ミョウジョウ学園１０年黒組、ついに開講。

お互いの素性が伏せられた中集められた暗殺者12人と、ターゲットである1人で始まる学園生活。

東のアズマ”と称される一族のエリート暗殺者、東兎角、そして自分が標的と知りながら、生きて卒業するという強い意志を持った一ノ瀬晴。

学園の寮で、この二人が同じ部屋になり…！？

一夜明け、遂に10年組黒組のメンバーが全員揃った。

授業がスタートするも、10年黒組のメンバーはお互い様子見の空気。何食わぬ顔で「クラスメート」を演じる雰囲気に、妙にイラだつ兎角。

そんな中、変わらず無邪気に過ごす晴に、兎角は不安を募らせる。そして、終業後、「裏オリエンテーション」の招集がかかる……。

「一ノ瀬晴には、誰も触らせない」そう誓った兎角。

兎角が晴の守護者となることが理事長に正式に了承される中、それぞれの思惑をもって動き出す暗殺者たち。

一夜明け、初めての課外授業は巨大な植物園。ひとり盛り上がる溝呂木を尻目に、しらける黒組生徒たち。すると、晴のタブレットにメッセージの着信が……。

ミョウジョウ学園はテスト期間を迎える。

真剣に復習に取り組んでいる晴。頬杖をついて教科書を開いているだけの兎角。

そんな中、ミョウジョウ学園の学園七不思議を耳にする。図書館にあるとされる「禁断の書」。晴は兎角に、図書館に忍び込んでみたいと相談し、ふたりは図書館に忍び込むことに……。

ミョウジョウ学園の創立記念祭が行われるということで、出し物をして参加しようと張り切る溝呂木。演目は、「ロミオとジュリエット」に決まる。シナリオを手にした黒組生徒たち。兎角はシナリオには手もつけず、自分の携帯をぼんやりと見つめている中、晴は出しものに心を弾ませる。

ミョウジョウ学園の創立記念祭を翌日に控え、最終リハーサル中の黒組の面々。兎角はティボルト役、晴はマキューシオ役で舞台に臨む。練習終了後、台本を無くしてしまった晴は、兎角と一緒に探すことに。見つけられなかったら、ランチ一週間分の罰金をかけられ、焦る晴。そんな中、一発の銃声が響きわたる。

独立記念祭が終わり、３人が一斉に転校してしまったことに、意気消沈する溝呂木。

休息も必要だと提案する首藤。面白いものを見つけたと、学校施設内にあるプールに10年黒組一同向かうことに。そこは遊園地のような施設が広がっていた。一同驚きながらも、それぞれ様々水着に着替はじめた。兎角も水着に着替えるために、ロッカーを開けると、ロッカーの中には予告票が入っていた……。

ミョウジョウ学園には、嵐が近づいていた。ひと気がなく、ガランとした校内や寮の部屋をみて晴は寂しさを漏らしていた。そんな晴をみて、兎角は、無事に生きて黒組を卒業することが夢なのだろうと問う。そんな晴は、俯きながらも、逆に兎角の夢は何なのか聞き返す……。

窓の外では激しく風が吹き荒れる中、兎角と伊介は対峙していた。

晴の安否を心配するも、伊介に阻まれる兎角。一方は、晴は、番場に追い詰められていた。

番馬にハンマーを振り下ろされたところを間一髪でよけながらも、逃げ惑う晴。兎角は晴のもとに向かうべく、伊介にナイフを向ける。

残り４人になった黒組の教室内。黒板には自習の文字。残るは、英純恋子ひとりと兎角は警戒心を高める。そんな中、英は晴に歩み寄り、一枚の封筒を差し出した。予告票かと思いきや、中にはお茶会への招待状が入っていた。部屋に戻り、晴は英との話し合いの末、和解が出来ないかと考えていた……。

ガランとした教室内に、残った３人。そんな中鳰から、兎角と晴に真オリエンテーションの開催が告げられる。晴はビクつきながら、俯いてしまう。そんな晴を無言で見つめるしかない兎角……。兎角は、英が言っていた「女王蜂」とは、どういう意味なのかと晴に問う……。

兎角から突き付けられた予告票をみて、愕然とする晴。まるで揺るぎもしない兎角。晴の手が震え始め、ぐしゃりと予告票を半ば握り潰すようにしながら、泣きそうに叫ぶ晴。攻撃を避けながら逃げまどう中、背後の靄の中から伸びてきた手が、晴の手をぐっと掴んだ……。