Escha Malier entame sa première journée en tant qu'alchimiste officielle à la division R&D de la ville de Colset, sous la supervision du chef officiel Colland Grumman, de son fils et trésorier Solle, et de la responsable de la division R&D Marion Quinn. Elle y fait une première rencontre embarrassante avec son collègue alchimiste Logix "Logy" Fiscario, lui aussi nouveau venu dans la division.

Escha et Logy rencontrent Linca, une épéiste qui est l'amie intime et la garde du corps de Marion. Plus tard, ils sont chargés de venir en aide à un village voisin, au nord de Colset, qui manque d'eau à cause de la pollution.

La recette d'Escha pour purifier le réservoir du village fonctionne, mais la pollution continue et elle remonte le courant avec Logy à la recherche de la cause.

À la suggestion de ses amis, Escha tente de faire une copie de sa queue artificielle, mais bien qu'il s'agisse d'une opportunité rentable, elle est plus intéressée de le faire pour en savoir plus sur sa défunte mère, qui l'a créée pour elle.

Escha est chargée de trouver un nouveau moyen d'améliorer la récolte du verger local. En cherchant des idées, elle et ses amis décident d'organiser un concours pour trouver des recettes à réaliser avec les pommes jetées. Un concours de dégustation est organisé dans le restaurant local.

Les membres de la division R&D se préparent à l'arrivée d'un auditeur pour vérifier leur travail, quand l'une des leurs, l'épéiste Linca, est repérée en train de semer le trouble dans la ville.

Les missions étant terminées, la division R&D est prête à prendre des vacances bien méritées, lorsque Wilbell apparaît et les convainc de l'accompagner dans un voyage aux sources chaudes près d'un volcan, sans savoir quelles sont ses véritables intentions.

Escha a toujours rêvé d'atteindre les ruines inexplorées qui flottent près de sa ville. Lorsque leur amie Threia cherche un moyen d'atteindre les ruines, Escha se réjouit, juste pour voir ses rêves anéantis lorsqu'ils reçoivent l'ordre des supérieurs de faire des préparatifs pour qu'une autre équipe puisse tenter l'aventure. Cependant, les amis d'Escha décident de ne pas abandonner et de former leur propre équipe d'exploration.

En cherchant des composants clés pour compléter un dirigeable, Escha apprend les rêves de Logy, qu'un tragique accident a poussé à abandonner.

Le groupe rencontre une fille énigmatique nommée Flameu...

Escha et ses amis retournent aux ruines pour affronter Flameu. Ils tentent de la libérer de ce qui la lie aux ruines.