ガンプラバトル選手権世界大会出場を目指すイオリ・セイは、高い模型制作技術はあるものの、バトルの操縦はからっきし。そんなセイの作る高性能なガンプラを手に入れようと、サザキがガンプラバトルを挑んできた。サザキに勝てなければ選手権に出てもすぐに負けるだけ……そう思い、セイはバトルを受けたが、サザキの強引な戦い方の前に窮地に追い込まれる。そんなセイの前に現れたのは、昼間出会った謎の少年、レイジであった。

偶然出会い、強引にセイの家に泊まり込んだ謎の少年レイジは、なんとセイの学校にまでやってきてしまう。しかもレイジは、部外者を追い出そうとする生徒会執行部員のゴンダを返り討ちにしてしまった。生徒会会長で模型部部長であるユウキ・タツヤは、自分がレイジを模型部に招待したと言い、事態の収拾を図ろうとするが、生徒たちの前で恥をかかされたゴンダは、復讐とばかりにレイジにガンプラバトルを挑んできた。

ユウキ・タツヤのザクアメイジングに、圧倒的な力の差を見せつけられたセイとレイジ。選手権で再びユウキと戦うときのために、セイは、ビルドストライクのフル装備を完成させるべく制作室にこもり続ける。一方、夜の街に繰り出したレイジは、ある場所へと向かっていた。そこは、長いガンプラ歴を持つ男たちが、夜な夜なバトルを繰り広げている店だ。武者修行とばかりに、男たちに戦いを挑むレイジは相手を一蹴。しかし、そんなレイジの前に、ガンプラバトルのイタリア代表、リカルド・フェリーニが現れた！

ガンプラバトル選手権を順調に勝ち進んでいくセイとレイジ。そんなある日、セイの実家である模型店に、ミホシと名乗る一人の女性が現れた。豊富なガンプラ知識を持つミホシと、たちまち意気投合するセイ。仲良くガンプラ談義をする二人を見てしまったチナは、大いに動揺する。そして選手権当日。万全の体勢で戦いに望むセイとレイジ…そんな彼らの前に歌いながら現れた少女は、キララ。アキバ系ガンプラアイドル、キララであった…！

ユウキ・タツヤとの決戦前に、レイジは再び武者修行に出かけ、セイはビルドストライクの調整に余念がない。入れ込みすぎるセイを心配してやってくるチナ…そんな二人の前に、謎の少年、ヤサカ・マオが現れた。マオの目的は一つ、ビルダーとしてどちらのガンプラが優れているか、それを確かめたいのだ。勝負を受けたセイはビルドストライクを、マオがガンダムX魔王を取り出す。互いの作品を見つめるセイとマオは、直後、宇宙に投げ出されていた…！

ユウキ・タツヤとの再戦を果たし、そして勝つ――それだけが、レイジをガンプラバトルに駆り立てるモチベーションであった。しかしユウキの突然の辞退によって、それがなくなった今、よりどころを失いレイジはあてもなく街を彷徨う。ユウキと再戦できない悔しさはセイも同じだ。そんな二人を見ていたチナは、言い知れぬ不安を感じていた。ユウキと戦えなくなったレイジは、このまま、どこかへ行ってしまうのではないか…。しかし、セイはレイジを信じることを誓い、未だ戻らぬ彼を想う。時を同じくして、レイジの目の前には、ユウキ・タツヤの姿があった。そして、彼の手にはザクアメイジングが握られていた…！

セイとレイジはリン子やチナたちと一緒に、夏の海へとやってきていた。日頃のバトルを忘れ、海を満喫した一同は、宿泊先である山間の旅館へと向かう。そこには、なんとヤカサ・マオがいた。不穏に感じる一行に、さらなる事件が起こった。トラックが旅館に突っ込んできたのだ。トラックの中から現れたのは、世界大会出場経験者で、灼熱のタツの異名を持つ男であった。果たして、この男の目的とは…!?

ガンプラバトル選手権、世界大会出場を決めたセイとレイジ、マオ。時を同じくして、日本以外の国でも、続々と予選大会が行われ、世界大会への出場者が決まっていく。イタリアのリカルド・フェリーニ。タイのルワン・ダラーラ。アルゼンチンのレナート兄弟。また、アメリカでは、フェリーニの良きライバルであり、世界大会常連のグレコ・ローガンが代表本命と見られていたが、予選大会の決勝で思わぬ伏兵が現れる。アーリージーニアスの異名を持つ天才少年、ニルス・ニールセン――彼の操るガンプラ、戦国アストレイがその隠された能力をさらけ出したとき、会場が…いや、世界が震撼する…！

