蓮太郎接到招喚，和社長木更一同前往防衛省。委託人是東京地區的統治者「聖天子」，委託任務不但要清除感染源原腸動物，還得把被牠吞入體內的箱子拿回來。此時，影胤突然出現，並告訴他們他也會出手奪取那個箱子，也就是會引起東京地區「大滅絕」的「七星的遺產」。

第三次關東會戰即將揭開序幕，重要的電池卻始終沒有送到，但敵人已來到眼前，「細劍貫穿計畫」仍是需要執行。蓮太郎順利將 EP 炸彈投入畢宿五體內，但沒想到 EP 炸彈卻啞火沒有爆炸，唯一的解決方法是在畢宿五的體內深處造成直接的衝擊，但如此一來就必需有人犧牲，蓮太郎可以順利引爆 EP 炸彈嗎？這場大戰又有多少人犧牲？人類贏得了勝利嗎？