一个笨手笨脚、爱哭又贪睡、又不爱学习的中学二年级1班女生，是我们故事的主人公月野兔，每天早晨上学迟到的小兔，在上学路上不小心踩到一只头顶粘着创可贴的黑猫（露娜），揭下创可贴后黑猫头部露出月形标记，小兔愣神的时候，上课的铃声响了。另一方面，黑暗王国四天王之一的杰戴特，以夺取幻之银水晶为目标，召唤了恶魔。因迟到罚站的小兔英语考试成绩只有30分，课间同学们都在议论“水手V”的事迹，听到同学奈留家的珠宝店打折，大家放学后都跑去看珠宝，面对为打折的珠宝而疯狂的人们，奈留的母亲露出了恶魔面孔，原来恶魔正假扮奈留的母亲，想借此收集年轻能量。小兔想扔掉试卷，不料却邂逅身穿礼服的地场卫，二人都有似曾相识的感觉，地场卫正在寻找幻之银水晶。在游戏厅玩水手V游戏的小兔，又遇到了黑猫露娜。打折珠宝其实是吸收人类能量的道具，黑猫露娜面对小兔道出自己的真实身份，原来它一直在找小兔，黑猫还送给小兔一个胸针，还告诉她是被选中的战士，要求她找到伙伴并解救公主。当月野兔喊出“月棱镜威力，变身”的时候，终于变身成为水手月亮。变身后的小兔觉察到了奈留有危险，赶来救助时，却被恶魔控制的人类包围，没有作战经验的小兔顿时陷入危机，在露娜和地场卫的提醒下，终于使用超声波和月宝冠战胜了恶魔。一切恢复了平静，校园又开始了水手战士的传言。

2年级5班，智商高达300、成绩优秀、家境富裕、休息时间也用来学习的美女水野亚美同学，却没有可以交心的朋友，看到与朋友们有说有笑的小兔，投射出了羡慕的目光；另一方面，贝利尔女王正在因为没有更多的能量，而在责备四天王之一的杰戴特，身为远东支部长的杰戴特，终于又派遣了新的恶魔；露娜再次拜托小兔要找到同伴，打倒恶魔，营救公主，可小兔满脑袋想的是夜礼服假面（地场卫）和水手V，在小兔熟睡时，露娜已发现了第2位战士的线索。面对被邀请参加水晶补习班的亚美同学，小兔她们很是妒忌，因为露娜，小兔发现亚美并不是别人说的那么冷漠，而在接触过程中，亚美忽然看到了“银千年”的影像；一心想与天才交朋友的小兔，拉着亚美一起到游戏中心玩，结果初试身手的亚美就将水手V游戏通关了，引起了轰动，不仅学习优秀，其他方面也很优秀，作为通关奖励，游戏机吐出的奖品（当然是露娜放的）。告别小兔的亚美参加了补习班，期间老师要求用补习光碟学习，可是老师就是恶魔的化身，而光碟正是洗脑优秀学生，收集能量的介质，参加了补习班的学生除了学习，什么都不关心了，而在街上收到传单的小兔又意外邂逅了夜礼服假面。小兔发现了光碟中的洗脑程序，意识到亚美有危险，便化妆成医生赶到补习班，揭穿了恶魔教师的身份，而此时亚美几乎完全被洗脑了，面对不怕超声波的恶魔，小兔陷入危机，亚美内心对朋友的渴望和营救小兔的心，使她终于觉醒了，成为水手战士们的智囊，爱与智慧的战士；当然，在亚美和夜礼服假面的帮助下，小兔用月棱镜又一次化解了危机。

杰戴特接连失败，又遭到了贝利尔女王训斥，另外涅夫莱特和佐伊赛特两位天王也短暂现身，并决定消灭水手战士，而在神社中的丽觉察到会有不得了的事情发生；学校流传着经过仙台坂的“魔鬼6点巴士”的传闻，乘坐上这趟下午6点整的巴士的人都失踪了，当然我们的小兔早睡着了，约好在游戏中心开会的亚美一时还无法接受自己是水手战士的事实，不过露娜终于有了能认真听她说话的对象了。在巴士上，小兔她们意外遇见了面容高贵、拥有灵力的小丽，因为太漂亮了，小兔竟然也跟着丽下车，来到了神社。小丽是个能感应超自然现象的少女，大家都很惧怕她，所以也没有什么朋友。当听说朋友美依失踪后，小丽跟小兔透露了巴士“神隐”的线索。在去调查的路上，小兔又遇到了阿卫，并知道了阿卫是高中生，叫“地场卫”；为小丽解围的小兔得知了小丽的寂寞后，主动要求帮忙，却被小丽拒绝了。感应到小兔有危险的小丽，不小心撞见了“魔鬼巴士”，而司机正是自己感应到的杰戴特，当然被绑架了，而小兔因为意外发现了在巴士上的小丽，便追了上去，原来人质们都被四天王通过力量绑架到了地下，为得是引出水手战士；借由变身的力量，亚美和小兔成功汇合了，面对杰戴特，亚美和小兔陷入危机，并差点被杰戴特冰封，小丽发现面前的水手战士小兔，终于觉醒了火星战士的力量——爱与热情的战士，成为第3位同伴。同伴们协力打败了杰戴特，救出了人质。

小兔的妈妈在看着报道上的水手月亮，对小兔直叹气，报道中还涉及到D国公主要展示魔幻秘宝，小兔在露娜催促下，竟然没有迟到。王冠游戏中心成了水手战士们的连络站（其实，露娜的秘密指挥中心就在水手V游戏机下面），在等候因为上课睡觉被留校的小兔期间小丽她们打游戏消遣，后来从露娜口中得知，当所有水手战士觉醒后，就会知道幻之银水晶和公主的下落了，这时小兔竟然打起了游戏。四天王齐聚，他们认为魔幻秘宝可能是银水晶，打算伺机夺取。小兔她们化装成公主，参加D国公主的化装舞会，小丽发现D国公主的待女有问题，感到寂寞的小兔没想到在舞会上竟然受到阿卫的邀请；公主待女原来是涅夫莱特假扮的，并用影子附身在公主身上，带着秘宝逃跑。小兔她们虽然成功阻止了涅夫莱特，不过四天王居然全体现身，并声明为了得到银水晶将不惜一切代价。展出的秘宝竟然是第一代D国公主的雕像，而阿卫也声明自己也在寻找幻之银水晶。

来自6班的转校生木野真琴救下了差点被车撞到的小兔，小兔对真琴的香气有特别的感觉。涅夫莱特为了弥补上次的失败，决定利用人类的弱点“爱”来收集能量；因为真琴是大力士的关系，同学们都不敢接近她，但是爱交朋友又贪吃的小兔却很快与真琴交上了朋友，当然真琴也通过小兔看到了银千年。众人听到了许多受诅咒的婚纱店关于幽灵新娘的传闻，决定深入调查这件事，真琴觉得元基很像以前的学长，而元基却被幽灵新娘附身，还打算吸取真琴的爱情能量。化身为夜礼服假面的阿卫，指引小兔她们前往营救真琴，在小兔她们的鼓励下，真琴觉醒了自己真正的力量，成为爱与勇气的水手战士，一击打败了幽灵新娘。

