2031年，東京地區。從不明生命體「原腸動物」毀滅性的破壞中復甦的人類，到現在還是飽受牠們的威脅。對付原腸動物的最後磐石就是民警，高中生里見蓮太郎是隷屬於天童民間警備公司的其中一個民警，他在某個事件的現場遇到了帶著面具的怪男子 ── 蛭子影胤。他發揮了壓倒性強大的力量，別說是警官們，連蓮太郎都不在他的眼裡，他稱自己是「毀滅世界的人」之後，便失去了蹤影…

蓮太郎接到招喚，和社長木更一同前往防衛省。委託人是東京地區的統治者「聖天子」，委託任務不但要清除感染源原腸動物，還得把被牠吞入體內的箱子拿回來。此時，影胤突然出現，並告訴他們他也會出手奪取那個箱子，也就是會引起東京地區「大滅絕」的「七星的遺產」。

延珠被別人知道擁有原腸病毒的「受詛之子」，在學校被孤立了。雖然延珠還沉浸在悲傷中，但還是打倒了鎖定的那隻原腸動物。就在他們二人拿到箱子的時候，影胤再度出現了。影胤是「新人類創造計畫」中誕生的機械化士兵，一擊就讓蓮太郎失去力量，蓮太郎想盡辦法要讓延珠先逃走…

影胤一口氣將29名民警們反擊回去，蓮太郎和延珠再度和他對峙。影胤釋放出能將一切反彈回去的絕對防禦之盾，而蓮太郎則以自己「真正的力量」與他對抗。影胤是為了殺戮而被製造出來的影胤，他為了證明自己的存在意義而渴望鬥爭，兩人產生劇烈的衝突，此時，階段 V 的原腸動物出現了 ——

聖子天親自委託天童民間警備公司執行任務，任務的內容是擔任她自己的保鏢。蓮太郎雖然意願不大，但仍決定接下這個委託。從聖居回來的路上，蓮太郎幫助了一個被一群無賴圍著的少女，而這個穿著睡衣到處走，身上處處散發著奇妙氛圍的少女緹娜，和他親近了起來…

天童木更因妨礙狙擊手的任務，而遭到刺殺，想殺她的人竟是蓮太郎救下的少女 － 緹娜。木更在蓮太郎的救助下平安無事，並決定提前幫聖天子更換了座車，但仍是遭受到狙擊，延珠決定單獨前去追擊緹娜，蓮太郎留下保護聖天子。聖天子卻對蓮太郎說，緹娜的 IP 排行第97，而且是一名強化士兵…

延珠在緹娜手中活下來後昏迷了兩天，蓮太郎調查狙擊現場時發現，緹娜同時從四個方向對延珠開槍。在此同時，蓮太郎獨自一人接下保護聖天子的委託，為此蓮太郎請未織幫忙分析緹娜的能力，並讓護衛官散播假消息，引緹娜到別處。蓮太郎與緹娜的決戰，最後到底鹿死誰手？

巨石碑結界突然受到原腸動物的攻擊。聖天子前來尋找蓮太郎，告訴他階級 IV 的原腸動物畢宿五，跑進巨石碑結界，並在石碑裡注入侵蝕液，使得石碑白化，而且在六天之後磁場就會消失並倒塌，但建造替代的石碑卻需要九天，其中的三天如果沒有人抵抗原腸動物，東京地區就會被原腸動物淹沒。因此請蓮太郎組織由民警組成的「輔助部隊」來與原腸動物作戰，蓮太郎能找到與他併肩作戰的同伴嗎？

為了保護東京地區，組成輔助部隊最少要有三組六個人，但蓮太郎的理想是找到五組十人。蓮太郎帶著延珠在人群中尋找合適的民警組時，卻意外遇到許久沒見的天童流師兄薙澤彰磨，有彰磨的加入，他們終於可以組成隊伍了。而此時，木更也出現在他的面前，對他說她要加入，並且聖天子也解除了緹娜的剝奪排名處分。蓮太郎的隊伍雖然沒有達到理想，也終於成行。以他們八人的力量，是否可以達成任務，成功保護東京呢？

在巨石碑崩塌之前，蓮太郎等人還是像平常一樣生活。為了分散注意力，蓮太郎仍是前去幫外圍區的「受詛之子」上課，並帶她們去參觀「回歸之炎」，告訴她們回歸之炎代表的意義，並察覺到，宿畢五攻擊32號巨石碑，似乎有什麼特別的義意。在那同時，因為人們憎恨原腸動物，繼而牽怒「受詛之子」，街上開始有人想要攻擊「受詛之子」，到最後甚至用炸彈攻擊外圍區……

保衛巨石碑的戰爭開始了，里見等人和其他民警輔助部隊一起投入戰場。戰鬥中，里見他們發現有一支原腸動物的分隊可能會對他們形成夾擊，卻沒有其他人發現，於是里見無奈之下只好帶著他的輔助部隊擅自離開大隊前去消滅那個分隊。結果卻間接導致我堂團長的兒子死亡，我堂團長公報私仇，要里見獨自一人去擊殺畢宿五的左右手 － 會用水銀攻擊的原腸動物「昴宿星團」。

在蛭子影胤的幫助下，里見蓮太郎成功找到昴宿星團，並且和影胤聯手消滅了牠。但畢宿五也開始遷移，聖天子的火力支援下，仍也無法摧毀擁有不死之身的畢宿五。而當蓮太郎回到營地時卻發現我堂團長已死，根據規定，將由下一個 IP 排行最高的人接任團長之職，而那人就是 － 蓮太郎。蓮太郎將最後決戰的地點定在「回歸之炎」，他能帶領輔助部隊順利消滅畢宿五，拯救東京地區嗎？

第三次關東會戰即將揭開序幕，重要的電池卻始終沒有送到，但敵人已來到眼前，「細劍貫穿計畫」仍是需要執行。蓮太郎順利將 EP 炸彈投入畢宿五體內，但沒想到 EP 炸彈卻啞火沒有爆炸，唯一的解決方法是在畢宿五的體內深處造成直接的衝擊，但如此一來就必需有人犧牲，蓮太郎可以順利引爆 EP 炸彈嗎？這場大戰又有多少人犧牲？人類贏得了勝利嗎？