2014年6月13日に戻ったベネットは、テレビでスレシュに罪を着せるエリカを見て、“過去を変えるな”というヒロに忠告されたにも関わらず、エリカを射殺しようとする。だがそこに2014年のベネットが止めに入ったため、弾はエリカの脚に命中。そのせいで未来に変化が生じてしまう。

病院にいる母アンを訪れたトミー。そこにベネットが現れて、トミーの背負うべき運命と出生にまつわる秘密を明かすのであった。一方、エミリーが働くアイスクリーム店にはジョアンが現れ、エミリーとそこに居合わせたキャスパーを狙うのだが……。

ゲートウェイと呼ばれる未来都市を作り出したエリカとルノータスは、転送の準備を進めていた。一方トミーを捜していたマリナとルークは、アイスクリーム店にいたベネットと合流する。そこでルークも協力したいを申し出るが、ベネットは乗り気ではない。そして時空の主を救うため動き出したミコはトミーと出会い……。

マリナとルークはトミーがエリカの味方になって未来にいると聞き、トミーのいるオデッサへ向かう。一方、トミーはミコの話から、彼女が「ナインス・ワンダー」に出ている刀ガールと気づく。「ナインス・ワンダー」を見たミコは、「サンストーン荘園」が最後のミッションの場所だと考え、トミーにそこへ送ってもらい……。

地球の危機が迫る中、トミーはエミリーの心配をよそに未来に人々を転送していたが、エリカが選ばれた人間しか送る気がないことを知ってしまう。一方、マリナは避難所となったクレアの母校、ユニオン・ウェルズ高校で能力を見せてテレビの取材を受けることでトミーにメッセージを送ることを思いつく。