小兔与阿卫经常被幻之银水晶的梦境困扰，阿卫还以夜礼服假面的身份发表电视声明，声称自己一直在犯罪，为得是找到幻之银水晶，一时间成为焦点人物。暗黑王国的欧洲支部长佐伊赛特打算利用这形势，收集更多的人类能量。觉醒中的水手战士们从露娜口中，得知了更多关于银水晶和公主的消息，原来露娜是从月球被派到地球，肩负着唤醒水手战士，并找到银水晶和保护公主的使命。收看电视节目的人都被催眠，成为寻找幻之银水晶的帮凶，露娜要求大家到王冠游戏中心地下集合，原来这里是露娜的秘密基地，通过基地的设备，大家发现了敌人所在地是电视台，并在用电视台电波在控制大家，露娜等人怀疑是夜礼服假面所为，但小兔不相信。电视台上，找不到银水晶的佐伊赛特，决定要夺取人类的能量，水手战士及时现身并阻断了电波传输。头晕目眩的小兔又遇到了夜礼服假面，夜礼服假面承认是自己的鲁莽导致让敌人有机可乘。暗黑王国的头领贝利尔女王现身，水手木星三人危机，小兔还在犹豫是不是要在夜礼服假面前变身时，夜礼服假面说出了他早已知道小兔是水手月亮的事实，并鼓励小兔去营救大家，小兔怀着对伙伴的爱和营救大家的心，使用新道具新月棒打败了贝利尔女王。一个笨手笨脚、爱哭又贪睡、又不爱学习的中学二年级1班女生，是我们故事的主人公月野兔，每天早晨上学迟到的小兔，在上学路上不小心踩到一只头顶粘着创可贴的黑猫（露娜），揭下创可贴后黑猫头部露出月形标记，小兔愣神的时候，上课的铃声响了。另一方面，黑暗王国四天王之一的杰戴特，以夺取幻之银水晶为目标，召唤了恶魔。因迟到罚站的小兔英语考试成绩只有30分，课间同学们都在议论“水手V”的事迹，听到同学奈留家的珠宝店打折，大家放学后都跑去看珠宝，面对为打折的珠宝而疯狂的人们，奈留的母亲露出了恶魔面孔，原来恶魔正假扮奈留的母亲，想借此收集年轻能量。小兔想扔掉试卷，不料却邂逅身穿礼服的地场卫，二人都有似曾相识的感觉，地场卫正在寻找幻之银水晶。在游戏厅玩水手V游戏的小兔，又遇到了黑猫

小兔终于知道阿卫就是夜礼服假面的事实，原来阿卫5岁生日时与父母兜风时出了车祸，父母双亡，自己也丧失了记忆，只有梦中关于银水晶的线索让自己化装成夜礼服假面，去追寻遗失的记忆。露娜在游戏中心的基地与水手V联络，水手V说明已没有时间了，敌人就要复苏了。贝利尔向暗黑首领美达利亚女王献上了人类能量，美达利亚女王听说了水手战士的事情，表示不能让她们唤醒月亮王国血统继承人，而贝利尔就是将美达利亚女王唤醒的人，但她却想着将银水晶据为己有。小兔她们发现身边的人都不太正常，原来大家都是从暗黑影碟店租赁录影并观看的人，这一切都是佐伊赛特在控制，目的是要从水手月亮手中抢走银水晶，整个城市都成为了敌人。水手月亮用新月棒救了大家，却被佐伊赛特抓住，前来救援的水星等人也被打败，就连夜礼服假面也被打败，当大家都陷入危机时，水手V及时现身救了众人，水手V竟然就是大家要寻找的月亮公主。

第5位水手战士，传说中的正义战士终于现身人，并自称是“月亮银色千年王国的继承人倩妮迪公主”。看到水手V，大家尘封的记忆也在逐渐觉醒。原来大家一直所玩的水手V游戏，就是为了通过模拟训练大家的战斗技巧，水手V的平凡身份是初2学生爱野美奈子，她是最早觉醒水手力量的战士，并注意到了邪恶的根源，暗黑王国的恶灵，曾经摧毁了银色千年王国。因为与水手V的相遇，小兔和阿卫的梦境更加清晰起来，记忆的封印很快就要解开了，美奈子决定要在所剩的时间独自完成使命。听闻月亮公主现身的贝利尔女王，决定把公主引出来，找出银水晶。昆茨埃特为了引出水手V，吸走了全东京的能源。独自对战昆茨埃特的水手V，因为与昆茨埃特前世的关系，陷入了困境。小兔她们赶来救助，不过也不是昆茨埃特的对手，为了保护水手月亮，夜礼服假面奋不顾身地挡下了昆茨埃特的一击。

被昆茨埃特击中的夜礼服假面恍惚中记起了前世的记忆，原来他正是地球第一王子安迪米欧的转世，为了和倩妮迪公主再次相遇。目睹夜礼服假面被击中的小兔，在悲痛中记起了一切，终于作为倩妮迪公主觉醒了，而水手v原来是水手战士的领队，爱与美貌的战士：小兔的妈妈在看着报道上的水手月亮，对小兔直叹气，报道中还涉及到D国公主要展示魔幻秘宝，小兔在露娜催促下，竟然没有迟到。王冠游戏中心成了水手战士们的连络站（其实，露娜的秘密指挥中心就在水手V游戏机下面），在等候因为上课睡觉被留校的小兔期间小丽她们打游戏消遣，后来从露娜口中得知，当所有水手战士觉醒后，就会知道幻之银水晶和公主的下落了，这时小兔竟然打起了游戏。四天王齐聚，他们认为魔幻秘宝可能是银水晶，打算伺机夺取。小兔她们化装成公主，参加D国公主的化装舞会，小丽发现D国公主的待女有问题，感到寂寞的小兔没想到在舞会上竟然受到阿卫的邀请；公主待女原来是涅夫莱特假扮的，并用影子附身在公主身上，带着秘宝逃跑。小兔她们虽然成功阻止了涅夫莱特，不过四天王居然全体现身，并声明为了得到银水晶将不惜一切代价。展出的秘宝竟然是第一代D国公主的雕像，而阿卫也声明自己也在寻找幻之银水晶。水手金星。之前自称公主，只是为了保护公主和银水晶。难以抑制的悲痛和小兔要救活安迪米欧的心，终于使幻之银水晶的封印解除，而且银水晶的光芒竟然进入了安迪米欧的体内。看到银水晶的贝利尔女王亲自现身，与水手战士展开了银水晶争夺战，在混乱中，安迪米欧被昆茨埃特夺走了。水手战士们从白猫亚提密斯那里得知，月亮王国银千年以及过去发生在倩妮迪与安迪米欧之间的悲剧，原来当初安迪米欧就是为了保护倩妮迪而不幸被杀。掳走了夜礼服假面的贝利尔女王却无法找到银水晶，而看到夜礼服假面，四天王发现与其似乎相识很久了。失去了夜礼服假面后的小兔，一个人关在屋里总是被恶梦惊醒，没有小兔笑容的水手战士们也士气低落，面对失去光芒的银水晶和无法自处的小兔，露娜提议去月亮上寻找答案。

