Nagate y su equipo combaten al Gauna 549, ayudados por un nuevo tipo de Gauna que se hace llamar Tsumugi Shiraui.

Una amenaza aparece bajo la forma del Gauna 550, que lanza núcleos de Gauna más pequeños para interceptar la trayectoria de Sidonia.

Tsumugi fue clave para la victoria de Sidonia pero queda en muy mal estado después de la batalla. Izana, malherida, toma una decisión difícil.

Nagate se queda sin dormitorio y como no tiene a donde ir le pide asilo a Izana por una noche. Tsumugi sufre una crisis emocional.

El arma más nueva de Sidonia resulta un éxito, salvo que la tripulación no sabe cómo desactivarla. Yuhata envía a los pilotos a investigar lo que pasó.