Cabes Ex-Frau Rebecca ist offenbar auf brisante Informationen gestoßen: Nachdem sie eine bestimmte Datei erhalten hat, hat jemand sie in ihrer Anwaltskanzlei angegriffen. Sie konnte die Datei, die sie auf einen USB-Stick gezogen hat, gerade noch verstecken. Gleichzeitig fliegt der Kongressabgeordnete Gostin mit seinem Boot in die Luft. Offenbar wollte ihn jemand ausschalten, um eine außerplanmäßige Wahl abhalten zu können – und Rebecca hat den Beweis dafür.

Eine Gangsterbande überfällt eine Firma, die Hochsicherheits-Safes herstellt, und tötet zwei Angestellte. Ihre Spuren verwischen die Kriminellen mit Säure-Sprengsätzen. Team Scorpion soll herausfinden, wer die Leute sind, was ihr nächstes Anschlagsziel ist und wie sie an ihre Sprengsätze kommen. Bei der Recherche am Tatort wird Sylvester durch einen Blindgänger schwer verletzt. Sein kritischer Zustand macht allen im Team zu schaffen, ganz besonders Walter.

Ein Mitarbeiter der CIA hat brisante Informationen über bestimmte Chemikalien nach außen gegeben: Man kann aus den Stoffen entweder ein Pestizid oder ein Nervengift herstellen. Wie sich herausstellt, hat der Analyst Leonard die Daten an die Frau, die er liebt, weitergeleitet. Sie behauptet, mit den Chemikalien armenischen Bauern helfen zu wollen. Doch in Wahrheit ist sie eine Spionin. Team Scorpion muss sie schnellstmöglich stoppen.

Die Regierungschefs von Weißrussland, Litauen und Lettland werden für ein geheimes Treffen in die USA geflogen, um einen drohenden Krieg zwischen den Ländern abzuwenden. Team Scorpion soll mithilfe einer Visualisierungs-Software dafür sorgen, dass es so aussieht, als wären die Staatsoberhäupter noch in ihren Ländern. Als bei dem Treffen jedoch etwas schief geht, und der litauische Präsident durch das Gift einer Schlange umkommt, ruft dies Team Scorpion erneut auf den Plan.

Maya Hernandez, Kronzeugin im Prozess gegen das berüchtigte DL-Kartell, wird auf dem Weg zum Gericht um ein Haar erschossen. Team Scorpion erhält den Auftrag, die Frau in Sicherheit zu bringen. Mit einem ausgeklügelten Plan wollen die Genies die Gangster austricksen – doch die Kriminellen scheinen ihnen immer einen Schritt voraus zu sein. Eine gefährliche Flucht beginnt, auf der das Team und Maya nicht nur ein Mal um ihr Leben fürchten müssen.

Team Scorpion hat eine neue Leiterin, Adriana Molina. Und auch ein neuer, kniffliger Fall erwartet die Crew: Ein russischer Satellit wurde angeblich von Weltraummüll aus dem Orbit geschleudert und rast nun auf Südkalifornien zu – eine tickende Atombombe, denn der Satellit ist voller Plutonium. Das Team berechnet, dass der Aufprall über 10 Millionen Menschen das Leben kosten würde. Es beginnt ein Wettlauf gegen die Zeit.

Als in einem Hochsicherheitsgefängnis ein verdeckter Informant ermordet aufgefunden wird, versucht der Direktor, hinter die Machenschaften der Gang Eh-Ta-Me zu kommen. Bei der Leiche wurden Seiten mit einem verschlüsselten Code gefunden; offensichtlich hat Shima Funukoshi, der Chef der Bande, zu Mitgliedern der Gang außerhalb des Knasts Kontakt und gibt Morde in Auftrag. Seine nächsten Ziele sollen drei Richter sein. Wird es Team Scorpion gelingen, den Code zu entschlüsseln?

Der kranken Megan geht es immer schlechter. Als auch das Krankenhaus-Personal plötzlich komische Symptome zeigt, wird die gesamte Klinik unter Quarantäne gestellt. Offenbar breitet sich dort ein seltener, gefährlicher Pilz aus. Die Seuchenschutz-Behörde ist vollkommen hilflos angesichts der Bedrohung. Also macht sich Scorpion auf die Suche nach einem Gegenmittel. Scheinbar hat Sylvester eine Super-Bakterie auf der Haut, die im Kampf gegen den Pilz nützlich sein könnte.

Team Scorpion will auf einer Hütte gemütlich Weihnachten feiern, daher hat Paige Computer- und Internetverbot erteilt. Als Walter und Tim im Wald nach einem passenden Bäumchen suchen, ist es mit der Ruhe allerdings schnell vorbei: Sie beobachten, wie Gangster einen Mann sein Grab schaufeln lassen. Dem Mann gelingt die Flucht, und es stellt sich heraus, dass er ein ATF-Agent ist, dessen Undercover-Einsatz aufflog. Einsatz für Team Scorpion!