小兔的心情逐渐好转，终于等到了满月，大家使用变身的力量形成防护罩，顺便到达了月球静海——睛朗海，在银千年遗迹的水晶塔旁，拨出了祈祷室中的石中剑后，小兔见到了自己前世的母亲倩妮倩女王的意志，从而得知了月亮银色千年王国的一切。原来月亮一族是诞生于月球的长寿生命体，使命是守护传承于月亮的圣石幻之银水晶，并守望地球的进化，然而黑暗势力的入侵，使得地球上的人们受到蛊惑，企图占领月球，当时唯一清醒的安迪米欧为了保护倩妮迪而牺牲，过度悲伤的倩妮迪也举剑自刎。在女王和水手战士们的努力下，虽然最终封印了恶魔，不过银千年也变成了废墟，地球王国也毁灭了，开始了重新进化。女王提醒小兔只有她才能拯救这个世界，并言明幻之银水晶的力量取决于公主的意志，重新接受女王托付的众人怀着新的决心回到了地球。四天王通过跟踪贝利尔女王，恢复了被封印的记忆，原来他们前世都是安迪米欧的四个护卫，而且还是水手战士们的恋人。不过，得知真相的四天王不敌贝利尔女王的力量，重新被夺去了记忆，并用来对付水手战士们。四天王为了引出水手战士们，把东京变成了冰城，面对昔日的恋人，水手战士们无法使出全力，但是在水手月亮的鼓励下，大家还是齐心协力打败了四天王，而此时安迪米欧却被贝利尔洗脑了，还接受了杀死水手月亮，抢夺银水晶的任务。

从月球回来后，小兔终于恢复了乐观开朗的状态，不过相比以前成长了很多，变得更加坚强了。从暗黑王国回来的阿卫竟然到小兔常去的王冠游戏中心兼职，还催眠了小兔的朋友元基。小兔她们约好在亚美家讨论作战计划，从月球带回的剑竟然能轻易击碎坚硬的钻石，这正是当初安迪米欧保护倩妮迪所用的剑。小兔趁大家不注意，跑去游戏中心，与阿卫相遇了，但是阿卫却自称是元基的朋友远藤。小兔的朋友们发觉了远藤的异常，真琴也不小心被阿卫催眠，还使他们侵入了位于游戏机下方的指挥所；阿卫企图夺取银水晶，一场激战过后，不但大家被获得了暗黑力量的夜礼服假面打倒，银水晶也被夺走；在露娜奋不顾身的一击下，小兔终于燃起了斗志，用新月棒拯救了元基和真琴，不过贝利尔女王却突然现身，并与夜礼服假面一起，欲致水手战士们于死地。

面对被贝利尔女王控制的阿卫，小兔无法与之作战，水手战士们也陷入苦战，为了避免指挥室被毁，亚美制造出超次元转移了战场。水手战士们终于知道了一切罪恶的元凶就是美达利亚，而贝利尔正是前世杀死安迪米欧的女人，也是在今世重新唤醒美达利亚的人，水手战士们利用从月球带回的圣剑与银水晶的力量，终于打败了贝莉尔女王，接受了银水晶力量的圣剑，展示了封印恶魔的方法，但是被美达利亚操纵的阿卫却抢走了圣剑，还引诱着小兔逃离了超次元战场。为了追寻阿卫与伙伴们分离的小兔来到了暗黑王国的根据地北极圈D点，水手战士们也通过追踪赶来救援，却遇到暗黑四天王的阻挠，为了让四天王重拾记忆，水手战士们在不利的条件下与四天王展开了决战。与此同时，小兔面对阿卫完全处于被动，露娜提醒要封印恶魔，必须得到完整的银水晶，这就必须取得进入到阿卫体内的那部分力量，要利用小兔心灵的力量将阿卫唤醒。小兔利用与阿卫的记忆，终于使被美达利亚控制的阿卫出现了动摇，而水手战士们也终于唤醒了四天王的记忆，但不幸的是四天王都被美达利亚的力量毁灭了。四位内部战士伤心地哭泣，他们鼓励水手战士们继续前进，去帮助倩妮迪公主，完成她们的使命。最后，四战士通过他们的鼓励，振作精神，继续前进。小兔灌注了全部力量的一击却没有唤醒阿卫，小兔不忍心阿卫变成暗黑战士，毅然决定与阿卫同归于尽。

水手战士们最终没能阻止悲剧的发生，阿卫与小兔都倒在地上，重复着前世的悲剧。银水晶终于变成了完整形态，美达利亚的封印也完全解开了，并吸收了小兔和银水晶还有阿卫，冲破封印的美达利亚要毁灭世界。原来北极圈D点就是安迪米欧的王国，水手战士们面对因为银水晶力量增强的美达利亚，完全不是对手，而此时美达利亚开始利用黑暗力量把整个地球变成像月球一样的死亡之星。与亚提密斯来到月球的露娜在水晶塔前祈祷奇迹，水手战士们也听到了小兔的呼唤，大家都相信小兔她们还活着，拼上变身能力和性命将意志传达到了小兔那里。小兔终于听到了大家的声音，原来是阿卫的怀表替小兔挡下了圣剑，借由银水晶的力量，小兔成功冲出美达利亚的身体，和小卫回到大家身边，而阿卫因为四天王灵魂的保护，也安然无恙，但仅凭小兔一个人的力量还是无法封印美达利亚。阿卫从四天王口中得知，美达利亚可以吞噬人类能量，并将其转换为黑暗能源，把一切都变成石头。而打败美达利亚的方法，就是用银水晶的力量刺进美达利亚的标记中。

在大家力量的支持下，小兔终于发挥了银水晶的所有力量，彻底封印了美达利亚，同时因为银水晶的力量，月亮王国也重获新生了。过度的使用力量而倒下的小兔，因为阿卫的一吻而苏醒，通过阿卫看到了几近毁灭的地球，为了保护地球和同伴们，小兔通过银水晶到达了月球与露娜会合，在倩妮迪女王的帮助下，获取了新的变身力量，并让地球也重获新生，但是水手战士们因此牺牲了变身能力，都变回了普通人。大家升入了初三，小丽却突然感应到了新的危机。而就在小兔和阿卫约会的时候，也从天而降一个神秘的小少女……

