ロニー・ロディガーが何者かに殺害され、疑いの目はハルステッドにも向けられる。事件当夜にもロニーを尾行していた画像が交通カメラで撮られており、停職処分を余儀なくされるハルステッド。捜査に加われずひとり、ロニー殺しの真相を暴こうとするが…。同じ頃、交差点で追突事故が発生。現場で作業するセブライドらが被害者男性を救出すると、男はミルズを殴り、その場から逃げ出す。

チャリティーマラソン当日、病院で起きた爆弾事件の救助に奔走するセブライドら消防隊員達。現場にやって来たボイトらは犯人の特定に乗り出す。現場を仕切るのはＦＢＩのグラフだが、ボイトら特捜の面々は独自のやり方で捜査を進めて行く。バージェスの姪っ子ゾーイも犠牲者のひとりと聞き、更に闘志を燃やすボイト。犯人達が現場に仕掛けたのは２つの爆弾。ひとつは午前8時に爆発、2つ目はボーデンらが発見、爆発を防げていた。