In den letzten Tagen des Krieges beauftragt Kaiser Arthur Gaz einen seiner Beamten mit der Leitung eines geheimen Projekts mit dem Codenamen Chaika. Einen Monat nach den Ereignissen in Soara, duelliert sich Chaika mit Lady Claudia Dodge, einer weiteren der Acht Helden, und ihren Männern, aber Chaika verliert gegen Claudia. Trotzdem erlaubt Claudia Chaika auf ihrem Anwesen zu bleiben.

Während Chaika, Toru und Akari versuchen, einen Weg zu finden, Claudia zu besiegen, besiegt die rote Chaika mit ihrer Gruppe einen anderen Helden, Glen Donkervoort, nimmt Arthurs rechten Arm an sich und macht sich auf den Weg zu einer Insel, wie von ihrem Informanten Guy vorgeschlagen. Schließlich gelingt es Chaika, ihren Zauber zu verkürzen und Claudia zu besiegen.

In einer Küstenstadt angekommen, die von Clay Morgan von den Eight Heroes regiert wird, verkleiden sich Toru und die Gruppe als Comedy-Truppe um in Clays Villa einzudringen. Als Clay auf die Gruppe aufmerksam wird und Chaika sieht, rennt er schreiend davon, während Toru und Akari ihn verfolgen. Chaika versucht, Hinweise auf die geheime Insel zu finden und findet eine Spur am Bösen Meer.

Chaika, Red Chaika und ihre Gefährten schaffen es sicher auf die Insel zu gelangen, werden aber später von einem Dämonen unter der Führung von Kiril und auf Befehl seines Meisters Viktor Izhmash gefangen genommen. Während Akari mit Frederika wiedervereint wird, freundet sich die gefangene Chaika mit einer der Dämonen an.

Als die Chaikas abgeführt werden, ordnet Viktor an Kiril und Ursula zu töten, da er keine Verwendung mehr für sie sieht, da er nun massenhaft Klone von Halbmenschen herstellen kann. Toru und die beiden Chaikas entkommen ihren Entführern, woraufhin die beiden Mädchen beschließen mit vereinten Kräften von der Insel zu fliehen und das blauhaarige Mädchen, Niva Lada, zu retten.

Während Toru und seine Gefährten sich auf den Weg zum Fürstentum Hartgen machen um die letzten Überreste von Arthur zu holen, kommt das Gillette Corps auf der geheimen Insel an und erfährt von Kiril und Ursula, was auf der Insel passiert ist. In Hartgen nehmen Red Chaika und ihre Gefährten am Turnier teil, nachdem sie andere Teilnehmer in den Vorrunden besiegt haben.

Toru und Akari versuchen in das Schloss einzudringen um die Überreste zu stehlen, aber ihr Mentor Shin erscheint und zwingt sie zur Flucht. In der Zwischenzeit bringt Guy Niva zu Stephan Hartgen, der unbedingt einen neuen Krieg anzetteln will, da er glaubt, dass Krieger wie er nur im Kampf würdig sein können.

Chaika, Toru, Vivi und Nikolai nehmen weiter am Turnier teil, werden aber von Hartgen-Wachen verhaftet, die sie angeblich wegen Betrugs in einen Tunnel zwingen. Akari und Frederika schleichen sich in das Schloss, um Stephans Überreste zu stehlen, treffen aber auf eine Gruppe von Chaika-Kriegern unter der Führung von Shin und werden gefangen genommen.

Nachdem er mehrere fliegende Festungen der Sechs Nationen zerstört hat, begibt sich Arthur zusammen mit Shin zu einer seiner Weltraumfestungen, um seine Pläne zu verwirklichen. Toru beschließt einen Pakt mit Frederika zu schließen und ein Dragoner-Kavalier zu werden, um Arthur zu bekämpfen, während Akari, Red Chaika und ihre Gefährten gegen Black Chaika und ihre Schergen antreten.