在公园里约会的小兔和阿卫，被从天而降的露娜玩具和小小兔扫了兴，而小小兔听说小兔是月野兔时，竟然拿出枪要求小兔交出魔幻银水晶。小小兔声称自己拿的是真枪，按下扳机将小兔吓晕了，而实际上小小兔拿的是玩具枪，她跑掉了。狄曼特王子想要抢走小兔手中的银水晶，卢贝乌斯主动应战，并派遣手下的魔界四姐妹进行“Re-criut”作战。小兔醒来后和阿卫找到了小小兔，并将小小兔带回家，小兔的家人都觉得小小兔很像小兔，但小小兔却说出要监视小兔一家人。小小兔将小兔一家人催眠了，幸亏露娜小兔和阿卫才没被催眠，露娜认为小小兔很奇怪，有种说不出的感觉，觉得观察她一段时间。小兔和大家相聚，露娜为大家准备了新的道具。在另一方面，在学校正在举办文化节的时候，新的敌人混进来了。

水手火星被黑月拐走了，小兔因此怀疑小小兔是敌人的同伙，正在质问小小兔时，露娜阻止了她，认为小兔太凶只会什么都问不出来。露娜冒雨找到阿卫，让他将躲在公园角落的小小兔带了回来。露娜认为当小小兔知道大家没有敌意时会将事情说出来的。睡着的小小兔做起噩梦想起了爸爸妈妈惊醒，哭了起来。阿卫用玩偶安慰小小兔，告诉她自己用的是腹语术，称自己为“黑礼服假面”，露娜也趁机介绍自己，小小兔告诉二人自己叫“小淑女”（她妈妈起的），她的玩具叫“露娜P”，自己戴的钥匙是回家的唯一方式。大家认为小小兔想念父母了，然后决定先救出水手火星。另一方面，亚美被诡异的女性在国际象棋大赛上挑战。

水手水星也被黑月劫持了，小兔的心情很不好，这时小小兔带着露娜P来为小兔打气；小兔要和众人汇合，没想到小小兔跟踪她来了，二人一起玩水手V游戏，小兔开始振奋起来。小卫带着小小兔离开回家后，小兔几人讨论了情况，发现黑月的目标是小小兔，认为小小兔是揭开一切的钥匙。回到家的小小兔看见小兔的父母想起了自己的亲人，心情十分不好，来到外面散心，将露娜P变成雨伞，放出许多鸽子，恰好此时天空想起惊雷，路过的小卫看到了小小兔曾经遭遇的景象。与此同时，狄曼特王子的手下开始了新的作战阴谋“Re.New”。

水手木星也被劫持走了，小兔很伤心，但是阿卫发现了敌人留下的带有能量的邪黑水晶耳环，决定带回研究，找到敌人的位置，大家分析敌人每次都是乘飞船来，可能是来自外星球的外星人，水手金星忍不住了，决定向小小兔问出“黑月”到底是什么。回到家后，大家看见小小兔由于上学之后，变得很开心，正当水手金星要与小小兔一起玩时，小小兔看见了“邪黑水晶耳环”，变得十分害怕。与此同时，迪曼特王子已经完全掌握了邪黑水晶的能量，他听从占卜师的命令，要杀死地球的守护者，用邪黑水晶破坏幻之银水晶，他的手下黑暗四姐妹的老二卡拉贝拉斯，决定使用三个姐妹的力量，发动新的计划04号“re·birth”。

小小兔像月野兔与地场卫等人说明自己来自于30世纪未来世界的水晶东京。大家猜测被抓走的人可能被带到未来世界。准备回家时，小小兔决定跟着阿卫去他家住。面对恐惧未来发生事情的小小兔，阿卫开导她“如果真的想做一件事，就不能逃避”。看着阿卫特别关心与开导小小兔，小兔有些吃醋。小兔说出了自己的担心，二人互相依偎。想了一夜的小小兔，当着小兔和阿卫的面，说出了自己的决定：“回到30世纪，所以，小兔，你和小卫一起来吧。”小小兔拿出时空钥匙，带着水手月亮、夜礼服假面、水手金星、露娜、亚提密斯一起穿越时空。由于与小小兔分散，大家来到了时间之门，并遇见了时间的守护者，水手冥王星。

回到未来的小小兔带着几人来到了水晶宫殿，看到了小小兔的妈妈新倩妮迪女王，与她的爸爸，真身沉睡，变成灵魂的安迪米欧国王。安迪米欧国王告诉阿卫，自己就是未来的他，并让小小兔介绍自己。小小兔叫作小兔·小淑女·倩妮迪，是银千年的第一公主。得知了小小兔是自己未来的女儿的小兔和阿卫十分吃惊。安迪米欧国王向几人讲述了危机到来的始末，银千年族人寿命有一千年，由于小兔成为女王，并使用幻之银水晶，地球人类的寿命也延长，但是一场爆炸出现了一座黑色纪念碑，吸收了能量，其他人导致靠近它的人死亡。女王被幻之银水晶保护而沉睡，水手战士们和国王受了重伤，只有小兔和戴安娜活了下来。国王告诉大家，黑月是反对人类长寿的好战的团体，占领了能量巨大的黑暗行星尼枚西斯。国王判断被抓走的人可能被带到尼枚西斯，所以让水手冥王星帮助大家回到过去。然而看到阿卫关心小小兔，小兔再次吃醋了。

小兔被迪曼特王子抓走并带到尼枚西斯上的黑月城堡，并被换上了和新倩尼迪女王一样的衣服。小兔醒来后，迪曼特王子向她自我介绍，并阐述了自己毁灭地球的动机，讨厌长寿与安宁的地球，与重塑历史的计划“Re.play”作战、历史的再生。迪曼特王子当初袭击地球时，第一次见到新倩妮迪女王，认为她看向他的眼神带有非同类的蔑视，但由于幻之银水晶的保护，他没能如愿，因此采用卑劣的手段抓到小兔。小兔被强吻后，打算变身反击，但由于星球到处是邪黑水晶的力量而无能为力。而迪曼特王子的目的是打算永远囚禁小兔，变成她永久的安息之地。

