La Nathan James approda nella baia di Guantanamo per rifornirsi di carburante e di viveri. Ma i membri dell'equipaggio trovano ad attenderli un gruppo di terroristi arabi liberati dai contractors addetti alla sicurezza dopo l'esplosione della pestilenza. Tex, unico sopravvissuto dei contractors, riesce ad avvertire la squadra comandata da Chandler e ad evitare che cada vittima di un'autobomba. Ma i terroristi sono sparsi in tutta la baia. La Dottoressa Scott risponde all'appello di Danny ed interviene salvando la vita di Cruz, rimasto ferito negli scontri, e riguadagnando agli occhi dei soldati quella fiducia che era venuta meno. Ma quando tutto sembra risolto, ecco una nave russa bloccare l'ingresso del porto: il dottor Quincy Tophe, che fa il doppio gioco, è riuscito nell'intento di far ritardare la partenza della nave in attesa dei Russi.

Quincy è costretto a consegnare Rachel e il virus primordiale a Ruskov perché il russo gli ha rapito moglie e figlia, ma viene bloccato. Intanto, grazie al sacrificio di due uomini, Chandler scopre di poter uscire dal porto attraverso un vecchio canale che presenta, però, una barriera corallina. L’idea è di fingere di accettare il ricatto di Ruskov per spianarsi la via d’uscita.

La Nathan James va in soccorso di una ragazza non contagiata dal virus, rimasta da sola su un peschereccio. Durante l'operazione di recupero, i gommoni vengono attaccati dai russi, e Chandler e Tex finiscono dispersi in mare. La ragazza si rivela essere geneticamente immune e questo permetterà alla dottoressa di creare il vaccino. Chandler e Tex, però, finiscono nelle mani dei russi.

Il Capitano Chandler e Tex sono prigionieri sull'incrociatore lanciamissili russo. Per liberarli, l'Ammiraglio Ruskov chiede in cambio la Dottoressa Scott e i campioni con i risultati del suo lavoro. Rachel, nel frattempo, è riuscita a mettere a punto un vaccino efficace grazie a Bertrise e si offre di consegnarlo personalmente a Ruskov. Una volta a bordo riesce a passare un messaggio al Comandante Chandler avvertendolo della missione di salvataggio partita al comando di Danny. La Dottoressa si trova nel laboratorio a tu per tu con il cosiddetto paziente zero, lo scienziato Niels responsabile della morte di miliardi di persone per aver "armato" il virus unendolo al proprio DNA. Chandler e Tex riescono a fuggire unendosi alla squadra mentre punti vitali della nave vengono minati. Chandler riesce a portare via con sé la moglie e la figlia di Quincy, ostaggi nelle mani di Ruskov. Alla fine riescono a fuggire e solo sull'imbarcazione si rendono conto che Cossetti è stato ferito mortalmente. Sulla nave russa si susseguono le esplosioni e nel pandemonio che regna il Dottor Niels, portatore sano del micidiale virus, fuggito dal reparto isolato, si aggira indisturbato diffondendo sulla nave il morbo letale.