世界大会用に新たなガンプラの制作を続けるセイ。しかし「今のままで大丈夫なのか」と不安に駆られ、ある種のスランプに陥っていた。また、ひょんなことから女性限定のガンプラバトル大会に出場することになったチナは、悩んでいるセイの息抜きになればと、彼にガンプラバトルの助言を求めた。そこにレイジも加わり、2人から特訓を受けたチナのガンプラ、ベアッガイIII（さん）は、女性限定大会で勝利を積み上げていく。そんな彼女の前に立ちはだかる者がいた。美術コンクールの常連で、チナのライバルを自称する少女、ヤジマ・キャロライン。彼女のガンプラの前に、チナは苦境に立たされてしまう…！

ガンプラバトル選手権、世界大会が開幕。世界中の代表者たちが、続々と聖地静岡へと乗り込んでくる。開催日前日に行われたレセプションパーティーをボイコットし、美味いもの巡りをするべく街に向かったレイジは、そこで謎の少女と運命的な出会いを果たす。大会初日となり、世界の実力者たちが順当に勝ち名乗りを上げていく中、前世界大会優勝者を予選で破りフィンランド代表となったアイラ・ユルキアイネンが登場、その圧倒的な強さを世界に見せつけた。そして、セイとレイジのバトルが始まる。世界選手権用に作った新型『スタービルドストライク』、画期的なシステムを搭載したガンプラが、ついに世界へと羽ばたく！

世界大会初日の最終戦に登場したのは、主催者特別枠で大会に出場している、PPSEワークスチーム――ファイターの名は、メイジン・カワグチ。セイたちにとって協力なライバルが、また一人出現したことは確かだった。大会は第2ピリオドを迎え、全選手参加による勝ち抜き戦「バトルロワイヤル」が始まる。超巨大ジオラマで繰り広げられる、80機以上のガンプラによる激しい戦い。マオやフェリーニと協力し、戦いを生き残ろうとするセイとレイジの前に、巨大な影が忍び寄る…！

世界大会第2ピリオド、全選手参加による勝ち抜き戦「バトルロワイヤル」。その戦闘の最中、出場選手のものではないガンプラが突如として出現、戦闘に乱入してきた。その圧倒的なまでの火力に、為す術がない他のガンプラたち。大会に関係ないガンプラならばと、戦いを避ける選手たちだったが、その流れに逆らうレイジが、敢然と戦いを挑む。無謀とも思える彼の戦う気持ちを、セイの機体が支える。彼の作ったガンプラ、スタービルドストライクが！

世界大会は第3ピリオドに突入。その内容は、大会主催者側が用意したオリジナルウェポンのみを使用し、1対1で戦うというものであった。用意された武器がなにかは、バトルが始まるまでわからない。慣れない武器に困惑しつつも、実力者たちは順当に勝ちを拾っていく。セイとレイジたちの対戦相手は、大会屈指の強豪、タイ代表のルワン・ダラーラだ。

世界大会は第6ピリオドまで消化され、残り2つのピリオドを残すのみとなった。セイとレイジは順調にポイントを稼ぎ、上位グループに食い込んでいる。そして、迎えた第7ピリオド。発表された試合内容は『ガンプラRACE』――会場内に作られた特設コースを3周し、その順位を競う、文字通りのスピード・レースであった。セイとレイジのスタービルドストライクは、ディスチャージシステムを使い、驚異的なスタートダッシュを見せる。レースは、セイたちの先行逃げきりで終わると思われたが、この特設コースには、PPSE会長マシタの秘書、ベイカーによる、大いなる罠が仕掛けられていた。スタービルドストライクに危険が迫る！

セイとレイジ組の次の戦いは、勝つことが絶対条件――しかし、最終ピリオドで対戦する相手は、なんとイタリア代表のリカルド・フェリーニであった。第7ピリオドまでを全勝しているフェリーニは、最終予選の結果を待たずに、予選通過を確定させている。フェリーニは思案する。セイたちに華を持たせ、自機を温存するためにもわざと負けるか、それとも…。様々な感情を抱えつつ、フェリーニはスタービルドストライクと対峙する――！

束の間の休息。しかし、セイはスタービルドストライクの改修作業に余念がない。作業の手伝いをセイに断られたレイジは、自分にもガンプラが作れることを証明すべく、町へと向かった。模型店でガンプラを物色しているレイジに声をかけてきた一人の男――その男は、たまたま通りかかったアイラも巻き込み、無理やりガンプラ講座を開講。男の教え方はスパルタそのものであったが、彼の助言を受けて作り上げたガンプラは、初めてとは思えないほどの出来ばえとなった。早速とばかりに、レイジは組上がったガンプラでバトルをスタート。しかし、対戦相手として登場したガンプラは、以前、セイたちを襲った改造ガンプラと瓜二つであった