小小兔出事了，水手冥王星也受到了影响，国王和阿卫都炮群帮忙。水手金星调查过去的档案，发现了最坏的罪犯，拥有“妖兽之手”和“邪视”的特殊能力的罪犯，他当初一个人毁灭了东京，但由于是人类，女王不能杀死他，因此他被流放到尼枚西斯，尼枚西斯被邪恶幻影诅咒了。国王和阿卫找到水手冥王星，她告诉二人小淑女没有带上钥匙，不见了，一阵狂风从小淑女消失的方向刮过，小淑女发生了变化，因此从时空深处产生了风暴，阿卫奋不顾身直奔小淑女所在的风暴源头。与此同时，小兔在黑月城堡里找水星、木星、火星三人，意外听到敌人谈论她们在暗黑房间里等死。小兔去找暗黑房间时看到看到了正在制造兵偶的沙菲尔，他告诉小兔那里是尼枚西斯的中心，邪黑水晶的反应炉，同时也是这颗封闭的星球唯一对外开放的地方。并告诉小兔他哥哥迪曼特王子常常因感情而随便改变计划，智者告诉迪曼特王子幻之银水晶的事，迪曼特王子因此毁灭了地球，沙菲尔向小兔道歉。他认为他哥哥会给世界带来灾难，认为哥哥变得狂乱是受了未来的小兔的影响，所以要杀死小兔，危急时刻，小兔激发了幻之银水晶隐藏的力量。小兔再次变身战斗。她唤醒了沉睡的水星、木星、火星，给了她们变身的力量。邪黑水晶力量失控，四人趁机离开了尼枚西斯。然而，阿卫却被被侵蚀的小小兔带走了。

为了找回小小兔和阿卫，水手月亮、水手金星、水手木星、水手水星、水手火星五人与水手冥王星一起追入了时空风暴深处。面对前方重重困难，小兔坚信阿卫一定找到了小小兔并和她在一起。小兔她们发现了小小兔原本永不离身的露娜P，万分担心的小兔昏倒了。同时，迪曼特和沙菲尔被涅墨西斯发生的爆炸，带到了暗黑房间，小小兔把他们带到了智者在涅墨西斯中心的扭曲空间中的城堡，他们向智者询问鲁贝斯，却中了智者的攻击，被智者控制了，给他们换上了更强大的邪黑水晶耳环。得到了小小兔和幻之银水晶的智者，却使用不了幻之银水晶的力量，因此让小小兔去抢夺小兔过去的幻之银水晶和新倩妮迪女王未来的幻之银水晶。小小兔利用邪黑水晶的力量控制了阿卫。因为小兔昏迷，大家将她带回了过去。

小小兔自称黑暗淑女，被智者选中，是黑暗的统治者，是涅墨西斯的女王。看到她额头上有黑月的印记，大家都不敢相信，不停试图唤醒她，但是她召唤来迪曼特王子和沙菲尔对小兔等人进行攻击，迪曼特的邪视和沙菲尔的妖兽之手使几人毫无还手之力。小小兔告诉大家第二块邪黑水晶加速了地球的毁灭，一切事物都会被吸收，地球正在灭亡。小小兔让阿卫攻击小兔，还当着小兔的面亲吻。小兔理解小小兔是不懂喜欢人的方式，劝导她，但小小兔不听劝告，还召唤了第三块邪黑水晶。小兔欲使用幻之银水晶的力量战斗。此时，认识到智者想毁灭地球的迪曼特王子反戈一击，亲手解脱了被控制的弟弟沙菲尔，当他攻击智者的假身后，智者出现了，原来那是他很久以前已经死去的肉身，而他的意志已经和涅墨西斯融合了。小兔利用过去的幻之银水晶激活了力量，与邪黑水晶的力量抗争。戴安娜找到水手冥王星，替她镇守时空之门，水手冥王星也加入了战斗。此刻，却被迪曼特王子抢夺到了两颗幻之银水晶，妄图合在一起，毁灭世界。小小兔像月野兔与地场卫等人说明自己来自于30世纪未来世界的水晶东京。大家猜测被抓走的人可能被带到未来世界。

面对疯狂的迪曼特王子，水手冥王星打破了新倩妮迪女王告诉她的第三条禁忌，就是时间静止。打破禁忌的水手冥王星面临着自我毁灭。在小兔拿回两颗幻之银水晶后，她带回了镇守门的戴安娜，之后，便倒在了地上。看着水手冥王星这个最好的朋友，小小兔伤心落泪，突破了邪黑水晶的力量控制，恢复本来面目，变身为水手战士，成为继承水手月亮力量的新的战士。小小兔扑到水手冥王星的身边。小兔看着小小兔伤心的样子，愤怒变身，与化身为涅墨西斯的智者战斗。

水手月亮向涅墨西斯发起攻击，与其一起消失。夜礼服假面身体涌现出一股力量然后消失不见。这时，新倩妮迪女王苏醒了，将国王的灵魂唤回身体，女王拥抱小小兔，是小小兔的觉醒唤醒了女王，女王答应小小兔将水手冥王星带到宫殿永远安眠。她告诉水手战士们，小兔被拉到涅墨西斯的星域去了，女王说只有小小兔可以找到他们，让小小兔用水手冥王星的钥匙与她自己本身的力量，穿越到水手月亮的身边去进行战斗。

夜，处于城市沿海的无限三角洲地区被诡异的气氛笼罩着，一名沉睡的黑发少女似乎听到有人在梦中不停重复呢喃着毁灭的时刻即将来临的，并呼唤着要收集三个魔具。在火焰前占卜的火野丽与被噩梦惊醒的地场卫似乎也得到了同样的预示，仿佛是有什么不安的危机正在靠近。

清晨，月野兔又跟往常一样起晚了，而和戴安娜一同从30世纪来到现代进行水手战士修行的小小兔已寄住在月野家。这是一个再普通不过的清晨，但晨间新闻却播报在港区公园，有一名无限学园的少女产生“返祖现象”变成了怪物袭击群众……另一边，两个神秘的青年——天王遥、海王满，作为世界知名的赛车手和小提琴家、同时也是无限学园高中部的学生，出现在了我们的视线中。

放学后，小兔在皇冠游戏厅与水野亚美、火野丽、木野真琴、爱野美奈子四个好友会合，并偶遇了也在游戏厅玩赛车游戏的天王遥，而地场卫则在游戏厅外邂逅了海王满，大家被这俩人身上的神秘气息吸引。回家路上，正当大家因天海二人而对无限学园产生兴趣时，街上的一名无限学园的少女突然发生“返祖”变成了怪物，5位战士即刻变身消灭了敌人。为何无限学园的学生会接连变成怪物？大家决定前往无限学园一探究竟……

露娜和亚提密斯调查出无限三角洲分为天王、海王、冥王三个洲，是独立完善的都市区，而处于三角洲中心的便是无限学园。同时，地场卫也答应了月野妈妈带小小兔一起前往无限三角洲的无限.C.公园游玩。而在无限洲的地底，作为敌方秘术师的卡奥林奈特为属下5魔女布置了新任务，要求她们在收集圣体和器（即人类的灵魂与躯壳）的同时将法老90口中所说的拥有星之力量的守护者铲除。

第二日放学，五名战士来到无限学园外。小兔用变身笔乔装成无限学园初中部的学生潜入学园中，却在庭院中遇到了拉小提琴的海王满。对方向她提出危险警告，而其他四名战士也同样在校外被天王遥警告不许再插手。另一边，为了寻找坐过山车时被风刮走的帽子，小小兔也来到无限学园附近并在一处叫做土萌研究所的建筑门口遇到了一名身体不适的黑发少女。

