一高のロボット研究部で、論文コンペ用のプログラムをデバックしている最中、達也は不意に眠気に襲われる。睡眠ガスを流し込んで侵入してきたのは鈴音とコンペ出場を競った一科生・関本勲。コンペのプログラムを盗もうとするが、異変を察して駆けつけた花音と眠ったフリをしていた達也に取り押さえられる。一方、千秋が保護されている病院を訪れた摩利と恋人の千葉修次は、大亜連合の陳祥山が差し向けた刺客・呂剛虎と遭遇する。

バランスからリーナに、《灼熱のハロウィン》を引き起こした術者の捕獲命令が下された。バランスは「確保が不可能な場合は抹殺もやむを得ない」という言葉とともに、戦略級魔法を発動させるためのリーナ専用のCAD・ブリオネイクを渡すのだった。

四葉家の工作によって、達也たちの身辺を脅かしていたUSNA軍は排除された。残る脅威はパラサイトだけ。達也はピクシーから残るパラサイトの情報を聞き出すと、深雪、ほのかとともに他のパラサイトをおびき出すため青山霊園へと向かう。

「七賢人」レイモンドに指定されたとおり、達也たちは2月19日の夜、第一高校の野外演習場へと向かった。そこにはレイモンドの言葉通り、活動中のすべてのパラサイトと、リーナの反応があった。このままでは、シリウスとしての任務を遂行するリーナとの衝突は避けられない。それぞれの思いが交錯する中、パラサイトとの最終決戦が始まる。