Rojo, junto con su rival Azul, se embarcan en la búsqueda de hacer realidad el viejo sueño del profesor Oak de completar el Pokédex. Sin embargo, su viaje no va todo lo bien que les gustaría. Azul parece estar más preparado, y Rojo está luchando por mantenerse a su altura. ¿Puede Rojo aprender lo suficientemente rápido como para llegar a ser un Entrenador Pokémon? ¿Cómo ganará su primera Insignia de Gimnasio en el Gimnasio de Ciudad Pewter?

En el Centro Pokémon de Ciudad Lavanda, Red escucha hablar de un fantasma que aparece en la Torre Pokémon y decide investigar. Antes de hacerlo, se le recomienda que visite la Casa Pokémon. Allí se entera de la terrible experiencia de un bebé Cubone a manos de una organización malvada conocida como Team Rocket. ¿Quiénes son estos villanos y qué hay detrás de la Torre Pokémon?

Rojo llega a la ciudad de Saffron para encontrar pistas del Equipo Cohete por todas partes. Cuando rescata a una secretaria de Silph Co., se entera de que el Equipo Rocket se ha hecho cargo de la empresa! Esto se debe a su deseo de tener en sus manos la Master Ball, la última Poké Ball que ha estado en desarrollo durante años. Sin embargo, una sorpresa más le espera a Red en la ciudad de Viridian, ¡y puede que sea la más grande hasta ahora!