最近まで25歳のバリー･アレンはたびたび遅刻しながらも、セントラル･シティの警察署で科学捜査官として働く、平凡な人生を歩んでいた。そして自分の育ての親ジョー･ウェスト刑事の娘であり、親友のアイリス･ウェストに密かな恋心を抱いていた。実は14年前、バリーの母が殺され、バリーの父ヘンリー･アレンがその容疑者として終身刑を言い渡されたとき、バリーはウェストに引き取られたのだった。だがバリーは、真犯人が自分の父ではなく、謎の“黄色いスーツの男”だとずっと言い続けてきた。９か月前のある日、ＳＴＡＲ（スター）ラボの粒子加速器が大爆発してしまい、雷に打たれたバリーはダークマターの影響を受け、超スピードで動く能力を得て、世界一速い男になる。だがその夜、特殊な能力を得たのはバリーだけではなかった。ダークマターはメタヒューマンをも生みだし、メタヒューマンたちは、自らの特殊能力でセントラル･シティを破壊しようとするのだった。バリーは、強力な脅威たちからセントラル･シティの住民たちを守るため、ケイトリン･スノー、シスコ･ラモン、ハリソン･ウェルズ博士など、新たに仲間となったＳＴＡＲ（スター）ラボの研究員たちに支えられながら、フラッシュとしての道を歩み出す。だがある日、バリーが“黄色いスーツの男”ことリバース･フラッシュに出会うと、事態は一変する。ファースト･シーズン最終話で、リバース･フラッシュはついに、バリーの勇敢な仲間によって倒される。だが、セントラル･シティ上に現れたブラック･ホールの特異点は、街を脅威にさらすだけでなく、異世界への入り口を開いてしまう。 セカンド･シーズンは、セントラル･シティが特異点の脅威にさらされた数カ月後から幕を開ける。エディの死に対して今も自責の念に駆られているバリーは、仲間たちを危険から守るために彼らを突き放し、一人でセントラル･シティを守ろうと決意していた。だが、アトム･スマッシャーというメタヒューマンがセントラル･シティに襲いかかったとき、アイリスは、セントラル･シティの市民を救うためには仲間の助けが必要だとバリーに言う。そんな中、シスコはメタヒューマン対策本部でウェストを手伝っていた。