여름 방학을 맞이하여 무력감을 느끼던 다이치는 우연히 타네가시마 상공에 나타난 이형의 무지개에 관한 뉴스를 접하게 된다. 그리고 충동적으로 어린 시절 추억이 깃든 땅, 타네가시마로 홀로 떠나게 되는데...

얼떨결에 어스 엔진에 탑승해 킬트강과 싸우게 된 마나츠 다이치. 그러나 처음 하는 우주 전투에 다이치는 당하기만 하는데. 그때, 본인을 마법소녀라고 말하는 수수께끼의 플라이트 디렉터가 나타난다.

사령관인 니시쿠보 아저씨 댁에서 다 함께 살게 된 텟페이, 다이치, 하나, 아카리. 그러나 이런 단란함을 느낄 새도 없이 킬트강이 쳐들어오는데. 다이치는 지구로 접근하는 킬트강이 자신의 아버지를 죽게 만든 장본인이라는 걸 알고 또다시 어스 엔진에 탄다.

알비온의 등장에 지구로 직접 내려가보기로 한 유성기어장치, 아마라와 모코. 한편, 타네가시마 글로브 기지에서는 어젯밤 킬트강이 된 텟페이의 처우를 놓고 고민에 빠지는데...

텐카이도 내에서 인공동면 중인 키보토스 계획의 선발 멤버들. 그 중에 한 명인 텟페이의 유전자 제공자를 수상한 공작원들이 노리는데. 이 사실을 알고 니시쿠보 사령관은 텟페이와 아카리를 텐카이도로 보낸다

킬트강의 습격 이후, 만일의 경우를 대비해 인류를 탈출시키려는 ‘키보토스 계획’을 수립한 글로브. 그런데 이 계획에는 무토 하나가 빠져서는 안 된다고 하는데. 요격파인 니시쿠보와 갈등을 겪고 있었던 방주파, 히로스에는 결국 하나를 구속한다.

하나의 말대로 또다시 지구를 습격한 킬트강. 그러나 이번에는 아마록와 말킨, 두 명이라서 다이치 혼자 상대하기엔 버거웠는데... 이 상황을 막으려면 텟페이가 나서야 하지만 텟페이는 본래 모습으로 돌아가는 것을 주저한다.

킬트강이 습격해 온다고 예지된 오다이바 카지노에 도착한 미드서머스 나이츠. 다이치는 임무를 수행하면서도 캡틴이라는 명칭에 아직 적응을 못한 것 같은데... 한편, 아마록과 말킨에 의해서 새로운 유성기어장치 멤버가 각성한다.

다이치가 유성기어장치와 싸우고 있는 사이, 머신 굿펠로의 매뉴얼을 입수한 아카리. 이게 마음에 들지 않았던 유성기어장치는 혼자 시내에 나온 아카리를 납치하는데.

정확하진 않지만 오늘 밤 나타난다는 새로운 킬트강의 각성을 막기 위해 다이치는 다시 출격준비를 한다. 텟페이는 타네가시마 기지에 남아 능력검사를 받게 되고, 미드서머스 나이츠에 기여하지 못하는 걸 아쉬워하는데.

다른 때에 비해서 유독 부정확하게 나온 피츠의 예지. 그러나 미드서머스 나이츠는 또 다른 킬트강이 각성한다고 알려진 곳에 잠복한다. 한편, 리타는 신분을 위장하여 칸다 사건을 담당했었던 수사관을 찾아가는데.

적의 새로운 머신 굿펠로가 나타난다는 말을 듣고 지하 투기장을 방문한 미드서머스 나이츠. 그리고 아마라 또한 자신의 동료를 각성 시키기 위해 투기장으로 향하는데.

또 다시 투기장을 찾은 마나츠 일행. 마나츠는 그곳에서 챔피언 바쿠와 처음으로 대화를 하게 되는데. 한편, 본능적으로 각성을 거부하는 버그베어 때문에 아마록은 어떤 물건을 가져오게 된다.

사흘 동안은 머신 굿펠로의 움직임이 없다는 예지에 아카리는 휴가를 제안한다. 넓은 방에서 잘 수 있다고 들뜬 아카리, 그리고 마나츠와 하나는 같은 방에서 묵게 되는데. 한편, 세츠나 캡슐을 모두 사용해버린 유성기어장치는 예상 외의 방법으로 섬을 공격하려 한다.

마나츠를 거부하며 뛰쳐나간 하나는 세츠나와 만나게 된다. 그러나 두 사람 앞엔 유성기어장치, 아마라와 모코가 나타나는데. 한편, 쿠베는 맥베스 내에서 불온한 움직임을 감지하고 팩에게 추궁을 하러 간다.

세이렌의 힘으로 오르곤 에너지를 충전한 유성기어장치, 아이아탈은 지구 침공을 강행한다. 그리고 이에 맞서 새롭게 네오테니가 된 무토 하나가 출격하게 되는데.

타네가시마에 새로 파견된 솔티 도그의 여자 간부, 안도는 도착하자마자 하나의 행방을 묻는다. 그러나 하나는 니시쿠보의 책략으로 텐카이도에 남아있었는데. 한편, 유성기어장치는 세이렌의 힘을 이용해 오르곤 캡슐 2개를 충전한다.

임무를 마치고 텐카이도에서 타네가시마 기지로 귀환하게 된 미드서머스 나이츠. 그러나 하나를 노리는 방주파의 음모로 다이치, 텟페이, 하나는 오스트레일리아 대륙에 불시착하게 되는데.

솔티도그의 입김이 센 오스트레일리아에서 다이치 일행은 그나마 경비가 허술한 글로브 카펀테리아 기지로 향한다. 그리고 아카리의 도움으로 대형 수송기를 빌려 타는 데 성공하는데.

블루메를 깨운 하나는 다이치의 부름에 무사히 각성한다. 한편 텐카이도에는 요격파의 주요인물들이 모여 그들이 실행할 오퍼레이션 서머에 대한 브리핑을 시작한다.

미드서머스 나이츠의 작전을 방해하기 위해 직접 텐카이도에 올라온 아이는 머신 굿펠로를 가동시킨다. 한편, 솔티 도그의 히로스에는 하나를 돌려주지 않으면 텐카이도를 폭파시킨다고 협박하는데.

오퍼레이션 서머를 위해 블루메에 들어간 하나는 초공간항행, 인탱글 링크를 위해서 정신을 집중한다. 그런데 그때, 솔티 도그가 블루메를 향해서 임팩터를 출격시키는데.

작전을 수행하던 도중 갑자기 과거로 돌아와버린 다이치. 타네가시마에 가기 전 일을 또다시 겪은 다이치는 기시감과 함께 왠지 모를 위화감을 느낀다.

오베론을 탈취한 팩은 블루메에게 자신의 인격을 인스톨하여 거대 파괴 병기, 로빈 굿펠로로 변모한다. 그리고 미드서머스 나이츠를 압도하는 힘으로 고향인 지구를 덮치는데.