一直在地下和爷爷两人生活的谷风长道因为爷爷的去世而来到地上，饥饿的他在袭击碾米厂时被抓住，而他却被林舰长以某种目的收入学校操纵大型兵器“卫人”。没过多久他便迎来了首次任务，而他驾驶的机型正是他所擅长的一七式机型，虽然这次的任务只是在小行星上开采冰，但在他们面前出现的却是奇居子百年后的奇袭。

谷风等人在小行星的遭遇宣布了与奇居子的战斗，山野荣子不幸牺牲，看过奇居子的谷风时常会呕吐不止。被排斥的奇居子并没有放弃靠近，非常时期赤井为首的四天王严阵以待，而谷风在小行星与奇居子战斗中的出色表现也引起了众人的注意。重力祭即将来临赤井等人和暗地调查过的绿川缬找上了谷风，这让岐神感受到了从未有过的挫败感。

热闹的重力祭开始了，在重力祭中赤井为首的四天王不负众望，因为谷风老和星白在一起而闹别扭的科户濑被输掉比赛的岐神撞倒，谷风看到受伤的科户濑和岐神有了冲突。接受赤井邀请来到大海的谷风听到了他们讨伐奇居子的计划，带着荣光的赤井等人前往消灭奇居子，但在战斗中实力不凡的四人却被奇居子全灭。

让赤井等人丧生的奇居子依旧朝着希德尼亚飞来，发射出的重质量炮也被它变形躲开，为了防止它侵入希德尼亚内部舰长不得已下达了规避命令，加速规避使得希德尼亚发生了大规模的伤亡和破坏。奇居子竟然朝着回收班的谷风等人发射了Heigus粒子炮，手持颖刺的谷风成功将奇居子消灭掉，已到达零界点的他却无视命令坚持寻找失散的星白。

谷风成功找到星白，但卫人也因为用光海格斯粒子而机能停止。二人一边收集宇宙中飘散的微量海格斯粒子，一边计算着食物等待着母舰救援。他们在独处的时间里，加深了对彼此的了解。母舰的救援迟迟不见，而他们的饮水和食物都已用尽。谷风过度缺水晕厥，星白急中生智用尿救了他，谷风由此受到启发而用润滑剂精制出水，终于撑到救援赶来。

谷风归舰后，被视为英雄受到人们的热情问候与招待，与星白的感情与变得亲密起来。小林舰长因为谷风的身份暴露，而受到“不死船员会”的责备，但小林已做好与奇居子开战的准备，并任命谷风为新的卫人骑士。岐神海苔夫表面上与谷风握手言和，实则心生嫉妒，并在执行任务时成功算计谷风，害得星白殒命。

巨大的奇居子集合体向母舰靠拢，谷风等人受命前去歼敌。战斗异常残酷，而作为现场指挥官的岐神却算计谷风，打乱了作战计划造成重大人员伤亡，而星白也为了救谷风而牺牲。谷风既怨恨岐神的卑鄙，更对星白的死感到自责，因此情绪低落。绿川缬成为新的司令辅佐，在小林舰长的授意下开始了对奇居子复仇。

捕食了星白的奇居子们模仿她的形态出现在众人面前，并展现出类似卫人的攻击方式。谷风领命回收人形胞衣，而众人却被名为·奇490的人形奇居子杀得毫无还手之力，但在谷风出手后莫名逃走，它也因超强战力获得了“红天蛾”的称号。西山找小林理论，并回忆起谷风与斋藤广树与的渊源。另一面，回收的人形胞衣出现在研究所中，牙牙学语出“谷风”两个字。

胞衣星白展现出类人类的姿态，谷风因此被外生研的田宽濡美叫去协助研究。该胞衣完美模拟出星白生前的模样，并对谷风表现出兴趣。母舰上的反战份子在抗议无效后，有接近十万的民众选择移民到行星上定居。谷风一面继续看望胞衣星白，一面努力战斗、消灭奇居子。田宽经过对比分析发现，表明平静的胞衣星白，其实一直在窥视着颖刺保管库。

谷风、绿川、科户濑三人一起约会，并在名为重力馆的地方遇到了乔装的小林舰长。三人突破无重力区探险，却被不明人物麻醉捕获。谷风醒来后发现为首的居然是科户濑的奶奶，而小林舰长也向他说明了人与胞衣的产物——融合个体的来源和用途。岐神海苔夫与海蕴开始探寻疯狂科学家落合的秘密。科户濑成为了正式卫人骑士，而超大型奇居子结合体却突然横在了希德尼娅的前方。

希德尼娅改变航道试图避免与该奇居子的冲撞，但它居然变形出推进装置对希德尼娅穷追不舍。绿川提议将全部48把新武器装备2队卫人后出击，并成功破坏了奇居子的推进装置。但是，奇居子们使用粒子炮还击，并且红天蛾突然出现团灭了第2小分队，卫人们只剩下14架。万分危急中，绿川急中生智，用希德尼娅全舰所有的海格力斯能源击穿了奇居子的胞衣。

奇居子胞衣被破坏，本体露出，众骑士试图进入它的内部开始攻击。红天蛾继续攻击卫人们，谷风驾驶继卫缠住它并开始死斗。继卫不慎被海格力斯炮击中，坠毁之际被科户濑拼死救回。谷风苏醒后继续与红天蛾厮杀，最终巧妙地使它不完全状泡沫分解。进入内部的卫人们抱着必死的决心，终于成功爆破了奇居子集合体，卫人们也奇迹生还。谷风主动找海苔夫和解，并得到仄炼的道歉，而小林舰长决心除掉不死船员会。

