長きにわたる大戦が終結し、徐々に平和を取り戻しつつあるフェルビスト大陸。 生きる目的を失い自堕落な日々を送っている元乱破師（サバター）のトールは、妹アカリとともに放浪の身であった。 と、そんなふたりの前に棺を背負った魔法師（ウィザード）の少女チャイカが現れる。 あるモノを探して旅を続けているという彼女に、ひょんなことから雇われることになった兄妹。 その依頼とは－－。 「領主の館、襲撃」

馬車に揺られイプソム市にやってきたチャイカたちの前に気配もなく忽然と現れたのは、「チャイカの協力者」を名乗る謎の少年。 ただならぬ気配と、どこか不穏な笑顔に身構えるトールを前に、ギイと名乗るその少年は移動用機車（ヴィークル）の入手方法と、次なるターゲット、八英雄のひとりであるドミニカ・スコダの情報を告げて消える。その頃、ジレット隊もチャイカを追って街に潜入しており……。

ドミニカ・スコダを探して分け入った深い森で棄獣（フェイラ）に襲われていたトールたち。彼らを助けたのは、棄獣（フェイラ）の中でも知能・戦闘力ともにずば抜けているという装鎧竜（ドラグーン）と契約した竜騎士（ドラグーンキャバリア）・ドミニカその人だった。 彼女の館に逗留することになった一行は、しばしの休息を得る。 チャイカは、今や恩人となったドミニカから“遺体”を奪うことをためらいを見せ始め…。

フレドリカが仲間に加わり４人（３人＋１匹？）となったチャイカたちは、次なるターゲットを探して旅を続けていた。 そんな彼らに突然襲い掛かる謎の３人組。 蛇絞剣（スネークブレイド）を自在に操る少女の姿は－－。 「！　チャイカ……？」 瓜二つなふたりの少女を前にトールは困惑する。

魔法師（ウィザード）のセルマと槍遣いのダヴィード、そして白いチャイカ。 トールとアカリ、そして紅いチャイカ。両者は夜明けの河原で対峙する。 そこに、棄獣（フェイラ）の一種・奇眼鳥（コカトリス）の群れが襲いかかる！ その最凶最悪の視線――神経に作用する猛毒の魔法――から命からがら逃れたトール達に、紅いチャイカは意外な言葉をかける。 「提案。考慮。主の乗り換え」

旅を続けるチャイカ一行は次なる遺体を入手すべく、八英雄の一人・魔法師（ウィザード）のシモン・スカニアが４年前、最後に目撃されたというラデミオの街にたどり着く。 そこでは、霧深く、立ち入った者は二度と帰らないという“還らずの谷”の存在がささやかれていた―― 崩れた崖から“還らずの谷”の底深く落ちていったトールが見たものとは！？ 「いままでありがとねトール。さようなら」「……待て、…待ってくれ、チャイカ！」

「ここはネオガズ帝国の領土だ、通行料を払ってもらおうか」 チャイカたちの前に立ち塞がる、ガズ帝国の復興を掲げた怪しげな集団。 そこには「チャイカ姫」と呼ばれる黄色いドレスを着た少女の姿があった。 機転を利かせたアカリの判断で、一行は旅芸人に扮することに。 一方チャイカは、彼女の故郷である在りし日のガズ帝国を知る彼らに興味津々で……。

終戦記念日の祭りで賑わう街。 北の民族抗争の鎮圧を命じられたジレット隊も、旅の途中、その賑わいの中にいた。ジレットと二人きりの買出しを喜ぶヴィヴィ。 一方、魔法思念料を求めるチャイカ達だったが、目当てのものはどこも品薄。手元に残る量では機車（ヴィークル）を動かすにも半日ともたない。そんな中チャイカは、魔法思念料に代わる燃料として、自身の記憶を使用できると言う。 チャイカの欠落した記憶、アキュラの里で過ごした幼き日のトールの記憶――それぞれの「記憶」が交錯する。

皇帝の遺体を所有するというガヴァーニ公爵の治める街へたどり着いたチャイカたち。 そこはヴィーマック王国一の化石思念料の産地でもあるはずが、どの店にも在庫がない。公爵が、街中の化石思念料と「娘」を徴収していると言うのだ。 街の上空を旋回する巨大な航天要塞・ソアラ。膨大な魔力を必要とするそれが彼の城だと聞き、遺体の使用を確信した一行は、町娘に扮したアカリを潜入させるが…。

突如襲いかかってきたアカリに奈落へと蹴り落とされるトール。 そんな彼を助けたのは、ヴィヴィとともに要塞内に潜入していたジレット隊のズィータだった。トールはチャイカ救出のため、航天要塞からの脱出手段を探す彼女たちとしばし手を組むことに。 一方、蒼いヴェールを纏った妖艶な少女・レイラはチャイカに告げる。 「あなたはまだ知らない。自分が何のために生きているのか、何のために生まれてきたのか。それを知った時、あなたは心底から……絶望できるわ」

迫りくるヴィーマック王国の航天要塞・ストラトス。 2つの巨大兵器がぶつかり合う、まるで戦乱の世に戻ったかのような最悪の光景を前に、ジレットはヴィヴィとズィータを救出すべく、進軍の最前線に乗りこんでいく。 ソアラ内部では、トールやアカリ、ヴィヴィ、ズィータ、そしてフレドリカ――それぞれがそれぞれの目的のために、避けられない戦いに身を投じていた。 自らの存在、その真実を知ったチャイカ。彼女の導きだした答えとは――