帝国に追われるアルカは、逃走中に偶然出会ったコガに剣の腕を認められ、モシリの村に連れてこられる。アルカは用心棒として村長モリーに雇われ、帝国軍と戦うことに。その頃、帝国の一兵団でジン・ヴァレル率いる「墨華隊」は師匠殺しの重罪人として、アルカを探していた。

歓楽街にはアルカの指名手配書が至るところに貼られている。賞金稼ぎのハズキに渡門旅館に連れて来られたアルカは女将カレンと出会う。カレンは「ここはひととき浮世を忘れる楽しい場所であり、あなたのことは誰にも喋らない」と、アルカにここから出て行くことをすすめるが…。

娯楽党党首・ロアナは、アルカに仇はジンだと教え、復讐は「掟」ではなく「心」でするべきだとアルカに説く。アルカを餌にジンを誘き寄せるロアナ。現れたジンに奇襲をかける娯楽党だったが、ジンの持つ濁気の力により殲滅させられる。ジンの放った濁気はアルカにも襲いかかる！

繁華街でゴミ拾いの仕事をしながら、その日暮らしの生活をしているセトとピア。家では視力を失ったアルカの介護をしている。そんなある日、追剥ぎに襲われたセトは図らずも彼らを殺してしまう。彼らが所持していた金品を売って大金を手にしたことで、セトの日常は一変して…。

天精を強く憎む青年ショウはアルカを用心棒として雇い、村に天精栽培を止めるよう説得を試みる。しかし天精を栽培することでしか存続できない村はショウの説得を聞き入れない。思い通りに事が進まずいらだつショウは、ある計画の実行を決意するが…。

反政府ゲリラに身を置く魔道師のユウは積極的な武力行動を嫌っていたが、他のメンバーはユウの意志とは無関係に帝国との戦闘に備えて殺気立っていた。一方ジン率いる墨華隊は、彼らを殲滅する為に陣営を構えていた。ユウは戦闘を止める為、ジンに直接訴えに行くが……。

モリーと再会したアルカは、心に傷を持ったもの達が集まる海辺の家に導かれる。そこでモリーは不気味に感じられるほどに微笑みを絶やさず丁寧な口調で語りかける人々と生活をしていたが、その雰囲気は以前とはどこか異なっていた。モリーが母と慕う女性ミラは、アルカに心安らかになるための「儀式」を施したいと申し出るが…。

アルカの前に濁気に冒されたユウが現れる。「ホン師匠はどこだ」とアルカを問い質すユウだが、空腹のためにそのまま倒れてしまう。倒れたユウを新娯楽党アジトにまで連れて行き、看病をするアルカ。ユウと話すうち、アルカの中でホン師匠の教えが少しずつわかっていき……。

目的を失ったアルカは、カレンの誘いで渡門旅館で働くことにする。旅館の仕事を教え、いろいろと気遣ってくれるミハルと次第に仲良くなっていくアルカ。人間らしい感情が少しずつ芽生え始めていた彼女は、今までの暗殺者の生き方とはまったく違う世界があることを知る。しかしそんなアルカの安息の日々は、意外な人物によって打ち砕かれるのだった。

カレンによって心に深い傷を負ったアルカは、ビードロ職人のハヤテと妻ハナに出会う。明朗快活で気っ風がいいハナの人柄に元気付けられるアルカ。そんな姿をハヤテとハナは死んでしまった2人の子供と重ね合わせるが…。

今まで何の意味も感じていなかった人々の言葉が脳裏をよぎり、苦悩するアルカはいつの間にか生まれ育った剱一族の村に戻ってきていた。アルカを探すカレン、ハズキ、ロアナは剱一族の村に向かうが、ジン・ヴァレルの影もすぐそこまで近付いていた。

再びアルカ達の前に立ちふさがるジン・ヴァレル。戦えなくなったアルカを守るため、カレン、ハズキ、ロアナはジンと対峙するが歯が立たない。すべてに決着をつける為、アルカは最後の戦いに挑む決意をする。いつ果てるともなく続く戦い。ついにジンの放った渾身の濁気がアルカを襲う…。