太陽系を滅ぼした謎の生命体・奇居子（ガウナ）と交戦しながら新天地を目指す播種船シドニア。めざましい戦果を挙げる衛人（モリト）操縦士・谷風長道（たにかぜながて）は、操縦士訓練生の憧れとなっていった。しかし、本人が気にしているのは外生研から消えたエナ星白の行方ばかり。一方、衛人（モリト）操縦士を辞めた岐神海苔夫(くなとのりお）は、科学者落合の研究所を訪れていた。封印されたその場所で、岐神が見たものとは……。

シドニアの進路上に現れた新たな奇居子(ガウナ)ガ549に苦戦する長道(ながて)たち。するとそこへ白羽衣(しらうい)つむぎと名乗る新型奇居子が姿を現す。ガ549に攻撃を仕掛けるつむぎに言葉を失う衛人隊だったが、同士討ちをしている隙に両者の撃破を画策。しかし、長道はつむぎが敵ではないことを察知し、ガ549の撃破を手助けする。つむぎが発する声は、かつて仲間だった星白閑(ほしじろしずか)を思わせる声で……。

不死の船員会を処分し、議会を停止した小林艦長は、独断でシドニアの進路をレム恒星系の第九惑星ナインに向ける。目的は、第七惑星セブンに侵攻する大シュガフ船の殲滅。惑星セブンの死角となる惑星ナインから総攻撃を仕掛けるという。避けることのできない奇居子(ガウナ)との全面戦争。そして、一部民衆に広がる融合個体つむぎへの反感。奇居子の駆逐を誓う長道(ながて)だったが、この状況に複雑な思いを抱いていた……。

無数の奇居子(ガウナ)本体を放出したガ550。先行したつむぎは袋状の構造体となった第1群に捕らえられるが、岐神は絶好の機会とばかりに、つむぎのツメに仕込んだ人工カビの力を試そうとしていた。一方、つむぎのあとを追う長道(ながて)たち衛人(もりと)隊は、放出された奇居子の第2群を迎撃することに。撃ち漏らしを避けるため、各小隊ともに二重の陣形で奇居子の侵攻を阻止するが……あることで状況が一変する。

奇居子（ガウナ）の攻撃から身を呈してシドニアを守ったつむぎ。しかし、体組織の約90%を失い、集中治療を受けなければならない状態だった。長道と纈は、つむぎと同じく致命的な傷を負ったイザナの病室を訪れ、そこである光景を目の当たりにする。イザナの容態に胸をなで下ろす長道だったが、治療が続くつむぎに心を痛めたままだった。そんな中、海蘊（もずく）からつむぎのエナが回復し、一般槽へ移ったとの報を聞く。

寮を出ることになり、行くあてのない長道はイザナを頼ることに。イザナの家では不思議な音がするというが、その正体はつむぎだった。あと何回くらい長道たちに会えるのかと考えたつむぎは、切なさのあまりイザナの家に飛び込んできたという。長道はそんなつむぎを励まし、彼女のためにと新たな物件探しを始める。一方、大シュガフ船との戦いにむけて、小林艦長は着々と準備を進めていた。そして、新兵器の起動実験が始まる――。

重力子放射線射出装置が浮遊小惑星を穿つ。奇居子（ガウナ）に対抗する新兵器の実験に成功したかと思われたその時、ヘイグス粒子供給源との接続が解除できないという事態が発生。暴走した射出装置のエナは激しい衝撃とともに拡大の一途を辿り、後部外郭に浸食を始めていた。一方、後部外郭の情報が遮断されている司令部では、纈（ゆはた）が衛人（もりと）隊の出撃を命じる。後部外郭にたどり着いた衛人隊が見たものとは……。

後部外郭で発生した事故の復旧作業が始まると同時に、この事故によって供給制限がおこなわれ、まとまって暮らすことが呼びかけられる。長道（ながて）たちの家にも纈（ゆはた）が転がり込み、早速イザナの部屋を占拠するなど、生活がいっそう賑やかになっていった。そんな中、実験を終えたイザナが一旦実家へ帰宅すると、そこには怪我をしたユレがいた。ユレに一緒にお出かけをしようと誘われるイザナだが……。

シドニア随一の景勝地、千秋郷（せんしゅうきょう）にやってきた長道とイザナ。満開の桜に包まれた二人はその距離を縮めていくが、長道はあくまでも調査だと言い切って任務を着々とこなしていった。一方、置いてきぼりを食らった纈（ゆはた）とつむぎは、二人の関係を邪魔しようと千秋郷への潜入を敢行する。満点の夜空を眺める長道とイザナ、そんな二人の様子を覗く纈とつむぎ。しかし、纈とつむぎはそこである光景を目にする。

惑星ナインで奇居子（ガウナ）に遭遇したイザナたち偵察部隊。奇居子の反応が瞬く間に増えていき、イザナたちは次々と撃墜されてしまう。一方、偵察部隊からの通信が途絶えた司令部では、小林艦長が奇居子殲滅のための作戦立案を指示。すぐにでもイザナを救出したい長道とつむぎは、出撃許可を強く求めるが……。混乱する状況の中、イザナを失うことでつむぎが暴走すると考えた岐神が小林艦長にある提案をする。

長道（ながて）とつむぎの前に現れた奇居子（ガウナ）は、かつて死闘の末に長道が撃墜したはずの紅天蛾（ベニスズメ）だった。つむぎは長道にイザナの捜索を任せ、紅天蛾との一騎打ちを繰り広げる。つむぎのほうが性能は上だという海蘊（もずく）だが……。一方、イザナは惑星ナインの地形を把握したいという隊長に従い、衛人（もりと）を破棄してナインの探索を開始する。その先で二人が遭遇したのは、地表を徘徊する奇居子だった。

継衛（つぐもり）改二の機体内部にエナを侵入させる紅天蛾（ベニスズメ）。コクピット内部にまで侵入したエナは星白（ほしじろ）閑（しずか）の姿を再現し、なおも長道（ながて）を追い詰めていく。エナの侵入を食い止めるためには、継衛改二の頭部を切り離し、機体頸部の気密隔壁を閉じなければならない。イザナにそう助言される長道だが、胞手を巻き付けられ身動きが取れないままだった。その上、紅天蛾に継衛改二の電源を落とされてしまい・・・・・・。