Gouverneur Lanes Tochter Helen ist schwer krank – niemand weiß, was das Mädchen hat. Walter erkennt schnell, dass der Virus, mit dem sich Helen infiziert hat, genetisch auf sie zugeschnitten sein muss. Die Recherchen des Teams führen zum Pharmakonzern Vlaxco, der ein Medikament zur Heilung einer tödlichen Muskelkrankheit nicht freigegeben hat. Einer der Testpatienten scheint sich nun rächen zu wollen, denn Gouverneur Lane war einst bei dem Unternehmen angestellt.

Als ein illegal erworbener Atomsprengkopf in Kasachstan zum Verkauf angeboten wird, soll Team Scorpion den genauen Standort der Rakete herausfinden. Walter, Cabe, Happy und Toby reisen undercover nach Kasachstan und beginnen mit der Ortung. Beim Versuch, den Urankern der Rakete mit Salpetersäure zu neutralisieren, werden sie erwischt, und es beginnt eine heiße Verfolgungsjagd durch Kasachstan.