Ayant tenu sa part du marché, Ryuko demande des réponses à son professeur principal, Aikuro Mikisugi, et apprend le secret du pouvoir de Senketsu et des uniformes Goku.

Un homme mystérieux arrive à l'Académie Honnouji et se révèle rapidement plus que capable de se battre contre un uniforme Goku deux étoiles. Mais quand il jettera son dévolu sur Ryuko, qui restera debout ?

Satsuki Kiryuin révèle son plan pour rétablir l'ordre à l'Académie Honnouji, un chacun pour soi dont les survivants pourront retrouver leurs uniformes Goku.

Le raid des écoles de Tri-City a commencé ! Mais quel rôle Ryuko pourra-t-il jouer, avec Senketsu aux mains de l'ennemi ?

Ryuko est réveillée et elle n'est pas contente. Dans l'intention de tuer Ragyo et Nui, elle part, laissant ses alliés derrière elle.

L'affrontement final est proche ! Ragyo et Nui provoqueront-ils la fin du monde, ou Ryuko et les autres pourront-ils les arrêter ?