Le pilote Nagate Tanikaze est désormais célèbre pour ses récents faits d'armes, mais Nagate est plus préoccupé par la disparition de l'ena d'Hoshijiro.

Nagate et son escadron livrent une dure bataille contre le Gauna 549 et sont aidés par l'apparition d'un Gauna d'un nouveau type se faisant appeler Tsumugi Shiraui.

Après avoir réalisé son coup, Kobayashi règle la trajectoire du Sidonia sur la neuvième planète dans le système lem voisin. La guerre totale semble inévitable.

Une nouvelle menace apparaît sous la forme du Gauna 550 et de la nuée de cœurs gauna inférieurs qu'il a expulsés pour intercepter la trajectoire du Sidonia.

Bien qu'elle ait joué un rôle clé dans leur victoire, Tsumugi subit de graves blessures en défendant Sidonia. Izana, blessée elle aussi, prend une décision courageuse.

Expulsé de son dortoir, Nagate n'a nulle part où aller et demande asile à Izana pour une nuit. Tsumugi est fortement ébranlée après son accident.

L'essai de la nouvelle arme de Sidonia réussit, mais l'équipage découvre qu'il ne peut pas l'éteindre. Yuhata envoie les pilotes de la garde enquêter sur le problème.

Les pilotes et Tsumugi réparent les dégâts subis par le Sidonia lors de l'incident de l'émetteur de rayon gravitationnel. Tsumugi s'en veut d'avoir causé un contretemps.

Izana est furieuse quand elle apprend que son rendez-vous avec Nagate était un coup monté. Peu après, elle est appelée pour partir en reconnaissance sur la Planète 9.

Le bataillon de reconnaissance est attaqué par les Gauna. Izana et le chef d'escadron parviennent à s'enfuir en pénétrant dans l'atmosphère de la Planète 9.

Izana et le chef de l'escadron de reconnaissance sont pris en chasse par un gigantesque Gauna humanoïde. Quant à Tsumugi, elle doit affronter le Sphinx écarlate.