D'Artagnan e suo padre sono in viaggio per Parigi quando sono attaccati in una locanda. Il padre del giovane rimane ucciso da un uomo che dichiara di essere un Moschettiere di nome Athos.

Un violento criminale intenzionato a far cadere la monarchia sta organizzando una fuga dalla prigione dove è incarcerato. D'Artagnan è determinato a provare il suo valore e convince Treville a inviarlo sotto copertura, ma Athos disapprova il piano.

I Moschettieri sono incaricati di catturare un esploratore di nome Bonnaire che a quanto sembra ha infranto i trattati commerciali con la Francia. La missione è resa più pericolosa dai numerosi nemici di Bonnaire.

Un vecchio amico di Aramis, un ex Moschettiere di nome Marsac, ritorna inaspettatamente a Parigi, convinto di aver svelato la verità sul massacro che ha ucciso le sue truppe e chiede aituto ai Moschettieri per trovare le prove di quanto afferma. Disgraziatamente il legame di amicizia con Aramis si scontra con il dovere che il gruppo ha di denunciare il disertore.

Dopo una nottata di baldoria, Porthos si risveglia vicino a un cadavere e non ha memoria di cosa sia accaduto. Trascinato di fronte a un giudice e condannato a morte, i Moschettieri fanno di tutto per provare la sua innocenza.

Aramis e D'Artagnan sono incaricati di scortare una giovane madre e suo figlio ma sulla strada sono attaccati e il bambino viene rapito. I Moschettieri devono scoprire l'identità della donna per capire chi è che ha preso il piccolo. Intanto durante la partita di caccia il Re incontra Marie De Medici, la madre esiliata di Luigi che cerca riparo da un assassino.

Una ragazza muore sotto le ruote di una carrozza imperiale e i Moschettieri indagano sulla vicenda. Durante il corso della vicenda, fanno la conoscenza di una donna di nome Ninon de Larroque che in seguito verrà accusata di stregoneria e di aver tentato di aver avvelenato il Cardinale.

I Moschettieri sono incaricati di catturare Labarge, accusato di aver ucciso due Moschettieri. La Guardia Rossa interviene nella missione e ne scaturisce una tremenda battaglia. Il Re decide di risolvere la rivalità tra i due reggimenti organizzando una gara tra i migliori spadaccini dei due gruppi. D'Artagnan vede in questa competizione l'occasione di dimostrare il suo valore e un modo per vendicarsi di Labarge per aver bruciato la fattoria paterna.

Il Re si prende una sbandata per la figlia del Conte Mellendorf e il Cardinale coglie l'occasione per ingaggiare Milady per uccidere la Regina.

Il Cardinale ordina a Milady di uccidere i Moschettieri poichè teme che possano scoprire il suo coinvolgimento nell'attentato alla Regina. Il piano di Milady mette in pericolo Costance e mette sotto pressione i Moschettieri.

Dopo la morte di Richelieu, i Moschettieri devono salvare il conte Rochefort, l'ex braccio destro del Cardinale: l’uomo può aiutarli a salvare un generale francese prigioniero in Spagna. Tuttavia, i Moschettieri ignorano che Rochefort ha giurato fedeltà alla Spagna. Nel frattempo, la regina Anna dà alla luce il figlio di Aramis e a Constance viene proposto un lavoro alla Corte Reale.

Il re vuole passare una notte tra i sudditi sotto la protezione dei tre moschettieri, ma un noto criminale rapisce lui e D'Artagnan: i moschettieri accorrono in loro aiuto. Il battesimo del Delfino si avvicina e Rochefort sfrutta l'assenza di tutti per manipolare la regina Anna.

Il generale marocchino Tariq Alaman offre alla corte francese un potente esplosivo se verrà aiutato a salvare la figlia Samara prigioniera degli agenti spagnoli che vogliono appropriarsi della formula. Un primo tentativo di salvataggio va male e Porthos viene ferito e fatto prigioniero. Intanto il Delfino si ammala gravemente e sia Milady che Rochefort tentano di trarne vantaggio.

Emilie, una donna di origini contadine, sostiene di aver parlato con Dio e sprona i suoi seguaci ad una guerra contro la Spagna. In seguito alle rivolte anti-spagnole scatenate dalle parole della donna, Aramis indaga su di lei per screditarla. Rochefort si scontra con l'ambasciatore spagnolo Perales.

