東京。ここでは、人に紛れ人を喰らう「喰種（グール）」と呼ばれる怪人がはびこっていた。読書好きの大学生・金木研（カネキ　ケン）は、行きつけの喫茶店「あんていく」で自分の好きな作家・高槻泉(タカツキ　セン)の小説を愛読する神代利世（カミシロ　リゼ）と出会い、本屋デートをすることになる。自らの運命を変える事故に巻き込まれてしまうとも知らずに…。瀕死の重傷を負うカネキだったが、手術により何とか一命を取り留めるが…。「何を食べても不味いんです」目覚めたカネキにある異変が起こりはじめ…!?

死体の香りにつられ、喰種であるニシキと鉢合わせたカネキを救ったのは「あんていく」の店員・霧嶋董香（キリシマ　トーカ）と店長の芳村だった。喰種としての飢えに悩まされるカネキに、芳村は「ある包み」を渡す。翌日、友人・ヒデ（永近英良：ナガチカ　ヒデヨシ）のメールを見て大学に戻ったカネキは、ヒデから先輩の「西尾」を紹介される。それは、前日鉢合わせた喰種・ニシキだった。ごく普通の人間のようにふるまっていたが、帰り道に突然ヒデに襲いかかり、気絶させてしまう。「お前の喰いモン汚しちまった」カネキの前で再び喰種としての本性を現すが…!?

「あんていく」に、喰種の笛口リョーコ（フエグチ　リョーコ）とその娘・雛実（ヒナミ）が匿われることになった。ヒナミの寂しげな表情が気になるカネキ。そんな中、カネキは芳村の右腕である四方蓮示（ヨモ　レンジ）と共に人を狩れない喰種たちのための食料調達に行くことになる。一方、東京の喰種殲滅を目指すＣＣＧ（喰種対策局）本部ではリゼの一件から、「あんていく」のある２０区が捜査対象に挙がっていた。上等捜査官の真戸呉緒（マド　クレオ）と亜門鋼太朗（アモン　コウタロウ）が２０区に向かうことになり…。

「美食家（グルメ）」と呼ばれる喰種・月山習（ツキヤマ　シュウ）が「あんていく」を訪れた。月山を２０区の厄介者だと言い露骨に嫌な顔をするトーカは、カネキに「あいつとは関わらない方がいい」と釘を刺す。だが、月山はカネキの特殊な「におい」に目をつけ、接触を図ってきた。自らの悲劇の始まりでもあるリゼの事が気になるカネキは「リゼ行き付けの店」という月山の言葉につられ、「喰種レストラン」へ足を運ぶ。

体調を崩したトーカの見舞いに訪れたカネキは、トーカが人間の友人・依子(ヨリコ)を大事に思っている事に気が付く。その帰り、カネキは喰種に襲われているニシキを助ける。ニシキを自宅に送ったカネキは、そこでニシキの恋人だという西野貴未（ニシノ　キミ）と出会った。貴未は、ニシキが喰種であると知りながら共に生活していたのだ。だが、貴未はカネキの後をつけていた月山にさらわれてしまった。ニシキと共に貴未を取り戻しに行くカネキだったが…。

ヒナミは「あんていく」でカネキに漢字を教えてもらっていた。新しい字を次々と覚えて喜ぶヒナミは、もっとたくさんの字を覚えて父親をびっくりさせたいと、リョーコと共に本を買いに出かけていく。だがその頃、ＣＣＧ捜査官の草場と中島が、母娘の喰種に絞って付近で捜査にあたっていた。いち早く異変に気が付いたリョーコはヒナミの手を引いて逃れようとするが、そのときヒナミはある“異変”に気付き…。

ヒナミの母・リョーコがＣＣＧ捜査官・真戸の手によって命を落とした。何もできなかったことを後悔するカネキ。一方、その知らせを受けたトーカは仇を取ろうと芳村に訴えるが、「皆の安全の為」と聞き入れてもらえない。更には、ＣＣＧに顔を見られてしまったヒナミを“２４区”に移す案を告げられてしまう。納得いかないトーカは、リョーコ、そしてヒナミを思い、ある決断をする。

ヒナミが「あんていく」から抜け出した。だがそれは、真戸の巧妙な罠だった。ヒナミを見つけたトーカの前に、真戸が姿を現す。その頃、同じようにヒナミを探していたカネキは、もう一人の捜査官・亜門と対峙していた。戦いの中、亜門はカネキに「喰種に家族を奪われ、残された者の悲しみを考えた事があるか？」と問いかけ、喰種がこの世界を歪ませている、と言い切る。

「あんていく」の面々は、ようやく以前と変わらないかのような日常を取り戻し始めていた。そんな中、カネキはひとり、自分の運命を変えたリゼのことを知るため、１４区にあるバー「ヘルタースケルター」を訪れる。そこで喰種のイトリから、リゼがかつて１１区にいたという情報を聞き出し…。一方、１１区では謎の喰種たちによる不穏な動きが見られ・・・。

ＣＣＧ１１区支部が、「アオギリの樹」を自称する喰種の集団に襲撃された。生き残った者はゼロ。それを受け、ＣＣＧは過去最大規模の対組織戦の準備を始める。一方、「あんていく」には万丈数壱（バンジョウ　カズイチ）と名乗る男が殴りこんできていた。リゼに心酔している万丈は、「アオギリの樹」がリゼを狙っていると知り、リゼに逃げるよう伝えにやって来たのだ。だがそこへ、「アオギリの樹」幹部の少年、「絢都（アヤト）」が突如乱入する。その姿を見て、驚くトーカ！

「アオギリの樹」に連れ去られたカネキを救出しようと、芳村、四方、トーカ、ニシキ、ヒナミ、ウタが集まった。更に驚くべき人物もそこに加わり…。ＣＣＧの亜門ら捜査官たちもまた、千人を超える体制で１１区にあるアオギリの拠点に突入しようとしていた。「アオギリの樹」とＣＣＧ、そして「あんていく」の三つ巴の戦いが始まる…。

戦闘が次第に激しさを増していく、「アオギリの樹」本拠地。喰種vs人間、その戦いの行方は…。　 「あんていく」の面々はカネキを救い出せるのか！？　 一方その頃、アオギリの幹部・ヤモリに一人連れて行かれたカネキは、想像を絶する苦しみを受けることに。　 意識が朦朧となった彼の精神世界に、突如現れた人物とは…？