ボスであるサカキから、休暇を取るように命令されたロケット団。シンオウ地方のリゾートエリアでのんびりしていると、偶然サトシとゴウが調査にやってきた！ピカチュウゲットのチャンス！と盛り上がるが、ここで仕事をしたら命令違反。もどかしい思いを抱えながら、休暇に徹することに。そんな時、サカキの秘書・マトリ率いるロケット団精鋭部隊が現れ、エリア内のポケモンを根こそぎ奪っていく。ロケット団は身分を隠し、サトシたちに協力することに！