突然、世界のあちらこちらに出現した古代王朝の遺跡群「迷宮（ダンジョン）」には、 「ジンの金属器」と呼ばれる不思議な力を持つ魔法アイテムや、たくさんの金銀財宝が眠っているという。 砂漠の中のオアシス都市、チーシャンで働く少年・アリババも「迷宮攻略」で一攫千金を夢見る１人。 ある日、不思議な力を持った少年・アラジンと出会い、一緒に難攻不落の迷宮を目指すことに。 アラジンとアリババの大冒険が今、始まる。

迷宮に入ったアラジンとアリババに、数々のトラップや、危険な迷宮生物が襲いかかる。 アラジンが呼び出す精霊「ウーゴくん」によって撃退するも、アラジンの体力は限界に・・・。 その姿をみたアリババは、アラジンと心から向き合う事を決意する。 一方、アラジンをつけ狙っていたチーシャン領主・ジャミルも、戦闘能力の高い奴隷、 モルジアナ、ゴルタスを引き連れ、迷宮へと向かう。 更なる危険が二人に迫ろうとしている…。

やっと再会したアラジンとアリババ。 しかし、奴隷を人とも思わない非道なジャミルは、 ゴルタスを炎の罠避けに使い、すぐにアラジン達に追いついてしまった。 さらに、桁外れの戦闘能力を発揮するモルジアナを前に、倒れるアリババ。 すると、アラジンが今までとは違う、不思議な力を解放する。 その力の片鱗をみたジャミルは歓喜の声で彼を呼んだ。 「王を導く者。偉大なる創世の魔法使い―マギ―」と。

迷宮アモンを攻略し、念願のお金持ちになったアリババ。 財宝を使ってモルジアナ達奴隷を解放するも、喜びを分かち合える友・アラジンの姿はなかった…。 そして、舞台は草原の国・黄牙帝国へと移る。 かつては巨大な帝国を築いていた黄牙一族も、いまは奴隷狩りや煌帝国の脅威に晒されながら暮らしている。 それでも、ババ様を中心に、仲間を想い合い、たくましく生きている黄牙の人々と触れ合い、アラジンは何かを感じ取る。

煌帝国の将軍・白瑛は、アラジンが信じた通り、黄牙帝国を戦争ではなく、平和的な解決で傘下に加えようと尽力していた。 しかし、それを良しとせず、戦争を望む部下・呂斎の奸計にはまってしまう。 一方、それを知らない黄牙の人々は、ババ様を討たれた事に憤慨し、剣を取ろうとする。 命を賭して、一族としての誇りを守るのか、それとも命を守るべきなのか。 この一触即発の事態に、アラジンは・・・。

アリババによって奴隷の身分から解放された戦闘民族ファナリスの少女・モルジアナは、 恩人ゴルタスの言葉を胸に、故郷カタルゴへ帰る事を決意する。 それから半年。 カタルゴへ唯一向かう船が出ているバルバッドを目指すため、 モルジアナはライラとサアサの所属するキャラバンに入って旅をしていた。 しかし、バルバッドへの一本道には、奴隷商人と結託している盗賊団が住みついており……。

アリババとの再会に期待を寄せているアラジンとモルジアナの目の前に、突然、 盗賊に身ぐるみ剥がされたという裸の男が現れる。 シンと名乗るその男と共に、ついにバルバッドに到着したアラジン達。 バルバッド王国は古来より貿易の中心地として栄えていたが、 先王が亡くなってからは内乱が続き、交易が止まるなど、国が乱れているという。 その騒乱の中心にいるのは「霧の団」という義賊だというが・・・。

迷宮アモンを攻略した時に「一緒に世界を見に行こう」と約束を交わしたアラジンとアリババ。 しかし、アラジンの期待をよそに、「霧の団」のトップとして再会したアリババは、 まるで人が変わったかのように、アラジンを冷たく突き離す。 その様子を見かねたモルジアナはある行動に出ようとしていた。 一方、シンドリア・バルバッド間の貿易再開の為に「霧の団」を退治しようとしているシンドバッド達は、 バルバッドの経済状況を混乱に陥れている原因は煌帝国が発行する 「煌紙幣」の介入であることを突き止める

