När fyra barn utsätts för ett dödligt virus måste teamet avslöja den skyldige och rädda offren.

Sökandet efter en grupp tjuvar som placerat ut en bomb tar ny fart när Sylvester av misstag aktiverar bomben.

Teamet försöker skydda en kvinna som ska vittna mot en drogkartell, men brottslingarna är dem hack i häl, och de är inställda på att döda.

Walter, Cabe och Happy ger sig ner i ubåt för att genomföra en analys, men efter en olycka blir det hela en kamp mot tiden och den begränsade syretillgången.

Teamet reser till Antarktis för att rädda en specialstyrka, men ett nytt uppdrag uppstår när Happy försvinner i en snöstorm.

Cabe utnyttjar installationen av ett ljudövervakningssystem på en afrikansk bas som täckmantel för att ta reda på mer om den svarta marknadens affärsmän.

Before Halloween, Team Scorpion must infiltrate a deep, vast cave system in order to prevent a bat population from destroying the North America ecosystem. Also, the team dons costumes to stage photos from Halloween’s past for Walter’s upcoming immigration inspection.

When a mission in the desert results in exploding shrapnel that seriously wounds Cabe, Team Scorpion must freeze his body in order to save his life.

Team Scorpion must defy the orders of a foreign government after they retrieve an asteroid from space containing DNA strands that could have deadly consequences once exposed.

When poachers almost kill a pregnant endangered deer, Team Scorpion recreates the animal’s womb to try to save it and its baby’s life. Also, Happy and Toby discuss the future of their family.

As Team Scorpion anxiously awaits the verdict of Cabe’s trial which could send him to prison, they focus their nervous energy on trying to save a dog stuck in a cistern.