2016年，位於東京御台場的一個核電廠發生爆炸災難，令到整個東京受到核污染影響，使政府強令所有居民撤離。二十年後的西曆2036年，被稱為「柯佩莉亞娃娃（COPPELION）」，以基因改造技術所生產的3名女子高中生成瀨荊、野村妙子與深作葵，組成了日本陸上自衛隊的第三師特種部隊。由於原東京的高濃度殘留輻射水平，使政府依舊禁止任何人進入，從而成為一座死城。然而，有一天自衛隊卻收到從東京而來的求救信號，所以連忙派遣三人進入無人的東京中，尋找這些求救者。