アリババは、アラジン達に、かつての自分の話を始めた。 スラム出身の自分が王子として王宮に引き取られた事。そして、カシムの裏切りによって、王宮が襲われた過去…。 それでも、カシムを許し、人々を「霧の団」の力で救おうとするアリババ。 そんな頑な姿を、黄牙の村での記憶と重ねながら、アラジンはアリババに手を差し伸べる。 「大丈夫だよ、僕も君と一緒に考えるから」 しかし、アリババがその手を取ろうとした瞬間、カシムが現れるのだった。

「霧の団」に入ったシンドバッドによって、バルバッド王宮へと連れて行かれたアリババ。 身分を明かした事によって国民の期待を一身に背負ったアリババは、 勇気を振り絞って、国民の生活の保障を必死で訴えた。 しかし、アブマドはそれを相手にするどころか、 アリババに侮辱の言葉を投げ、交渉は決裂してしまう。 さらに不運な事に、その場にシンドバッドと因縁がある煌帝国の神官・ジュダルが現れる。 それは、アラジン達にとって災厄の前触れであった……。

アラジンとジュダル。マギ同士の人知を越えた戦いが始まった。 ジュダルの魔法に、アラジンはウーゴくんと応戦する。 しかしジュダルの攻撃がアリババへと牙をむいたその瞬間、ウーゴくんはアラジンの意思に関係なく動き出し、 圧倒的な力でジュダルをねじ伏せた。 だがそこへ、煌帝国の姫君・練紅玉が乱入し、ウーゴくんを消滅させてしまう。これに激昂したアラジンだがー…。

兄さんを止めてくれ――バルバッドを奴隷産出国にしようとするアブマドの計画を止めて欲しいと言うサブマド。 君が王になれ――本物の輝きを持つシンドバッドからの重い一言。 誰かが国を救わねばならない、でもそれは自分がすることなのか。 アリババは周りからの期待とは裏腹に、己の弱さを抱え、ひとり思い悩む。 「アリババ君は勇気ある人なんだ」そう言ってくれたアラジンはまだ目を覚まさない…。

力が欲しいと望むアリババに、シンドバッドは「ジン」の使い方のひとつである「武器化魔装」を教える。 しかし、カシムが動く前に決着をつけようとするアリババは、これを未修得のまま単身、王宮へと乗り込む。 その行く手を、煌帝国の恐ろしき迷宮生物達が阻み、崩れそうになるアリババ。 国を守る、カシムを止める。 ついに前に進む覚悟を決めたアリババに、仲間たちも動き出す！

モルジアナの助けや、サブマドの勇気ある行動によって、ついにアブマドと対峙したアリババ。 もはやアブマドの命令に従う兵士はおらず、クーデターは成功した。 しかし、そこへ騒ぎを聞き付けた練紅玉が駆け付ける。 バルバッド国王と婚姻し「国民の人権委譲契約」を結ぼうとする紅玉。 この局面に、アリババの出した答えは―…。

「バルバッドを格差のない共和制市民国家にする」 新しいバルバッドの姿を宣言したアリババ。 それは、国のために、カシムを止めるためにアリババが出した「答え」。 そして、アリババからの「答え」を突き付けられたカシムもまた、「答え」を出す。 王政が消えても王族の罪は消えない、王族は倒すべき敵だ、と。 ひとつになりかけた運命が逆流し始める――！

闇の金属器の力はカシムを、人ならざるもの――『黒いジン』へと変えてしまった。 憎しみから生まれた黒いルフのパワーを得たカシムは、 積年の恨みを晴らそうと、王宮内の人々を襲い始める。 絶体絶命の窮地に立たされ、傷付きながらも何度でも立ち上がるアリババ。 その時――友は再び手を伸ばす！

アリババの窮地に、アラジンは戻ってきた。 アリババと、『黒いジン』になってしまったアリババの大切な友達・カシムを導くために。 そして、アラジンと力を合わせ、折れたアモンの剣を復活させたアリババは、 もう一度、『黒いジン』へと挑み、その懐へと飛び込んでいった。 「カシム…。もう一度、お前と話がしたい」 アリババはカシムを闇から救えるか――。

