Ryuko Matoi est une écolière vagabonde voyageant d'un endroit à l'autre à la recherche d'indices sur la vérité derrière la mort de son père. Le voyage mène Ryuko à l'Académie Honnouji.

Affaiblie par son combat, Ryuko fuit l'Académie Honnouji avant de s'effondrer dans la rue. Sauvée, elle reçoit de la nourriture et un abri pour la nuit, et à son retour à l'Académie, elle affronte Omiko Hakodate, la capitaine du club de tennis, pour lui rendre la pareille.

Accablée par les événements récents, Ryuko demande des réponses à son professeur principal, Aikuro Mikisugi. Pendant ce temps, Uzu Sanageyama, président du comité des sports de l'académie Honnouji et membre de l'Elite Four, fait sa propre demande... de défier Ryuko en duel !

Satsuki Kiryuin rejoint la ligne de front d'Osaka pour combattre Kaneo Takarada, l'héritier du conglomérat Takarada.

Le Grand Festival culturel et sportif de l'Académie Honnouji arrive à une conclusion abrupte et très inattendue !

Les événements prennent Nui Harime au dépourvu.

La bataille en cours se dirige vers l'Académie Honnouji, mais Ragyo et l'Original Life Fiber font obstacle.

L'affrontement final est proche ! Ragyo et Nui provoqueront-ils la fin du monde, ou Ryuko et les autres pourront-ils les arrêter ?