Athos viene rapito e condotto a Pinon; l’intera comunità chiede al moschettiere di proteggerli dal crudele barone Renard de Louviers. Nel villaggio Athos si ricongiunge con Catherine de Garouville, la fidanzata del defunto fratello Thomas.

Marmion, un astronomo molto famigerato, invita re Luigi e la sua famiglia ad osservare un'eclissi. L’invito nasconde una trappola ed il re ed il suo seguito vengono rapiti. L’astronomo vuole vendicarsi di Luigi ritenendolo colpevole della morte dei suoi famigliari.

La cugina del re, promessa sposa del principe ereditario di Svezia, subisce un tentativo di rapimento mentre è scortata dai moschettieri durante la strada per la Svezia. Una volta in salvo i moschettieri cominciano a dubitare della sua identità. Intanto, Rochefort indaga sulla relazione tra Aramis e la regina.

Porthos scopre la verità sui suoi genitori e conosce alcuni membri della sua famiglia, ma la verità sul suo passato lo induce a mettere in discussione il suo posto nei moschettieri. A palazzo Constance salva la regina da un tentativo di violenza da parte di Rochefort.

Rochefort fa in modo che la regina venga accusata di tradimento. Mentre i moschettieri provano a portare Anna in un luogo sicuro, Rochefort continua a complottare contro il re ma commette l’errore di inimicarsi Milady che rivela ai moschettieri che egli è una spia spagnola.

D'Artagnan e Athos provano a salvare Constance, mentre Porthos tenta di catturare Vargas, il contatto spagnolo di Rochefort, con l’intenzione di portarlo a palazzo per dire al re la verità e fermare i piani della spia.

Athos, Porthos e D'Artagnan sono in guerra, mentre Aramis è nel monastero dove si prende cura dei bambini rimasti orfani. Le munizioni mancanti portano i tre al monastero dove i fuorilegge si sono rifugiati. I moschettieri tentano di impedire che le munizioni rubate vengano vendute agli spagnoli e allo stesso tempo devono salvare i monaci e i bambini.

Il marchese di Feron organizza un complotto per rubare il grano di Parigi facendo ricadere la colpa sui rifugiati di guerra che vivono in città. I moschettieri devono collaborare con una di loro, Sylvie, per dimostrare la loro innocenza.

Il re Luigi ordina ai moschettieri di riportare a Parigi il fratello esiliato, il duca d'Orléans. Sulla strada, il Duca subisce una rapina e gli vengono sottratte alcune lettere pericolose che potrebbero distruggere gli Orléans.

Una visita dalla sorella di Luigi, la regina d'Inghilterra, è rovinata dal furto dei suoi gioielli della corona che dovevano servire a finanziare l'imminente guerra civile. Nel frattempo, Aramis cerca di salvare Pauline, un’amica d'infanzia, dal ricatto.

I moschettieri tentano di ristabilire l'ordine a Parigi dopo una rivolta nelle prigioni e l’evasione di alcuni prigionieri da Châtelet. Nel frattempo il re è impegnato per i festeggiamenti del compleanno del figlio.

Feron organizza una trappola per i moschettieri e Grimaud tenta, senza successo, di assassinare Athos. Aramis accompagna il re in pellegrinaggio verso la tomba del padre. Porthos e D'Artagnan sono costretti ad affrontare da soli i rivali fino all’arrivo degli amici.

I moschettieri inseguono Grimaud nella foresta e incontrano una comunità di sole donne guidate dalla temibile Juliette. A Parigi, dopo la morte di Feron, il re e la regina si riavvicinano.

Grimaud rapisce Aramis durante le trattative di pace con gli spagnoli. I moschettieri devono combattere per salvarlo e nello stesso tempo fare in modo che la reputazione della regina non venga danneggiata.

Treville prende provvedimenti molto controversi per proteggere il Delfino mentre i nemici della Francia si avvicinano. I suoi metodi e le sue strategie segrete rischiano di allontanare i moschettieri.

Dopo il funerale di Treville i moschettieri riescono a salvarsi da un tentativo di Grimaud di ucciderli. Più tardi, dopo aver messo in salvo la regina e il Delfino, i moschettieri si mettono sulle tracce di Grimaud per impedirgli di far esplodere la città con la polvere da sparo rubata.