播种船希德尼娅一边同毁灭了太阳系的神秘生命体·奇居子交战，一边向新天地进发。取得辉煌战果的卫人操纵士·谷风长道，成为了操纵士训练生们憧憬的对象。但他本人所关心的只有自外生研消失的胞衣星白的去向而已。另一方面，辞去卫人操纵士的岐神海苔夫，拜访了科学家落合的研究所。在这被封印的场所，岐神所见到的是……。

面对在希德尼娅的前进路线上出现的新的奇居子GA549，长道等人陷入苦战。这时，自称为白羽衣紬的新型奇居子出现在那里。面对向GA549发动攻击的紬而瞠目结舌的卫人队，决定制定计策趁着对方自相残杀之时击破两者。但，长道察觉到紬并非敌人，于是出手相助击破GA549。紬所发出的声音，让他想起了过去的同伴星白闲……。

处分了不死船员会并停止议会的小林舰长，独断专行地让希德尼娅向着雷姆恒星系的第九行星Nine前进。其目的是，歼灭侵略第七行星Seven的大众合船，也就是自位于行星Seven死角的行星Nine发动总攻击。不可避免的与奇居子之间的全面战争。以及，在一部分民众之间扩大的对于融合个体紬的反感。发誓驱逐奇居子的长道，对于这一状况怀着复杂的想法……。

GA550放出了无数的奇居子本体。先行的紬被化为袋装构造体的第1群捕获，然而岐神认为这是绝好的机会，准备试验装入了紬的手爪的人工颖的力量。另一方面，追在紬后面的长道等卫人队开始迎击放出的奇居子第2群。为了避免有漏网之鱼，各小队一同以二重阵形阻止奇居子的进攻……但由于某个事件，状况完全改变。

自奇居子的攻击中现身的紬保护了希德尼娅。但其体组织失去了约90%，已经是必须接受集中治疗的状态了。长道和缬来到和紬同样受到致命伤的伊佐奈的病室，并在那里目击了某个光景。长道对于伊佐奈的状况感到安心，但同时也为继续治疗中的紬感到心痛。此时，他从海蕴那里得知了紬的胞衣已经回复，并移往一般槽的消息。

离开宿舍，无处可去的长道前往伊佐奈之处。伊佐奈的家传来不可思议的声音，而其正体则是紬。想着之后和长道他们还能再见几次面的紬，怀着悲伤的心情飞进了伊佐奈家。长道鼓励着紬，并为了她开始了新的物件搜寻。另一方面，在前去与大众合船交战之时，小林舰长正稳步进行着准备。然后，新兵器的启动实验开始了——。

重力子放射线射出装置贯穿了浮游小行星。就在以为对抗奇居子的新兵器实验成功之时，发生了与海依格斯粒子供给源之间的接续无法解除的事态。暴走的射出装置的胞衣与激烈的冲击一同不断扩大，并开始侵食后部外郭。另一方面，在后部外郭的情报被切断的司令部，缬命令卫人队出击。总算到达后部外郭的卫人队所见到的是……。

后部外郭发生的事故的修复作业开始的同时，因这起事故而执行了供给限制，众人也被呼吁共同居住。缬也住进了长道他们的家，并立刻占领了伊佐奈的房间，生活变得更热闹了。此时，结束了实验的伊佐奈暂时回到自家，发现受伤的羽蕾也在那里。伊佐奈邀请羽蕾一同外出，但……。

长道和伊佐奈来到了希德尼娅首屈一指的风景胜地千秋乡。被盛开的樱花包围着的两人缩短着距离，但长道最终还是说要调查而执行任务。另一方面，被扔下不管的缬和紬，为了妨碍两人的关系而潜入到千秋乡。长道和伊佐奈眺望着满天夜空，缬和紬则窥视两人的样子。但，缬和紬却目击到了那里的某个情景。

出现在长道和紬面前的奇居子，是过去本应在一番死战之后被长道击落的红天蛾。紬让长道去搜索伊佐奈，自己则开始和红天蛾一对一单挑。根据海蕴所言，紬的性能要更强一些，然而……。另一方面，伊佐奈跟随着想要把握行星Nine地形的队长，开始对毁灭了卫人的Nine进行探索。两人在前方所遭遇到的，是徘徊在地表的奇居子。

红天蛾的胞衣侵入了继卫改二机体内部。一直侵入到驾驶舱内部的胞衣重现为星白闲的姿态，不停地追逼着长道。为了阻止胞衣的侵入，必须将继卫改二的头部切离，并封闭机体颈部的气密隔壁。虽然伊佐奈如此建议长道，但被胞手缠住的长道却无法动弹。在此之上，红天蛾切断了继卫改二的电源。