准备打道回府的月野兔正巧与小小兔还有黑发少女碰面。此时，一只猫咪被5魔女植入了外星卵而发生“返祖”变成怪物“戴蒙”。小兔、小小兔以及赶来的四名战士被迫在黑发少女面前变身击败了怪物，小小兔也因此受伤。战斗结束后，黑发少女展现出了神秘的力量治愈了小小兔的伤口，而此时两道疑似水手战士的黑影却突然跃出，难道她们是……？

为小小兔治好伤口的黑发少女告诉大家自己叫土萌萤后便回到了父亲的研究所却再次身体不适而跪到在门廊处。赶来帮忙的正是卡奥林，原来她在地球的身份是萤的父亲土萌教授的助手。土萌教授送给痛苦的萤一条水晶项链，称其为“护身符”。

天王遥和海王满的话让水手战士们陷入了疑虑，而卡奥林在水池中占卜却始终无法看清法老90所说的会引导他们步入毁灭的光芒究竟是何来历。隔日，受托调查土萌教授的小卫在图书馆偶遇海王满，对方赠送了两张自己的演奏会门票，这一幕恰巧被小兔看到并发现海王满的面容与昨夜出现的人影有些相似。落荒而逃的小兔又在游戏厅遇到天王遥，小兔情不自禁询问对方是否是水手战士却遭到嘲笑。

丽的生日临近，其他四人来到她修行的山上为其庆生。在瀑布中冥想的丽再次听到了收集三魔具的呼唤，而卡奥林也从水池中探知到同样的讯号。大家在山上发现了前来进行新生集训的无限学园学生们，其中包括了一同前来的天王遥。真琴试图挑战对方的实力却被轻易撂倒。是夜，真琴和一直监视着无限学园动作的丽发现他们在广场进行诡异的集会，原来指导老师有村优子是5魔女之一的尤姬雅，她试图通过新生集训收集学生的器和圣体，但最终被水手战士们打倒。此时，又从暗处跳出一个疑似水手战士的人影，水手月亮奋力追赶，发现她似乎就是天王遥本人，而对方却突然亲吻了自己……

被天王遥亲吻的小兔十分茫然却只告诉大家已经和新的水手战士有过接触，对方再次提醒她不要妨碍自己。回到家休息的众人在晚上都做了相同的梦——梦中的世界犹如陷入了炼狱，同时不断有声音呼唤着要收集三个魔具。第二天，和卫一同上学的小兔想起了海王满的事情有些吃醋，而放学后则又再一次在游戏厅外遇到了男生打扮的天王遥。对方赠送给小兔几张海王满的演奏会门票后离去。进入游戏厅后大家都表示为昨晚的梦感到不安，便打算前往海王满的演奏会探查是否能有魔具的线索，而作为追星族的美奈子则一心想去另一个在无限音乐厅举办的、偶像羽生美美的演唱会。

小小兔来到土萌研究所，将手帕归还给土萌萤并受到了萤的招待，却发现萤的身体十分不好。小小兔拿出银水晶治愈对方的不适并和萤约定这是俩人的秘密。回家路上，小小兔遇到了一直在土萌家外监视、开着直升飞机的天、海二人，二人将她送回月野家并透露了海王满的镜子就是魔具。

众人来到海王满的小提琴演奏会，偷偷潜入羽生美美演唱会现场的美奈则发现羽生美美是敌人——5魔女之一的蜜梅特。她通过偶像身份收集歌迷的圣体与器。美奈子变身后与其他赶到的战士阻止了蜜梅特的计划并展开战斗。正当小小兔不慎陷入危机时，两个新的水手战士——水手天王星、海王星突然出现并消灭了蜜梅特，而她们似乎正是天王遥和海王满！

天王遥、海王满以水手战士的样貌站在大家面前，而小小兔也在无意间说出海王星的镜子是魔具之一，但让人诧异的是天、海俩人却突然向大家发动了攻击。苏醒过来的小兔从露娜处得知天王星和海王星本是守护在遥远太阳系外围的战士，却不知为何突然出现在地球上。其他几名战士表示如果对方动手那便要迎战，小兔犹豫不决。夜里，小兔和小卫一同做了相似的梦，梦中的世界破败不堪犹如末日来临，而在废墟之上站立着一名少女……

第二天傍晚，小兔在公园中遇到恢复男生打扮的遥。被问及真实身份与性别时，遥闭口不答、一脸忧愁。受遥的情绪感染小兔莫名落下了眼泪，被晚来的地场卫见到，俩人回到小卫家后彼此吃醋、气氛尴尬。前来寻求小卫帮忙做美术作业的小小兔，故意让小兔留下和小卫一同制作传说中新后倩妮迪所使用的圣杯，借机让小兔和小卫解开了误会。夏天到来、中考临近，亚美发觉自己的模拟考成绩总是被一位来自无限学园的学生美堂由依超过便打算去无限预备校一窥究竟。在那里，美堂由依邀请亚美前往无限学园参加一次体验入学，亚美决定孤身一人前往。

独自来到无限学园的亚美从美堂由依处得知了“塔乌星系”的存在，但却发现自己的行动被人监视，而她战士的身份其实也已经被美堂由依、即5魔女之一的比莉由依识破。破坏了监视器的亚美来到地下实验室，才发觉实验室中居然都是之前攻击众人的怪物“戴蒙”！亚美被比莉由依和遭到洗脑的无限学园学生抓住，幸得天王遥和海王满搭救逃出。天、海俩人在赶来救助亚美的水手战士们面前变身并击败了比莉由依，天王星也召唤出了第二件魔具——宇宙剑。另一边，元基和女友丽香所在的研究所新来了一位学生，名叫冥王雪奈……

身为研究所新成员的冥王雪奈意外发觉无限三角洲附近的空间有所异常并惊讶于自己的能力，而无限三角洲上空此时正阴云密布……地下，土萌教授的器化实验品再次失败变成了怪物“戴蒙”，法老90给他与卡奥林下达击败水手战士同时加速器化进展的命令，并再次提及引导毁灭的光芒即将觉醒。卡奥林怀疑那就是预言中提到的三个魔具，同时派遣第四位魔女泰露露通过植物收集大量人类的圣体与器。小兔因为天、海的事情而忧虑不已决定找二人好好谈谈。而根据亚美在无限学园的所见推断，这所学校很可能已经成为敌人的据点，土萌教授和他的女儿土萌萤都十分可疑。正好小小兔考虑要将之前制作好的圣杯玩具赠送给小萤，小兔便一同前去。

来到土萌研究所，幻之银水晶再次发挥力量缓解了小萤的病痛，但她们对话却被卡奥林听到。其间，小萤似乎感觉自己的脑海中有一个陌生而可怕的声音试图控制自己抢夺小小兔的银水晶……