世界大会の決勝トーナメントが始まった。セイとレイジの第1回戦の相手は、なんとヤサカ・マオ。東京で出会い、世界大会で戦おうと誓い合った約束が、ついに果たされることとなった。しかし、マオは、フェリーニと互角以上の戦いをしたスタービルドストライクに脅威を感じていた。飛躍的に進歩しているセイの製作能力と、レイジの操縦技術。このままでは負ける。どうしても勝ちたい…思い詰めたマオは、ガンプラ心形流造形術の珍庵師匠の元へ向かい、新たな奥義を授けて欲しいと願い出る。そしてバトル当日、ボロボロになったマオが、セイとレイジの前に現れた。スタービルドストライクとガンダムX魔王による死闘が、今、始まる――！

タイ代表のルワン・ダラーラ、破れる！　セイたちと死闘を繰り広げたルワンを倒したのは、今大会のダークホース、アルゼンチン代表のレナート兄弟だ。――そう、彼らは、決勝トーナメントまで、その力を温存していたのだ。そんなレナート兄弟と２回戦で対戦するのは、メイジン・カワグチ。カワグチは、正攻法で戦いを押し進めていくが、レナート兄弟の巧みな戦術によって苦境に立たされていく。

セイ、レイジ組の次なる対戦相手は、アーリージーニアスの異名を持つ若き天才、ニルス・ニールセン。プラフスキー粒子を応用した武装と技を繰り出す戦国アストレイは、間違いなく強敵だ。バトル前夜、そのニルスがセイとレイジを呼び出した。彼はセイたちに言う。「キミたちに聞きたいことがある。それを教えてくれたら、バトルを棄権してもいい」と。

世界大会、決勝トーナメントの戦いは、激しさを増していく。ベスト４進出をかけ、イタリアの伊達男、リカルド・フェリーニが出陣。その対戦相手は、チーム【ネメシス】のトップファイターであり、前大会優勝者、カルロス・カイザーを破った少女、アイラ・ユルキアイネンだ。予選から無敗神話を続けるアイラのキュベレイパピヨンに、フェリーニの愛機、ウィングガンダムフェニーチェは、豊富な戦闘経験とスピードを活かして奮戦する。

「倒す！ 次のバトルで、俺とセイが、必ずお前を倒す！」…レイジの怒りに震えた叫びが、アイラの胸に突き刺さる。自分はここでなにをしてるんだろう？ アイラは回想する。バルトとの出会い。スカウト。強要されるバトル。果てることなく続く訓練。…そう、自分は戦うしか道はないのだ。相手がたとえ、レイジであったとしても。感情を押し殺し、レイジとの対戦に向かうアイラ。キュベレイパピヨン、そして自身の持つ特殊能力を駆使し、アイラはスタービルドストライクを攻めたてていく。

決勝トーナメント、準決勝第2試合。メイジン・カワグチの対戦相手が、ファイターを変更してきた。ファイターの名は、ジュリアン・マッケンジー。その名を聞いたカワグチとアランは戦慄する。ユウキ・タツヤとアランが、かつて在籍していた【ガンプラ塾】第1期生筆頭――そのガンプラ制作技術、操縦能力をして、もっともメイジンに近い存在と呼ばれた男、それがジュリアンであった。

ガンプラバトル選手権世界大会は、ついに決勝トーナメントのファイナリストが決定。決勝戦を一週間後に控えた大会会場では、前夜祭が盛大に行われていた。ガンダムの等身大立像が並び、各ブースでは様々なイベントが催されている。――みな、大会での熱戦をしばし忘れ、ガンプラの楽しさ、奥深さを心から堪能していた。戦いの準備を終え、前夜祭にやってきたセイとレイジ。そんな2人の前に現れたのは、メイジンの仮面を脱ぎ捨てたユウキ・タツヤであった。

ついに始まったガンプラバトル選手権世界大会決勝。しかし、その会場は物々しい雰囲気に包まれていた。セイ、レイジ組のスタービルドストライクの対戦相手、メイジン・カワグチの使用するガンプラ――ガンダムアメイジングエクシアの機体が黒く塗られていたからだ。それだけではない。機体色と同じく、カワグチの戦い方もまた漆黒の闇のように、暗く、深く、そして容赦のないものであった。セイは困惑する。「最高のバトルをしよう」 ユウキと交わしたあの約束はなんだったのか？ 彼になにがあったのか？ 危機に陥るスタービルドストライク。それを見てほくそ笑むPPSEマシタ会長の宝玉が、妖しく光り輝いていた――！

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ガンプラバトル選手権世界大会決勝は、波瀾続きの中、ついに決着を見た。しかし、その余波を受けてプラフスキー粒子の結晶体が暴走、会場内に充満した粒子が物資化を始めていく。パニックに陥り、逃げまどう観客たち。この状況を打開するには、結晶体を破壊するしかない。ニルスの助言を受けたセイとレイジは、マオやフェリーニ、チナ、アイラたちと共にガンプラを出撃させるが、結晶体側の反撃を受け、危機に陥ってしまう。そんな彼らを助けたのは、かつてのライバルたち、さらにラルさん、タケシ、珍庵師匠――往年のガンプラファイターたちも応援に駆けつけた。さあ、やろう。これが、ガンプラ、ラストシューティング！

An epilogue to season one, in the form a letter from China to Yuuma.

