everett Delaware Terzo, i nostri eroi vengono riuniti per condividere le loro scoperte, se non proprio i loro ricordi. Perché il mondo è occupato da una forza aliena che controlla l’umanità attraverso una suggestione post-ipnotica e non ci si può fidare di nessuno. Aiutato dal Presidente Nixon e dall’impronta di Neil Armstrong, il Dottore deve dar vita a una rivoluzione per scacciare il nemico e salvare la ragazzina scomparsa. Nessuno sa perché l’abbiano presa. O perché abbiano rapito Amy Pond…

Il TARDIS finisce a bordo di una nave pirata del diciassettesimo secolo la cui ciurma viene attaccata da una sirena che contrassegna le mani di chi è stato ferito con una macchia nera. Vittime della bonaccia, i pirati hanno numerose spiegazioni superstiziose per la sua apparizione, ma il Dottore ha altre idee, anche se le sue teorie vengono confutate e ogni suo piano di fuga contrastato. Deve cercare, allora, di vincere la paura dei pirati e la fiducia dell’implacabile Capitano Avery e scoprire la verità che si cela dietro i riflessi degli specchi, dell'acqua ferma e delle superfici lucide, scoprendo che la sirena non è altro che un programma di emergenza medica di un'astronave senza vita, precipitata sulla nave pirata e nascosta da un filtro di percezione.

Mentre il TARDIS viaggia nello Spazio, il Dottore riceve una chiamata da un Signore del Tempo sotto forma di un cubo luminoso e si precipita su un asteroide al di fuori dell'universo chiamato Casa. Questo risulta essere una discarica di TARDIS abitata da tre strane persone malandate e un Ood, chiamati rispettivamente Zio, Zia, Idris e Nipote. Casa si rivela essere un'entità con una coscienza che si nutre di TARDIS. Questa ruba il TARDIS del Dottore trasferendone la memoria nel corpo "umano" di Idris, quindi fugge con al suo interno Amy e Rory per andare in cerca di nuove prede nell'universo. Idris, che ha al suo interno la matrice del TARDIS, ed il Dottore costruiscono un altro TARDIS, senza involucro esterno, dai rottami sparsi sull'asteroide e si lanciano all'inseguimento di Casa.

Uno tsunami solare fa precipitare il TARDIS vicino a una fabbrica futuristica, simile ad un convento medievale, sulla Terra del ventiduesimo secolo. Qui vengono utilizzati Doppelgänger umani per estrarre acidi pericolosi, ma l’arrivo di una seconda ondata separa gli "originali" dai "Gänger". Questi sono in grado di ricordare ogni secondo della loro vita “originale”, anche di quelle "decommissionate", e percepire ciascuna emozione che abbiano mai provato. Il Dottore dovrà convincere gli umani terrorizzati ad accettare l’esistenza di queste “quasi persone” e impedire una guerra civile, prima che la fabbrica esploda.

Mentre infuria la tempesta solare Jennifer, una "Gänger" impazzita dal ricordo dei continui “decommissionamenti”, è in cerca di vendetta e ha deciso che gli umani dovranno pagare per ciò che hanno fatto. Quindi non si tratterà di una semplice guerra, bensì di una rivoluzione. Mentre la fabbrica si riempie di fumi tossici e di acido letale, gli “Originali” aspettano disperatamente l’arrivo della navetta di salvataggio. Il Dottore alla fine riuscirà a stabilizzare i "Gänger" e a portare in salvo solo Cleaves e Jimmy, che finalmente può rivedere suo figlio Adam. Amy, dopo essere svenuta in preda a contrazioni, si risveglia in sala parto in compagnia di una signora che ha una benda sull'occhio.

Amy Pond è stata rapita e il Dottore raduna un esercito per salvarla. Ma mentre lui e Rory attraversano le galassie riscuotendo vecchi debiti e invocando promesse solenni, i suoi nemici stanno preparando una trappola accuratamente nascosta. Nella sua cella a Stormcage, River Song riconosce a malincuore che il momento è finalmente giunto: il tempo della Battaglia di Demons Run che segnerà le ore più buie del Dottore (Accompagnato dalla poesia "Quando un uomo buono va in guerra" ). Entrambi gli schieramenti dovranno fare dei sacrifici e River Song dovrà finalmente rivelare al Dottore il suo segreto più gelosamente custodito: lei e Melody Pond sono la stessa persona...

