태양계를 멸망시킨 수수께끼의 생명체, 가우나와 교전하며 신천지를 향해 나아가는 파종선 시도니아. 뛰어난 전과를 올린 모리토 조종사 타니카제 나가테는 훈련생들의 선망의 대상이 된다. 하지만 본인은 외생연구소에서 사라진 ｢에나｣호시지로의 행방만이 신경 쓰인다. 한편, 모리토 조종사를 그만둔 쿠나토 노리오는 과학자 오치아이의 연구소를 방문하고 봉인된 그 곳에서 쿠나토가 본 것은 ..

시도니아의 길목에 나타난 새로운 가우나 '가549'에 고전하는 나가테 일행. 그때 시라우이 츠무기라는 이름의 신형 가우나가 등장한다. '가549'를 공격하는 츠무기에게 말문이 막힌 경비대원들은 서로 싸우는 틈을 타 양측을 격파할 계획을 세운다. 하지만 나가테는 츠무기가 적이 아님을 눈치채고 '가549'의 격파를 돕는다. 츠무기가 내는 목소리는 한때 동료였던 호시지로 시즈카를 떠올리게 하는 목소리로 ..

불사의 선원회를 처분한 고바야시 함장은 독단으로 시도니아의 진로를 렘 항성계 9번째 행성 나인으로 향한다. 목적은 일곱 번째 행성 세븐을 침공하는 대슈가후센을 격멸하는 것이다. 피할 수 없는 가우나와의 전면전. 그리고 일부 민중에게 퍼지는 융합 개체 츠무기에 대한 반감. 가우나 박멸을 맹세한 나가테는 이 상황에 복잡한 심경을 품고 있었다 ..

무수한 가우나 본체를 방출한 '가550'. 앞서가던 츠무기는 주머니 모양의 구조물이 된 가우나 1군에게 잡히지만, 쿠나토는 절호의 기회라며 츠무기에게 장착된 인공 ｢카비｣의 힘을 시험해 보려 한다. 한편, 츠무기의 뒤를 쫓는 나가테와 모리토 조종사 일행은 방출된 가우나 2군을 요격하기로 한다. 누출을 막기 위해 각 소대는 이중 포메이션으로 가우나의 침공을 저지하지만......

가우나의 공격으로부터 몸을 던져 시도니아를 지켜낸 츠무기. 하지만 신체조직의 약 90%를 잃어 중환자실에서 치료를 받아야 하는 상태였다. 나가테와 유하타는 츠무기처럼 치명상을 입은 이자나의 병실을 찾아가고, 그곳에서 어떤 광경을 목격한다. 이자나의 상태에 가슴을 쓸어내리는 나가테였지만, 치료가 계속되는 츠무기의 모습에 마음이 아팠다. 그러던 중 모즈쿠로부터 츠무기의 기운이 회복되어 일반 병실로 옮겨졌다는 소식을 듣는다.

기숙사를 떠나게 되어 갈 곳 없는 나가테는 이자나에게 의지하게 되고 이자나의 집에서 이상한 소리가 들리는데, 그 정체는 츠무기였다. 앞으로 나가테 일행을 몇 번이나 더 만날 수 있을까 생각한 츠무기는 너무도 슬퍼서 이자나의 집으로 뛰어들었다고 한다. 나가테는 그런 츠무기를 격려하며 그녀를 위해 새로운 집을 찾기 시작한다. 한편, 고바야시 함장은 대슈가후센과의 전투를 위해 착실히 준비 하고 있었다. 신병기의 기동 실험이 시작된다.

후방 외곽에서 발생한 사고의 복구 작업으로 인해 공급제한이 실시 되고, 집단 생활을 권유받게 된다. 나가테 일행의 집에도 유하타가 들어와 이자나의 방을 차지하게 되는 등 생활이 더욱 활기를 띠게 된다. 그런 와중에 실험을 마친 이자나가 집으로 돌아갔을 때, 거기에는 부상당한 유레가 있었다. 이자나는 유레에게 함께 외출을 하자고 권유받지만....

시도니아 최고의 명승지 '천추향'에 도착한 나가테와 이자나. 만개한 벚꽃에 둘러싸인 두 사람은 점점 거리를 좁혀가지만, 나가테는 그저 명승지 조사라고 말하며 임무를 착실히 수행해 나간다. 한편, 유하타와 츠무기는 '천추향'에 잠입해 두 사람의 관계를 방해한다. 밤하늘을 바라보는 나가테와 이자나, 그런 두 사람의 모습을 훔쳐보는 유하타와 츠무기. 그러나 두사람은 그곳에서 어떤 광경을 목격한다.

행성 나인에서 가우나를 만난 이자나 일행의 정찰부대. 가우나의 반응은 순식간에 증가해 이자나 일행은 차례로 격추되고 만다. 한편, 정찰대와의 통신이 끊긴 사령부에서는 고바야시 함장이 가우나 섬멸을 위한 작전 계획을 지시한다. 당장 이자나를 구출하고 싶은 나가테와 츠무기는 출격 허가를 강력히 요청하지만.. 혼란스러운 상황 속에서 이자나를 잃으면 츠무기가 폭주할 것이라고 생각한 쿠나토는 고바야시 함장에게 한 가지 제안을 한다.

나가테와 츠무기 앞에 나타난 가우나는 과거 나가테가 사투 끝에 격추시켰던 ｢베니스즈메｣였다. 츠무기는 나가토에게 이자나를 찾아달라고 부탁하고, ｢베니스즈메｣와 한판 승부를 벌인다. 한편 이자나는 행성 나인의 지형을 파악하라는 대장의 지시에 따라 모리토를 버리고 탐색을 시작한다. 그 길목에서 두 사람이 마주친 것은 지표를 배회하는 가우나였다.

츠구모리 카이니의 기체 내부로 에나를 침입시키는 ｢베니스즈메｣. 조종석 내부까지 침입한 에나는 호시지로의 모습을 재현하며 나가테를 계속 쫓아간다. 이자나에게서 에나의 침입을 막기 위해서는 기체경부의 기밀 격벽을 닫아야만 한다고 충고받지만. 포자에 휘감겨 꼼짝도 할 수 없었다. 게다가 ｢베니스즈메｣에게 츠구모리 카이니의 전원이 꺼져버려..