進入第二學期，三年級退出委員會與社團，學生會也交棒給梓，並且由深雪擔任副會長。另一方面，達也獲選為論文競賽的代表，擔任主筆鈴音的助手，繼母小百合也委託他分析聖遺物。然而這個聖遺物也是大亞聯盟覬覦的目標……

在準備論文競賽的過程中，紗耶香發現行跡可疑的少女，在艾莉卡等人的協助之下逮捕這名少女平河千秋，經過花音的詢問得知是基於對達也的私怨。不過艾莉卡察覺千秋的事件是誘餌，和雷歐私下展開行動。

達也在機器人研究社處理論文競賽用的程式時，突然遭受睡意襲擊。主謀是之前和鈴音爭奪參賽權的一科生關本勳，他企圖偷竊論文競賽的程式，後來被花音與達也聯手逮捕。另一方面，人在醫院的摩利與千葉修次，遇見大亞聯盟的刺客呂剛虎。

大亞聯盟的間諜落網之後，艾莉卡等人依然主動要求擔任論文競賽的護衛。到了論文競賽當天，一高開始上台發表時，大亞聯盟的特務部隊開始行動，目標是來自全國的魔法相關人士，以及魔法協會關東分部。

獨立魔裝大隊組織的飛行部隊接連殲滅恐怖分子。達也使用「分解」與「重組」的英姿也令敵人膽戰心驚。同一時刻，深雪等人順利搭乘直升機要離開橫濱，卻在得知魔法協會分部的危機之後改變路線。在分部所在的港灣高塔，呂剛虎正嚴陣以待。