命を落とした民のため、友のため、バルバッドの立て直しに心血を注ぐアリババ。 しかし、そこに煌帝国の大艦隊が押し寄せる。 この事態を重く見たシンドバッドは、アリババを強制的にバルバッドから脱出させる。 志半ばで国を離れる事になったアリババだが…。 それから数ヶ月。 舞台は南海の島国シンドリア王国へと移る。

シンドリアに滞在中のアラジンとアリババは、シンドバッドから“世界の異変”を起こしている組織、 アル・サーメンの存在を聞かされる。 バルバッドの混乱を招いたこの組織と戦う為、シンドバッドに協力することを約束した２人は、 シンドバッドに仕える “八人将”― 剣の達人・シャルルカン、天才魔道士・ヤムライハ ―を、 それぞれ師匠として修行に励む。 そんな中、バルバッドを占領下に置いた煌帝国の第四皇子・練白龍と、 第八皇女・練紅玉の使節団がシンドリアにやってきて…。

白龍は自分がシンドリアに来た本当の理由をシンドバッドに打ち明け、協力を仰ごうとする。 しかし、シンドバッドは、早急な返事を求める白龍に対し、射るような視線を返す。 「話の続きがしたければ、君はもっと学びなさい。」 そう言って白龍を諭すと、アリババに付いて外の世界を学ぶよう提案をする。 その頃、アリババはバルバッドで受けた傷が疼きだして―…。

イスナーンによって黒い呪いをかけられたアリババとシンドバッド。 その呪いを祓う為、アラジン、アリババ、モルジアナ、 そして白龍はトランの島に現れた第61迷宮ザガンへ向かう事に。 初めての迷宮攻略で気負う白龍。 一方、アリババの頭の中では、白龍のことを「憎め、殺せ・・・」という声が響く。 それがイスナーンの仕業なのか、それともアリババ自身の本当の心の声なのか―…。 それぞれに不安を抱えながら迷宮ザガンへと足を踏み入れる。

全てを抱え込みひとりで戦おうと、もがき苦しむ白龍…。 その姿を、バルバッドでの自分の姿に重ねたアリババは、白龍へ素直な感情をぶつける。 「お前は一人じゃない！」 その言葉に、アリババの本質を見た白龍は、共に闘うことを決意する。 心の壁を取り払い、一丸となって、ザガン攻略に臨む4人。 その様子をヤムライハの魔法で見守っていたシンドバッドたちの元へ、思いもよらぬ敵が現れる。

仲間を救いたいというモルジアナの強い願いに、炎のジン・アモンが答えた。 だが、眷属器を使ったモルジアナは急激な魔力の消耗により倒れてしまう。 そこへ、アル・サーメンの使者、イスナーンが亡国ムスタシムの王女ドゥニヤを連れて出現する。 アリババの事を「国土を蹂躙され、国を滅ぼされた王子」と罵る彼女の手には、 カシムと同じ、闇の金属器が握られていた…。

ついに闇の組織アル・サーメンとシンドリア王国との戦いの火ぶたが切って落とされた。 襲い来るアル・サーメン軍団を迎え撃つ八人将。 しかし、その戦いを見ていたシンドバッドは妙な違和感を覚えるのだった。 一方、迷宮ザガンでは、闇の全身魔装をしたドゥニヤに、アラジンたちは苦戦を強いられていた。 更に、運命を憎めと挑発をするイスナーンの言葉に、アリババの心は動揺し―…。

シンドリア王国への攻撃は陽動で、アル・サーメンの真の狙いはアラジンとアリババだった。 シンドバッドが気付いた時にはすでに時遅く、アリババは闇にとらわれてしまっていた。 「すべてが運命で決まってるなら・・・どうしてその決まっている運命を辿らなくちゃいけないんだ…？」 アリババの脳裏に、救えなかったものたちの光景が浮かぶ。 「運命はいいなりになるものじゃない。乗り越えることで命を…世界を前へ進めるものなんだよ」 王を導く「マギ」として、友として。アラジンがアリババを導く。 いま、勇気と友情が世界を創る―。