緊張の面持ちでアメリカネバダ州の空港に降り立ったのは、恋に恋する14歳・春鳥つぐみ。デス・シティーにある死神武器職人専門学校(略して死武専)に『武器』として入学するため、はるばる日本からやってきたのだった。期待と不安を胸に入学式に出席したつぐみは、2人の『職人』、多々音めめとアーニャ・ヘプバーンに出会う。個性豊かな先輩たちに囲まれる環境に戸惑いつつも、“殺伐だけどウキウキライフ”が、ここにいまスタートする!

アーニャは、実はとある王国のプリンセス。その身分を隠したまま、つぐみやめめと憧れの学校生活を送り始める。三人同室で暮らす女子寮は、アーニャにとって自由で楽しくて仕方がないよう。そんなある日、アーニャら三人は死武専から支給された一週間分のお小遣いを使い果たしてしまう。困り果てた末、初めての経験・アルバイトをすることに！「せっかくなら可愛い制服が着たい」と、三人が選んだバイト先とは…？

“女子寮の魔女”と呼ばれるキム・ディールは、あまりに素行が悪く皆から怖れられていた。キムに振り回されつつも、なんだかキムのことが気になるつぐみ。そんなある日、イチャイチャするつぐみとめめを見て不機嫌になってしまったアーニャは、ふてくされ一人帰り道を歩いていた。すると突然、アーニャの前に一人の不気味な男が現れる。妖しい瞳と、手には爪状の武器。果たしてこの男の目的とは…!?

つぐみは、「自分はどうやって死武専で生きていくべきだろう」と思い悩んでいた。めめやアーニャに「どうして死武専に来たのか」と質問をするも納得のいく答えを得られず、さらに不安になってしまうつぐみ。クラスメイトの男子、茜に相談するがその意味深な言葉にドキドキ。先輩たちも巻き込んで右往左往、つぐみの不安は増すばかり…。不器用にも奮闘するつぐみだが、果たして答えを見つけ出すことはできるのか？

キム・ディールに、お堅い態度を取りつつも何かと気にかけているジャクリーン。一方のキムはジャクリーンが疎ましく、いつもつっけんどんな態度。そんな2人と、プール掃除のアルバイトをすることになったつぐみ、めめ、アーニャ。ウキウキアルバイトの最中、つぐみはふと、ジャクリーンのある真意に気づく。なんとかジャクリーンの願いを叶えようと、色々な作戦を考え奮闘するつぐみ達だが…？

美人姉妹のリズとパティは、デスバックスカフェで働くウェイトレス。実は彼女たちは、筋金入りの不良少女。そんな２人に喧嘩を売られ、“本物”の不良に震え上がるつぐみたち。カフェは大事な憩いの場所だったが、しばらく行けないと距離を置くアーニャとめめ。しかしリズたちにビビりながらも、毎日ひとりカフェに通うつぐみ。自分と同じ“武器”であるリズたちへの思いとは…？

トレーター事件について調査を進めるシド、茜、クレイ。事件の裏に見え隠れする魔女の気配に気を引き締める３人。一方つぐみたちは、キムとジャクリーンも誘ってウキウキ勉強会。そんなある日、デスバザーへと出掛けるつぐみ、めめ、アーニャ。初めてのフリーマーケットに興味津々のアーニャ。マカやエターナルフェザーも出店していたり、バザーを満喫するつぐみたち。しかし次の瞬間、会場に悲鳴が響き渡る…。

デスバザーでの事件解決のためマッドサイエンティスト、シュタイン博士の力を借りるシド。シュタインに翻弄されるつぐみ、めめ、アーニャだったが、時間とともに楽しい日常を取り戻していく。季節は夏。一人トレーニングに打ち込むつぐみだったが、相変わらず刃のない、半人前のハルバード。そんなつぐみに、アーニャはハロウィンの日に行われる死武専の文化祭『死武祭』までに自分かめめか、パートナーを決めるよう迫るのだった。

ハロウィンを前に浮かれていたつぐみの元に実家から手紙が届く。その内容にショックを受けたつぐみは、自分の気持ちを抑えきれずめめと喧嘩をしてしまう。気まずい空気のまま寝床につく三人。すると、夜中に眠ったままフラフラと部屋を出て行くめめ。こっそりあとを追うつぐみとアーニャが見たものとは…？一方、魔女への大きな手掛かりを掴んだシド、茜、クレイは魔女を捕まえるため罠を張るのだが…。

ついに開幕した『死武祭』。そのＥＡＴクラスのバトル大会に乱入してくる謎の集団。マカ、ブラック☆スターたちも応戦するが…。一方、魔女をとらえるための罠に巻き込まれバラバラになってしまったつぐみ、めめ、アーニャ。強制的に帰国させられることになったアーニャはつぐみたちの元に戻るため、茜と対峙する。魔女の策略により混乱するデスシティーの中で翻弄される３人の運命は？

シャウラを発見できず防戦一方の死武専。茜、クレイ、マカ、ブラック☆スター、オックスたちにも徐々に疲労の色が広がる。一方、再会を果たしたつぐみ、めめ、アーニャ。３人の前に立ちはだかる最大の試練。シャウラの魔法が発動し混迷するデスシティで、つぐみの「守りたい！」という気持ちは奇跡を起こせるのか？そして傷ついたつぐみが出した、三角関係への答えは…？