W roku 2021, ludzkość została zdziesiątkowana przez epidemię pasożytniczego wirusa, który przemienia zainfekowanych w potwory zwane Gastrea. Ci, którzy przeżyli, zostali zmuszeni do życia w obszarze chronionym przez Monolity, struktury utworzone z Veranium, jedynego metalu mogącego ranić potwory. Wirusem można się zarazić tylko przez płyny ustrojowe, jednak matki mogły przekazać jego geny swojemu dziecku. Tak narodziły się przeklęte dzieci - czerwonookie dziewczęta z wrodzoną odpornością na wirus i nadludzkimi zdolnościami.

W celu walki z Gastrea utworzono wyspecjalizowaną grupę znaną jako Obrona Cywilna. Tworzą się tam pary składające się z Inicjatora, którym jest przeklęte dziecko i Promotora mającego wyszkolić swojego Inicjatora. Po 10 latach do lokalnej jednostki zostaje przypisany Rentarou Satomi, szesnastoletni uczeń Liceum Magata. Wraz ze swoim inicjatorem, Enju Aiharą, rozpoczynają tajną misję, która może uchronić przed zniszczeniem całego Tokio.