Nachdem die Elite Vier alle, von den Lebensfäden gefangenen, Schüler und Bürger befreien können stellen sie sich dem Kampf gegen Nui, während Mako bei der Evakuierung hilft. Unterdessen erklärt Satsuki, wie Ragyo sie als Kind für Experimente mit dem Lebensfäden missbraucht hatte und ihre kleine Schwester, die bei einem der fehlgeschlagenen Experimente scheinbar umkam, einfach entsorgte. Ragyo, die sich durch die Kraft der Lebensfäden selbst heilen kann, gelingt es aber sich zu befreien und die geistige Kontrolle über die Schüler zu erlangen und sie so zu ihrer persönlichen Armee zu machen. Während Aikuro und Tsumugu gegen die Schüler kämpfen, kann Ragyo auch die Kontrolle über Ryuko übernehmen, welche sich nun gegen Satsuki richtet, doch kann sich Ryuko aus eigener Willenskraft wieder befreien.