資源の採掘任務を命じられ、小惑星へ出撃した訓練生たち。任務は簡単なものであるはずだったが……突如、採掘地点に奇居子(ガウナ)が出現し、訓練生たちへ攻撃を仕掛けてきた。奇居子の一撃によって長道は心肺停止状態となり、山野栄子は捕食されてしまう。奇居子を少しでも遠ざけようと、シドニアに搭載された重質量砲の発射を命令する艦長。同時に息を吹き返した長道が奇居子に応戦し始めるが、着弾までの猶予はない。着弾の寸前、手を差し伸べてくれたのは星白だった。彼女に救われ、無事シドニアに帰還した長道は、奇居子の脅威を実感し、決意を新たにするのだった。

シドニアのお祭り、重力祭りが佳境を迎える。赤井班のメンバーと岐神は衛人の模擬戦｢重力杯｣を勝ち抜き、長道と星白は縁日を楽しんでいた。それぞれが重力祭りを過ごす中、長道の存在が衛人操縦士たちに大きな影響を及ぼしはじめる。シドニア最強の赤井は長道の戦い方を参考にし、岐神は継衛を与えられた長道に嫉妬、イザナと纈はそんな長道に惹かれていった。一方、先に排擲した奇居子に対し、2日後、赤井班が出撃するという。長道は赤井たちから海水層へ誘われ、出撃前のひとときを過ごす。そして翌日、ついに奇居子との交戦が始まって……。