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The Try Fighters have been invited to a tropical island to be test pilots for Nielsen Labs! Shia, Minato and Gyanko have been invited, too. But there's trouble in paradise... The crystal Nils created is going out of control, and Gunpla are starting to move on their own!

メイジン・カワグチとアラン・アダムスはバトルシステムに新たに実装された自動操縦モードのテストのため、ヤジマ商事の研究開発室にいた。自動操縦モードとは歴代ガンダム作品に登場したパイロットの疑似人格ＡＩを使い、操縦スキルの無い者でも手軽にガンプラバトルができるという画期的なモードである。メイジンはザクアメイジングの後継機、バリスティックザクに、アランはリボーンズガンダムのカスタム機、リバーシブルガンダムにそれぞれＡＩをチョイスし夢のガンプラ バトルを開始する。

ヤジマスタジアムの竣工披露式典を翌日に控え、ニルス・ニールセンは自分が設計した最新鋭の大型バトルシステムを使ったエキシビション・バトルのためにイオリ・セイやメイジン・カワグチたちを招待していた。久しぶりの再会を果したセイはエキシビション用に改修したビルドストライクコスモスを披露しようとするが無いことに気付く……。その時、スタジアムのシステムが何者かに乗っ取られセイたちは閉じ込められる。そんな彼らの前に謎の集団が現れて、ガンプラバトルを挑んでくるのだった。

【Ｇ－クエスト】のこけら落としに、最初の挑戦者としてガンダムベースに招待された、コウサカ・ユウマとサカイ・ミナト。【Ｇ－クエスト】とはバトルシステムに組み込まれたイベントのクリアを目指す最新のガンプラバトルアトラクションである。ユウマはガンダムライトニングブラックウォーリアを、ミナトはガンダムドライオンⅢをＧＰベースにセットする。制限時間は１０分間！　その時間内に様々なガンプラにガードされた秘密基地を突破し目標の建造中新型ＭＳを破壊する為、２人の挑戦が始まる。

邪型《ミヤガ》を倒すため、すーぱーふみなと、はいぱーギャン子は北宋の地図を頼りにその城を目指していた。暗い森を抜けると、ふみなたちの眼前にプチッガイたちが平和に暮らすベアベア村が現れる。しかし、プチッガイたちはふみなとギャン子に気づくと何故か慌てて逃げていく。状況がつかめない２人の前に現れたのは、敵意をむき出しにしたチナッガイであった。ふみなたちは彼女に怪しい者では無い事を説明し、彼女からこの村に関する驚きの事情を耳にする。それはこのベアベア村に謎のＵＦＯ集団が現れ、大人たちが全員攫われたというのだ。ふみなとギャン子は哀しむプチッガイたちの為に、大人たちの救出に向かうのだった。

正規軍からの情報を受け、私設武装組織の基地の手掛かりを求めジャングルで待機する３機のジンクス小隊。そんな時、敵の輸送コンテナがセンサーに反応する。即座に追跡を開始するジンクス小隊だったが、コンテナの中からケルディムガンダムサーガが現れその行く手を阻む。散開しケルディムガンダムサーガとの戦闘を開始する２機のジンクス。残りの１機はそのまま輸送コンテナの追撃を続け光学迷彩に隠された敵基地を発見するが、そこに現れたのは各所を発光させた巨大な敵影だった。

ある日、イオリ・セイの実家であるイオリ模型店にやって来たユウキ・タツヤ。翌週からメイジン・カワグチとしてヨーロッパを回ることになったタツヤは、ヤサカ・マオから伝え聞いたセイのビルドストライクコスモスの改修機、ビルドストライクギャラクシーコスモスと遠征前にガンプラバトルをするためやって来たのだった。海外遠征用としてΖガンダムをベースに製作されたタツヤの新型ガンプラ・A-Zガンダムを見てその出来映えに目を見張るセイ。ガンプラバトル開始直後、タツヤはお互いをイーブンの状況にするためA-Zの性能をセイに披露し、改めて全力での一騎打ちのバトルを開始するのだった。