由于学弟的话，真琴购买了最近十分流行的、由无限学园负责人照也留留研究出的新的植物——泰露树，冥王雪奈也购买了一株。而美奈和真琴却一同发觉该植物有异、很可能是敌人的阴谋便去通知小兔。众人偶遇天、海，小兔试图追赶俩人却被拒之门外。大家只能作罢前往无限植物园，发觉果然泰露露在使用泰露树吸收人类圣体。同样因泰露树中招的冥王雪奈此时也瘫软在家中，却似乎发现体内有一股神秘的力量涌现出来……水手战士们与泰露露大战却不敌对方，正当泰露露攻向小小兔的危机时刻，一个低沉的声音传来，同时现身的一名水手战士将泰露露击败。

击败泰露露的正是复活的水手冥王星，她受新后倩妮迪的指引重新转世。一同赶来的还有天王星和海王星，原来她们是抵御其他星系敌人入侵太阳系的外部太阳系三战士。正是由于塔乌星系的敌人“死亡破坏者们”入侵了太阳系，外部三位战士才会先后觉醒，但为时已晚，敌人已经偷偷潜入到地球，无限学园就是他们的据点所在。三名战士拒绝了内部战士们共同抗敌的提议、认为她们会成为累赘，同时表示这是自己的职责而自己拥有更加强大的力量以及魔具的加持，除了铲除侵略者还需消灭“毁灭之神”。

翌日，大家集合在司令室，露娜希望小小兔通过小萤调查土萌研究所掌握敌人的真实身份。而卡奥林则发觉越来越多的星之守护的光芒正汇聚过来，其中有三道特别强烈的光亮正阻碍自己的占卜。5魔女中的最后一名魔女、实力最强大的西普林表示自己一定会消灭水手战士，同时将逃离学园的天王遥、海王满抓回来，将她们制造成“器”。入夜，原本和小小兔约好看电影的小萤迟迟未来，小小兔担心她再次发病而擅自去往土萌研究所。原来小萤一家在几年前曾遭遇火灾，母亲去世后，土萌教授将小萤的躯体改造成人造人才让其得以存活。小萤接受完父亲的例行检查展露出机械化的躯干，这一幕正好被前来的小小兔看到。由于恐惧，小小兔逃离了土萌研究所，想要追赶的小萤头痛欲裂，加上伤心不已而颓然跪倒在地。

跑到大街上的小小兔正担心自己的害怕与冲动会让小萤伤心，却发觉此时天空中降下了诡异的冰雹，正将大街上的行人的圣体抽走！与此同时，西普林追踪到了天王遥的住所，外部三战士与之激战却不敌对手，而赶来帮忙的内部战士们也被西普林控制，对方使用泰奥龙水晶的力量迷惑众战士的心智，除了因为有银水晶的保护而幸免于难的水手月亮，其他人都被控制并开始自相残杀，而西普林也展露出了自己双生魔女的真面目。危难之际，水手月亮渴望所有水手战士团结一心的思念凝聚成神圣的光芒，传说中的圣杯在她双手中成形！

由于渴望大家团结的强烈思念，水手月亮召唤出了传说中的圣杯。圣杯的光芒让大家清醒过来，同时外部三战士的三个魔具居然产生了奇怪的共鸣。诸位战士将力量集中到圣杯中，帮助水手月亮变身成为更加强大的超级水手月亮并击败了最强大的魔女西普林。在超级水手月亮的劝说和目睹了魔具共鸣的情况下，外部三位战士决定将魔具的真相告诉大家。土萌研究所中，头疼欲裂的小萤似乎已被脑海中另一个人格的思想控制，露出了令人毛骨悚然的表情，两种人格互不相让，最终让萤难以负荷晕倒在地……

水手战士们回到天王遥的住所，外部三战士将魔具的真相告诉大家。原来在前世的银千年王国被恶势力毁灭之际，三魔具曾第一次产生共鸣，并将相隔甚远不可能相见的天、海、冥三战士聚集到一起，召唤出了沉默的战士——“毁灭之神”水手土星。苏醒过来的土星挥下了沉默之镰将一切摧毁，而水手土星也一同转世，她便是土萌萤！本应在火灾中死亡的萤由于父亲而活了下来拥有残缺的生命，能够让她真正活下来的方法就是觉醒为水手土星。方才魔具再次产生共鸣，三个战士猜测正是水手土星觉醒的时刻临近，她们认为水手土星会招来毁灭，所以决定要将萤杀死。水手月亮一方不同意如此轻易下决定夺走小萤的生命，战士们再次分道扬镳。

“不管小萤是不是毁灭之神，我都要去救她，这次我不会再害怕了。”下定决心的水手小月亮独自一人来到土萌研究所，而此时本晕倒在地的土萌萤突然苏醒并迅速长大，露出可怕的面容将小小兔的银水晶和圣体一同夺走，并自称为“女主人9”。其他战士纷纷赶到奋力搭救但为时已晚，被夺走了圣体的小小兔停止了呼吸。

被夺去了“圣体”的小小兔被医院确诊为死亡，地场卫通过联系生命勉强维持小小兔让她暂时不会彻底死去。天、海、冥三人告诉大家，按照萤的表现看，应该是已经被敌人“器化”了。所谓的器化，便是将塔乌星系生物的卵植入人类体内，让它们寄宿在人类驱壳中而得以在地球上生存。器化失败会变成怪物“戴蒙”，器化成功的便如同5魔女那样会成为完全体。要拯救小小兔，就必须打倒占据小萤身体的女主人9并将小小兔的“圣体”抢夺过来。另一边，土萌教授与卡奥林一同拜见终于觉醒的女主人9，并道出了自己将女主人9的卵植入自己女儿土萌萤体内的事实。卡奥林对女主人9并不服气，暗自使用最强大的秘术使5魔女变成蜡像而再次“复活”。

战士们下定决心前往无限学园夺回小小兔的圣体，而此时的无限学园已被一种异常的能量笼罩、面目全非，建筑周围也都被荆棘所包围。进入学园中的内部4战士陷入了魔女们所布下的陷阱而被抓住，外部三战士则被无限学园外围的荆棘所阻拦。正当水手月亮被5位魔女围攻之时，强行突破入内的外部三战士赶到救下了众人并消灭了5魔女蜡像。经此一役，大家明白了彼此都拥有共同的目标，只有齐心协力才可以共同抵抗外敌。终于团结起来的8名战士共通心灵，召唤出圣杯让水手月亮再次变身为超级水手月亮并合力将卡奥林奈特消灭。而地下，女主人9竟然将从小小兔处抢夺过来的银水晶吞入了体内……

吞下银水晶的女主人9浑身充满了能量并试图将这强大的力量奉献给法老90。法老90的目的就是将地球变为自己的器，与地球合体完成“器化”而让地球成为第二母星，从而让塔乌星系的生物可以在地球上存活并占领地球。脑海深处，尚存意识的小萤的灵魂为了保护小小兔、阻止银水晶力量的继续释放而冲破禁锢。为了寻找敌人的所在，水手战士们决定兵分二路，水手月亮与天、海、冥三人直接乘坐电梯前往地下，其他四名战士则前往顶层。