播种船希德尼娅一边同毁灭了太阳系的神秘生命体·奇居子交战，一边向新天地进发。取得辉煌战果的卫人操纵士·谷风长道，成为了操纵士训练生们憧憬的对象。但他本人所关心的只有自外生研消失的胞衣星白的去向而已。另一方面，辞去卫人操纵士的岐神海苔夫，拜访了科学家落合的研究所。在这被封印的场所，岐神所见到的是……。

面对在希德尼娅的前进路线上出现的新的奇居子GA549，长道等人陷入苦战。这时，自称为白羽衣紬的新型奇居子出现在那里。面对向GA549发动攻击的紬而瞠目结舌的卫人队，决定制定计策趁着对方自相残杀之时击破两者。但，长道察觉到紬并非敌人，于是出手相助击破GA549。紬所发出的声音，让他想起了过去的同伴星白闲……。

处分了不死船员会并停止议会的小林舰长，独断专行地让希德尼娅向着雷姆恒星系的第九行星Nine前进。其目的是，歼灭侵略第七行星Seven的大众合船，也就是自位于行星Seven死角的行星Nine发动总攻击。不可避免的与奇居子之间的全面战争。以及，在一部分民众之间扩大的对于融合个体紬的反感。发誓驱逐奇居子的长道，对于这一状况怀着复杂的想法……。

GA550放出了无数的奇居子本体。先行的紬被化为袋装构造体的第1群捕获，然而岐神认为这是绝好的机会，准备试验装入了紬的手爪的人工颖的力量。另一方面，追在紬后面的长道等卫人队开始迎击放出的奇居子第2群。为了避免有漏网之鱼，各小队一同以二重阵形阻止奇居子的进攻……但由于某个事件，状况完全改变。

自奇居子的攻击中现身的紬保护了希德尼娅。但其体组织失去了约90%，已经是必须接受集中治疗的状态了。长道和缬来到和紬同样受到致命伤的伊佐奈的病室，并在那里目击了某个光景。长道对于伊佐奈的状况感到安心，但同时也为继续治疗中的紬感到心痛。此时，他从海蕴那里得知了紬的胞衣已经回复，并移往一般槽的消息。

离开宿舍，无处可去的长道前往伊佐奈之处。伊佐奈的家传来不可思议的声音，而其正体则是紬。想着之后和长道他们还能再见几次面的紬，怀着悲伤的心情飞进了伊佐奈家。长道鼓励着紬，并为了她开始了新的物件搜寻。另一方面，在前去与大众合船交战之时，小林舰长正稳步进行着准备。然后，新兵器的启动实验开始了——。

重力子放射线射出装置贯穿了浮游小行星。就在以为对抗奇居子的新兵器实验成功之时，发生了与海依格斯粒子供给源之间的接续无法解除的事态。暴走的射出装置的胞衣与激烈的冲击一同不断扩大，并开始侵食后部外郭。另一方面，在后部外郭的情报被切断的司令部，缬命令卫人队出击。总算到达后部外郭的卫人队所见到的是……。

后部外郭发生的事故的修复作业开始的同时，因这起事故而执行了供给限制，众人也被呼吁共同居住。缬也住进了长道他们的家，并立刻占领了伊佐奈的房间，生活变得更热闹了。此时，结束了实验的伊佐奈暂时回到自家，发现受伤的羽蕾也在那里。伊佐奈邀请羽蕾一同外出，但……。

长道和伊佐奈来到了希德尼娅首屈一指的风景胜地千秋乡。被盛开的樱花包围着的两人缩短着距离，但长道最终还是说要调查而执行任务。另一方面，被扔下不管的缬和紬，为了妨碍两人的关系而潜入到千秋乡。长道和伊佐奈眺望着满天夜空，缬和紬则窥视两人的样子。但，缬和紬却目击到了那里的某个情景。

伊佐奈等人的侦察部队在行星Nine遭遇奇居子。奇居子的反应在瞬间增加，伊佐奈等人接连被击坠。另一方面，在来自侦察部队的通信中断的司令部，小林舰长做了歼灭奇居子的作战立案的指示。想要尽早救出伊佐奈的长道和紬，强烈要求出击许可，但……。在混乱的状况中，考虑到失去伊佐奈的紬会暴走，岐神向小林舰长提出了一个建议。

出现在长道和紬面前的奇居子，是过去本应在一番死战之后被长道击落的红天蛾。紬让长道去搜索伊佐奈，自己则开始和红天蛾一对一单挑。根据海蕴所言，紬的性能要更强一些，然而……。另一方面，伊佐奈跟随着想要把握行星Nine地形的队长，开始对毁灭了卫人的Nine进行探索。两人在前方所遭遇到的，是徘徊在地表的奇居子。

红天蛾的胞衣侵入了继卫改二机体内部。一直侵入到驾驶舱内部的胞衣重现为星白闲的姿态，不停地追逼着长道。为了阻止胞衣的侵入，必须将继卫改二的头部切离，并封闭机体颈部的气密隔壁。虽然伊佐奈如此建议长道，但被胞手缠住的长道却无法动弹。在此之上，红天蛾切断了继卫改二的电源。