Gordon se prepara para um importante depoimento. Um novo vilão está congelando as pessoas em Gotham.

Alfred tem novas informações sobre o homem que matou os pais de Bruce

Hugo Strange continua a trabalhar para “curar” a agressividade de Pinguim.

Em uma tentativa de limpar seu nome, Gordon rouba o arquivo com seu caso e pede ajuda a Nygma.

Depois de deixar Arkham, Barbara tenta fazer as pazes com Gordon. Depois, Bruce e Alfred rastreiam um dos antigos amigos de Thomas Wayne.

Gordon e Bruce questionam o Professor Strange sobre o Projeto Quimera, o que leva Strange a enviar o recém-ressuscitado Galavan para enfrentar Gordon.

Azrael está à solta, o que provoca a sede de vingança de Pinguim.

Hugo Strange ressuscita Fish Mooney; e Bruce se alia a Gordon, Alfred e Lucius depois de descobrir que um amigo está em perigo.

Enquanto Gordon, Bruce e Lucius permanecem em Indian Hill, a cidade de Gotham recebe uma nova ameaça.

O professor Strange continua foragido, mas Fish está à sua caça. Enquanto isso, Gordon e a jornalista Valerie Vale procuram por Fish.

Gordon faz descobertas assustadoras e pressiona Kathryn por um lugar à mesa da Corte das Corujas. Bruce Wayne intensifica seu treinamento.

Os vilões mais sinistros da cidade juntam forças, e Gotham enfrenta a ameaça de um vírus destruidor. O jovem Bruce tem de encarar o seu destino.

O vírus se espalha, e Gotham corre contra o tempo em busca de um antídoto. Três vilões fazem planos. Bruce luta para se libertar do passado.

No último episódio da temporada, Jeremiah alerta Gordon sobre a destruição que está por vir. Enquanto isso, Barbara reúne uma equipe e Bruce se entende com o futuro.

Numa tentativa de restaurar a ordem, Gotham sofre uma intervenção militar. A busca de Nygma por respostas o leva até Pinguim e o faz reencontrar Hugo Strange.

Bruce e Gordon ficam cara a cara com Eduardo, que passou por uma grande transformação. Prestes a dar à luz, Barbara pede ajuda a Lee.