Dans la zone de Tokyo, dix ans après l'épidémie qui a décimé l'humanité, Rentarô Satomi, un jeune milicien, est appelé sur les lieux d'une attaque de gastrea. Il y fait la rencontre d'un mystérieux homme masqué.

Rentarô et Kisara se rendent au ministère de la Défense, où se tient une réunion avec les autres milices de la zone. Alors que dame Seitenshi leur explique leur mission, l'homme masqué qu'avait rencontré Rentarô fait irruption dans la salle…

Rentarô s'interroge sur la place d'Enju dans la société après que l'école a découvert sa véritable nature. En parallèle, la course pour la récupération de l'Héritage des sept étoiles continue.

Pour récupérer le coffret, Rentarô et Enju devront vaincre Kagetane. Rentarô devra utiliser tous ses talents s'il veut avoir une chance d'y arriver.

Suite à ses faits d'armes, Rentarô est recruté par dame Seitenshi comme garde du corps lors d'une rencontre avec le dirigeant de la zone d'Osaka.

Ignorant qu'ils s'étaient affrontés à distance la veille, Rentarô et Tina passent au matin un moment ensemble. Mais ils se retrouveront bientôt face à face.

Une nouvelle rencontre est prévue entre Seitenshi et Saitake, mais Rentarô, privé de l'aide d'Enju, ne fera pas partie de l'escorte. Il décide d'aller affronter Tina seul.

Un gastrea géant s'en est pris à un monolithe qui ne tardera pas à s'effondrer, ouvrant la voie à des hordes de monstres qui déferleront bientôt sur la zone de Tokyo. Satomi est chargé par dame Seitenshi de former un groupe de miliciens pour contrer cette invasion.

Le docteur Muroto présente à Satomi des informations classifiées auxquelles il a maintenant accès grâce à son rang élevé. Mais l'urgence reste pour lui le recrutement de miliciens pour compléter son adjuvant.

Alors que la bataille décisive approche, Satomi organise une sortie scolaire à la Flamme du retour avec ses élèves.

La bataille contre les gastrea est âpre et la Force d'autodéfense se fait décimer. L'adjuvant de Satomi quitte le front pour détruire un groupe de gastrea qui parvenait à s'infiltrer.

La bombe EP est le dernier espoir de la zone de Tokyo. Suffira-t-elle à mettre fin à la bataille et sauver ce qui peut encore l'être ?