Nella disperata ricerca di Melody Pond, il TARDIS (dopo aver imbarcato Amy, Rory e la loro amica Mel) precipita nella Berlino degli anni Trenta, cosa che li porta a incontrare Hitler. Mel, uccisa da Hitler, si rigenera in River Song, che cerca di uccidere il Dottore in nome del Silenzio. Il Dottore insegnerà a Mel/River Song e ai Teleselecta miniaturizzati che viaggiare nel tempo comporta delle responsabilità e, così facendo, insegna una dura lezione nel più crudele dei modi possibili. Mel/River Song lo salverà dalla morte, rimettendoci le rigenerazioni.

Sulla Terra un bambino di nome George ritiene alcune cose che si trovano nella sua stanza terrificanti e perciò le chiude nel suo armadio. Però lui ne ha paura lo stesso e così con una preghiera chiede aiuto. Questa richiesta arriva alle orecchie del Dottore che decide di seguirla. Così facendo arriva davanti al condominio dove abita e con Amy Pond e Rory Williams comincia a cercare la sua casa. Amy e Rory però vengono visti dal bambino e pensa che siano persone cattive.

Il Dottore, Amy e Rory atterrano su Apalapucia, un pianeta messo in quarantena a causa di un virus alieno che può uccidere tutte le forme di vita con due cuori. Amy, a causa di una scelta sbagliata, si ritrova intrappolata in una struttura di quarantena per le vittime del virus, in una diversa linea temporale. Il Dottore riesce ad usare il TARDIS per infrangere il tempo e fare irruzione in quella linea temporale, ma da quel punto in poi Rory dovrà vedersela da solo e dovrà fare una scelta molto difficile.

Il TARDIS atterra nella riproduzione aliena di un albergo terrestre degli anni Ottanta, con strani quadri alle pareti e 4 persone che sono finite lì nemmeno loro sanno bene come. C’è l’alieno Gibbis, di una razza di codardi, e gli umani Rita, infermiera molto sveglia, Howie, nerd sfigato e Joe che a quanto pare è stato posseduto e vuol essere ucciso da qualcosa che ha iniziato ad adorare. E così succede, una specie di minotauro arriva e lo uccide. E sembra che, uno per uno, a tutti spetterà questa fine.

Craig sta per passare il week-end da solo con il suo neonato figlio Alfie. Sophie è andata fuori città e lui non sa assolutamente come fare a gestire il bambino, pur non accettando aiuto da nessuno. Quale miglior momento per il Dottore di comparire alla sua soglia? Sarebbe venuto solo a salutarlo prima di andare incontro a morte certa nella, ma ci sono strani segnali di teletrasporto che convincono il Dottore ad... andare a lavorare in un grande magazzino. Con l’aiuto di Craig (e di suo figlio, che vuole essere chiamato Stormageddon e non Alfie) il Dottore scopre che ci sono i Cybermen

River Song trova il modo di scaricare la tuta spaziale e quindi non uccidere il Dottore, però cosi facendo crea due versioni dello stesso evento. La realtà è compromessa ed Amy Pond è diventata un'agente segreto, non ha ricordi chiari e non ricorda Rory, che in quella realtà alternativa è uno dei suoi agenti. Il tempo è congelato alle 5:02 del 22 aprile: l'ora nel quale sarebbe dovuto morire il Dottore. Tutti gli agenti, compresa Amy, indossano una specie di benda, un'interfaccia oculare che permette loro di non dimenticare il silenzio, la stessa che usano i servi umani del silenzio, compresa Madame Kovarian. Il Dottore viene portato in una piramide, che nella realtà alterata è l'area 52 dove sono imprigionati i silenti, o almeno si credeva che fossero imprigionati, pero si rivela una trappola: stavano soltanto aspettando l'arrivo del Dottore.

Fine 6^ stagione

Il Dottore precipita sulla Terra da un'astronave in fiamme indossando in fretta una tuta che lo proteggerà dall'impatto, ma indossa il casco al contrario. A terra, è la vigilia di Natale del 1938 e un'atterrita Madge Arwell trova il Dottore e lo aiuta a ritrovare il TARDIS. Tre anni dopo, Reg, il marito di Madge, viene dato morto in guerra, precipitato col suo aereo nella Manica e la donna con i suoi due bimbi, Cyril e Lily, per evitare i bombardamenti, sfolla in una vecchia casa di campagna, proprietà di uno zio assente; il custode della casa si rivela essere il Dottore, che ha trasformato la casa a suo piacimento per la gioia dei bambini. La vigilia di Natale, Cyril apre di nascosto un grosso pacco regalo che si rivela essere un passaggio per un mondo innevato pieno di abeti vivi.