身处地下实验室的土萌教授回忆起以前，原来曾经的他与卡奥林本都是普通的地球人，在改造小萤为其续命的人造人试验中，从塔乌星系入侵到太阳系的法老90降临在地球，将该星系秘术师的卵植入卡奥林体内。而土萌教授为了自己疯狂的科学抱负——研究出超越人类的超生物——决定与法老90合作，他主动吞下了卵并帮助法老90进行“器化”实验，5魔女就是他“器化”实验所制造出的成功完全体。而不同的是，一般的“器化”需要将人类的“圣体（即灵魂）”取出令其死亡后植入卵，只留下人类的身体躯壳作为“器”供外星人居住，他自己与小萤则是在本身还存活时就将卵植入体内进行融合（植入小萤体内的就是女主人9的卵），土萌教授称之为“超生命体”。因此，小萤才会拥有两种人格。

电梯中，水手月亮和三名外部战士交换心声，知道了她们在前世都是独自一人在遥远的地方孤独地守卫着自己的岗位和银千年王国。突然电梯急速下坠，水手月亮陷入敌人布下的深渊，但心中对大家的思念让她冲破了黑暗。电梯门打开，土萌教授正等着她们，挣扎之后水手月亮不再犹豫，将土萌教授变成的“超生命体”彻底杀死。此时，因为得到了银水晶能量而开始胎动的法老90开始和女主人9一起从地底向上不断冲击。在冥王星的魔具保护下，四人离开了无限大楼底部来到半空，但处于大楼上层的内部4战士却遭到了重创危在旦夕……

冲破了地底的法老90将无限学园大楼劈成两半，而女主人9也出现在了水手月亮以及天、海、冥面前。由于其他四名战士被重创，使得超级水手月亮的变身被迫解除。随着法老90重新恢复了力量并开始与地球进行“器化”，天空、大海、地面都产生了扭曲与异变，一旦法老90将地球整个包围住而完成“器化”，地球就将成为塔乌星系的第二母星。情况紧急，外部三战士跃上高楼，以魔具的力量撑开结界阻挡法老90。

女主人9试图冲破小萤的身体但却被小萤的灵魂阻止无法自由来去，俩人相互抗衡。变为普通形态的水手月亮无法发挥出全力，只能眼睁睁看着女主人9将水、火、木、金四位战士的圣体夺走并吸收进身体以此来与小萤的灵魂对抗。但凭着对小小兔的强烈情感和坚强的意志力，萤奋力守护住了小小兔和四名战士的圣体、以及被女主人9吞入体内的银水晶。同时，潜藏在灵魂深处的水手土星的力量被激发，她最终将战士们的圣体与银水晶从女主人9体内抢回。

小萤的灵魂离开自己的躯体将四名战士的圣体送回，并将小小兔的圣体还有银水晶归还。苏醒过来的小小兔与小萤的灵魂做最后的诀别。由于不再有阻碍，女主人9彻底冲破毁坏了小萤的身体躯壳，小萤的灵魂也随之彻底消失。悲伤过后，小小兔重新变身为水手小月亮投入战斗，战士们再次集结了起来召唤出圣杯。而由于对力量的强烈渴望，小小兔手中也出现了另一个新的圣杯，她与水手月亮一同变成了超级形态。

超级水手月亮、超级水手小月亮一同向女主人9发起攻击，而法老90也终于露出了可怖的真容，它犹如黑色的熔岩一般试图冲破外部三战士的结界向外蔓延完成“器化”。被超级水手月亮与超级水手小月亮打伤的女主人9奉献出自己的身体与法老90融合，战士们向法老90发动总攻却反而让它更加强大。由于一晚上的不停奋战，大家都精疲力竭跌落在了大楼顶，外部战士的结界也被法老90冲破！黑色的熔岩向四周弥漫开，而塔乌星系也出现在了无限洲上空，地球眼看就要被黑暗吞噬。而此时，从夜空中的乌云里透出一缕月光，沐浴在月光中的水手月亮想起自己总被大家的温暖保护着，便决定这次由自己来保护大家。她将召唤出的圣杯抱在怀中，毅然将自己投入法老90的黑色熔岩体内，试图将银水晶和圣杯的力量在法老体内解放出来阻止灾难，但依旧无济于事。

水手月亮的生命反应逐渐消失，一切都已再无转圜余地，毁灭的审判时刻来临。这时，天王星、海王星和冥王星的三个魔具再次产生共鸣，掌管着毁灭之力、沉默的战士水手土星终于苏醒！觉醒后的水手土星挥下沉默之镰，发动“死世界变革”履行自己的职责——在毁灭的危机已然无法避免之时将命运的开关彻底关闭，引导一切生命共同走向毁灭、以同归于尽的方式避免星球被侵略者占据。伴随着镰刀的挥下，毁灭之力所掀起的龙卷风将法老90的黑色熔岩卷起，而世界也正在慢慢走向最后的灭亡……

世界的终结即将到来，战士们皆已无能为力。但此时，被卷入龙卷风的黑色熔岩中却发出一道耀眼的亮光，投入法老90体内本已消失的水手月亮再次苏醒！而其他战士的水手服饰也产生了新的变化。水手土星是在毁灭已经注定时为了引导重生而将一切一并消除的战士，但由于水手月亮将圣杯与幻之银水晶的再生力量投入法老90体内，本该在土星毁灭之力作用下与法老90一同步入毁灭的地球得以幸存。“希望与再生总是伴随着终结的到来而萌芽。”土星让冥王星打开时空之门，将自己作为“死亡深渊的使者”与法老90以及塔乌星系同归于尽，被封锁在时空之门外。

灾难已经过去、黎明终于来临，水手月亮变成新后倩妮迪的模样，使用权杖将地球恢复原貌。此时地场卫意识到原来倩妮迪就是梦中那个站在废墟之上的少女。而在另一边的废墟上，却出现了一个婴儿，头上浮现的正是水手土星的标志。天、海、冥三人决定离开这里，将重新转世为婴儿的土萌萤抚养长大，海王星将深海之镜赠与小小兔后便和天王星、冥王星一起同其他战士们告别，但战士们都相信，他们一定会有再见面的一天。

春天到来，樱花盛开。小兔她们都顺利成为了高中生，小小兔也决定结束修行回到30世纪，小兔和小卫前去送行。而半路上，三人得知今日正好会有一场本世纪最大的日全食，兔卫俩人便带着小小兔一起顺路去观赏。正当太阳逐渐被月亮遮住之时，小小兔和小兔却听到了一阵阵清脆的铃铛声。俩人不约而同转过身，到底她们会见到什么……？