Nagate ha vivido aislado, ahora deberá acostumbrase a la vida en una colonia espacial, mientras entrena para convertirse en piloto y luchar contra una amenaza de antaño.

Nagate explora Sidonia y por proteger a un amigo se vuelve enemigo de Kunato. Los Gauna atacan y los pilotos deben entrar en acción.

Tras un desastre abordo de Sidonia, Nagate y su equipo deben recuperar un arma importante. Después desobedece órdenes para rescatar a un amigo.

Nagate y Shizuka quedan a la deriva en el espacio y sus provisiones se van agotando mientras esperan que Sidonia los rescate, pero ya está muy lejos para enviar ayuda.

Nagate y su escuadrón se gradúan de pilotos y rápidamente son enviados a combate cuando el enemigo regresa; Kunato investiga la historia de Nagate.

El enemigo resulta mucho más grande y letal de lo que se creía, esto provoca que tres escuadrones se enfrenten en una pelea mortal.

La derrota cae sobre los hombros de Nagate y sufre remordimiento por una muerte. Se revelan los primeros años de Sidonia.

Los Gauna encuentran una angustiante manera de vencer a la fuerza atacante. Nagate regresa a Sidonia con un premio que podrá ser de ayuda en esta lucha.

Los pacifistas entran en peligro cuando dejan la relativa seguridad de Sidonia, mientras el enemigo aparece más grande y violento que nunca.

El enemigo toma por sorpresa a la fuerza atacante; Nagate hace lo que puede para proteger a sus amigos.

Nagate pelea cara a cara con el corazón del enemigo mientras la fuerza atacante falla su embestida contra los Gauna.